DNAバンク目次 Update手順

Luceneインデックス更新手順
次からインデックス作成と、インデックスの検索が衝突しないようにディレクトリを分けよう.
 * /home/oogasawa/data/DDBJ.updatingの下にあるデータに対してインデックスを作成する.
 * /home/oogasawa/data/DDBJ.currentの下にあるインデックスをサーブレットが見に行く.

1. データを貰う [oogasawa@sv05 lucene_index]$ pwd /opt/services/nig/DDBJ_project_index/lucene_index

[oogasawa@sv05 lucene_index]$ tree -L 3 . `-- ff_list `-- ddbj82 |-- 00       |-- 01
 * -- data
 * `-- ddbj82
 * |-- acc_vs_prjid.txt.gz
 * |-- accession.txt -> /opt/services/nig/DDBJ_project_index/src_of_update/2007-02-02.research_project/50/mkidx/ver.1.6/acc.txt
 * |-- prj.txt.gz
 * |-- project_1.txt -> /opt/services/nig/DDBJ_project_index/src_of_update/2007-02-02.research_project/50/mkidx/ver.1.42/prj.txt
 * `-- project_2.txt -> /opt/services/nig/DDBJ_project_index/src_of_update/2007-02-02.research_project/50/mkidx/ver.1.6/prj.txt

2. ディレクトリ構造の調整
 * ffディレクトリの下にフラットファイルの圧縮ファイル(*.seq.gz)を置く.

3. 実行 [oogasawa@sv05 data]$ nohup java -Xmx12G -cp ddbj_lib-0.0.1-jar-with-dependencies.jar ddbj.overview.OverviewUpdator &

4. 出来上がったインデックスの動作チェック

5. tomcatを起動、再起動

6. tomcat動作テスト

java, tomcatの設定
森山様

小笠原です. sv04のtomcatの立て方ですが、

cd /opt/services/nig/lucene_index/tomcat export CATALINA_OPTS=-Xmx10G bin/startup.sh

で起動できます. java自体は which javaすると現在は /home/oogasawa/local/jdk/bin/java にあるので、どこかしかるべきところにjavaをインストールするか、 しかるべく権限を設定をする必要があります.

しかるべきところにjava 1.6をインストールできますでしょうか？

よろしくお願いします.

小笠原　先生

お疲れ様です. 森山です.

> しかるべきところにjava 1.6をインストールできますでしょうか？ Sv04, sv05ともに /opt/services/nig/local/jre1.6.0_24 にJREをインストールしました.

> sv04のtomcatの立て方ですが、 > > cd /opt/services/nig/lucene_index/tomcat > export CATALINA_OPTS=-Xmx10G > bin/startup.sh > > で起動できます.

こちらで設定しようとしたところ、 cd /opt/services/nig/lucene_index/tomcat で、権限エラーとなってしまいます. （sudo権限ないので、、、）

上記の内容を、大塚さんに伝えれば、自動起動するように設定してもらえるとは思い ますが、 Tomcatもしかるべきところにインストールしておいたほうがいいでしょうか？

小笠原　先生

> sudo権限もらうか、tomcatをしかるべきところに置くかしましょう.

sv04, sv05ともに catalina.shを編集して

JRE_HOME="/opt/services/nig/local/jre1.6.0_24" CATALINA_OPTS="-Xmx10G"

を設定しておきました.

起動および停止は /opt/services/nig/local/tomcat/bin/catalina.sh start /opt/services/nig/local/tomcat/bin/catalina.sh stop で、できます.

あとはアプリの配置が必要です.

動作確認の過程で、sv04のtomcatを誤って停止させてしまったので、 復旧お願いします.

よろしくお願いします.

[oogasawa@sv04 ~]$ /opt/services/nig/local/tomcat/bin/catalina.sh stop Using CATALINA_BASE:  /opt/services/nig/local/tomcat Using CATALINA_HOME:  /opt/services/nig/local/tomcat Using CATALINA_TMPDIR: /opt/services/nig/local/tomcat/temp Using JRE_HOME:       /opt/services/nig/local/jre1.6.0_24 Using CLASSPATH:      /opt/services/nig/local/tomcat/bin/bootstrap.jar 2011/04/25 23:41:40 org.apache.catalina.startup.Catalina stopServer 致命的: Catalina.stop: java.io.FileNotFoundException: /opt/services/nig/local/tomcat/conf/server.xml (Permission denied) at java.io.FileInputStream.open(Native Method) at java.io.FileInputStream. (Unknown Source) at org.apache.catalina.startup.Catalina.stopServer(Catalina.java:395) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at org.apache.catalina.startup.Bootstrap.stopServer(Bootstrap.java:338) at org.apache.catalina.startup.Bootstrap.main(Bootstrap.java:416)

小笠原先生の配置した/opt/services/nig/lucene_index/tomcat/webapps/ddbjSearch を使用した場合でも、 （/opt/services/nig/local/tomcat/conf/server.xmlにて、  を設定） ddbjSearch.warによって配置された、 /opt/services/nig/local/tomcat/webapps/ddbjSearchを使用した場合のどちらで も、以下の例外がcatalina.outに出力されます.

情報: Server startup in 832 ms java.io.IOException: Cannot create directory: /home/oogasawa/data/DDBJ.current/lucene_index/project_index at org.apache.lucene.store.FSDirectory.getDirectory(FSDirectory.java:175) ...

Luceneのインデックスフォルダに対する書き込み権限が必要なのかもしれません.

データ更新記録

 * DNAバンク目次 DDBJ rel.82更新
 * DNAバンク目次 DDBJ rel.83更新