遺伝研要覧用

=DDBJ in brief 2012= K Okubo 10:11, 6 April 2012 (JST) ・この事業は過去25年間、欧州のEBI/EMBLおよび米国のNCBI/GenBankとの３者の協力体制で行われており、３者の間では受付後公開されるデータは毎日交換され、世界共通のデータベース『INSD 国際塩基配列データベース』がつくられます. ３者のどこで登録を受けても世界で同時に公開されます. ・またDDBJ事業は所外委員会であるDNAデータ利用委員会に加えてEBI,NCBI,DDBJがそれぞれ委嘱する外部委員会である国際諮問委員会によって監督されています(パネルA). ・DDBJの日々の事業は、受付査定・データ交換・データ更新・データ提供の４つの柱からなり教員の指導下で約10名ずつのエンジニアとアノテーターを中心に行われています. (パネルB） DDBJへは毎年 3000～4000の研究グループがデータ登録し、件数では全INSDの10%強を占めています. また日本・米国・欧州の特許庁の協力による特許配列の公開事業でも集積交換公開に国際塩基配列データベースが利用されており、日本に加えて韓国特許庁由来のデータも韓国バイオインフォマティック研究所(KOBIC)の協力でDDBJに登録されます. (パネルC). 　DDBJへデータ登録する研究者は事業開始依頼国内の研究者が中心ですがアジア諸国や中近東の研究者も含まれます. （パネルD）　2007年には文部省統合データベースプロジェクトでDDBJに生データアーカイブ(DRA)が設置され、2010年には理研による初の日本人全ゲノムデータがDRAから公開されました.
 * DDBJ(DNA Data Bank of Japan )は1987年に設立され学術論文や特許公報等を通じて公知にされるDNAデータをすべて網羅し、世界の公共財として維持管理する国際学術事業を行っています.


 * DDBJ(DNA DataBankJapan)was established in 1987 and joined international DNA data exchange and archiving scheme between GenBank and EMBL. This tripartite collaboration is called INSDC (International Sequence Database Collaboration).
 * DDBJ, as well as GenBank and EMBL is serving as one of three data inlet and outlet to the "INSD".
 * DDBJ is reviewed and advised by its own advisory board and also by international advisory board to INSDC.
 * Daily operation of DDBJ is performed by 10 bio-annotators and 10 system engineers under staffs' supervision.
 * Every year increasing amount of DNA sequence are submitted to DDBJ by almost constant numbers of groups, 3,000~4000, for the last 10 years. It always consists about 10% of INSD records.
 * Since 1993, Patent claimed DNA sequence are also submitted to DDBJ by Japan Patent Office because INSD is used as a framework of sequence data exchange among JPO,USTPO,and EPO. Recently, KPO started to join this data sharing though DDBJ with help of Korean Bioinformatics Institute.
 * Reserchers who use DDBJ to add their data in INSD has been mostly Japanese (>90% of Japanese submit the data to DDBJ), but recently researchers in neighboring countries countries also uses DDBJ to some extent.
 * In 2007, MEXT database integration project started Raw sequence data archive (DRA) to be maintained in DDBJ.
 * In 2010, RIKEN's first Japanese Personal genome was released from DRA.
 * Google earth map picture was created by Kouji Watanabe based on the data provided by Kazama upon request and scenario from K.O.
 * Other materials was made by K.O.

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 * Credit: Last picture Modified from the Visualization by Kouji Watanabe of Hitachi Software, as a person for fun with KO. He is willing to share CC-BY (Kouwatan)

=Other materials=

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 1984  科研費「DNA DATABASEの作成とその解析」下で京大化学研究所に準備室開設、GenBank-EMBLの国際バンク協力に参加  1987  遺伝研にDDBJ設置. 論文サーベイと打ち込みによるDDBJ リリース１は，1987年7月公開 66エントリー  1990  インターネットの発達と学術出版との連携で論文著者によるダイレクトサブミッション開始  1990  DDBJ/EMBL/Genbankの諮問委員会(第3回国際諮問委員会)が三島で開催  1991  GenBank,EMBLのデータもDDBJ形式に変換するリリース開始(リリース10)  1993- 特許庁からの特許申請DNA配列データ送付始まる  1995  遺伝研に文部省がスパコンセンターを設置 DDBJ事業を担当  1997- 第10回国際諮問委員会に日米欧特許庁が参加しDDBJ/EMB/GenBankでの特許配列データの交換に正式合意 <Date> 2001 <Note> 特許庁と遺伝研スパコン間に特許事業専用線敷設 <Date> 2007 <Note> 情報システム研究機構が東京に統合データベースセンター新設　文部省データベース統合プロジェクト受託 <Date> 2007 <Note> 文部省データベース統合プロジェクトでDDBJに生データアーカイブ(DRA)開始 <DATE> 2008-<Note> 韓国特許庁への特許申請DNA配列が韓国生命情報研究所経由で登録開始 <DATE> 2010 <Note> 理化学研究所から初の日本人全ゲノムデータ登録受付

=要覧用　短いバージョン= Okubo 13:44, 10 April 2012 (JST)


 * DDBJ(DNA Data Bank of Japan )は1987年に設立され学術論文や特許公報等を通じて公知にされるDNAデータをすべて網羅し、世界の公共財として維持管理する国際学術事業を行っています. 　 この事業は過去25年間、欧州のEBI/EMBLおよび米国のNCBI/GenBankとの３者の協力体制で行われており、３者の間では受付後公開されるデータは毎日交換され、世界共通のデータベース『INSD 国際塩基配列データベース』がつくられます. ３者のどこで登録を受けても世界で同時に公開されます.


 * DDBJ(DNA DataBankJapan) was established in 1987 and joined international DNA data exchange and archiving scheme between GenBank and EMBL. This tripartite collaboration is called INSDC (International Sequence Database Collaboration). DDBJ, as well as GenBank and EMBL is serving as one of three data inlet and outlet to the "INSD".

=要覧目次リスト用= Okubo 12:34, 11 April 2012 (JST)

生命情報研究センター

 * 生命情報学の拠点として、情報処理技術を駆使して生命現象の解明を目指した発見研究と生命科学の推進の為の技術開発を行っています.

Center for Infromation Biology

 * Develop the technologies and resources to make the massive data available, useful and meaningful for the domain.　Also conducts some wet or dry experiments for knowledge discovery.

DDBJ center

 * One of the three inlet for INSD (International Nucleotide Sequence Database; a.k.a. DDBJ/EMBL/GenBank) as well as one of the three primary data outlet of INSD. The center also hosts the NIG supercomputer for the public research use. In respond to the data deluge, the researchers and engineers evaluates new technologies and machines to handle and process Big Data.

DDBJ センター
DDBJ(DNA Data Bank of Japan )論文や特許を通じて公知にされるDNAデータを網羅し、世界公共財として維持管理する国際学術事業を　米国GenBank欧州EMBLとの3者協力で行っています. また遺伝研スーパーコンピューターの設計維持管理を行い、解析ツールや環境を広く提供するとともに巨大データを扱うための技術や機器の評価を行い生命系への取り込みに努めています.

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プレス用
Computationally support the life science domain to make full use of the big data generated by the public science. At the same time it will serve as a platform of world-wide DNA data sharing operation at DNA Database Japan (DDBJ).