運用仕様書2011

ＤＤＢＪデータベース構築支援・運用開発業務仕様書

DDBJ database system application and development with annotation support

平成22年12月

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所

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１．名称	1 ２．目的	1 ３．背景	1 ４．請負対象業務	6 ５．作業対象システム	6 ６．作業員に必要な技術および体制	6 ７．作業場所	7 ８．請負の内容	8 ９．請負業務内容の詳細	8 １０．作業報告および打ち合わせ	11 １１．厳守事項	11 １２．技術的要件の概要	11 １３．履行期間	11 １４．監督職員	11 １５．提案に関する留意事項	11 =１．名称 ＤＤＢＪデータベース構築支援・運用開発業務=

=２．目的 = DDBJとは、DNA Data Bank of Japan の略称である. DDBJは、欧州のEBI/EMBLおよび米国のNCBI/GenBankと協力して『DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース』を構築している. 本件は、DDBJに対して、DDBJデータベース業務全般の構築支援・運用開発業務を支援する為のものである. ここでいうDDBJデータベース構築支援・運用開発業務とは、DDBJにおいて構築を行っている国際DNAデータベースにおけるデータ収集／更新の各業務、海外の協力DNAデータバンクとの協力業務、および各業務遂行に必要なデータベース処理やデータ登録者が登録データ入力を行うためのコンピュータソフトウェアの整備／配布業務のすべてを指す. さらに、内外との研究者と協力して行う研究開発業務を指す. 主に、システム面からの研究支援および研究を行う. すなわち、請負者は情報処理システム全般に精通しているのみならず、バイオインフォマティックス分野の技術と国際DNAデータバンクに関する相当程度の知識と業務経験を有し、業務システムの設計と運用計画の策定、及びその確実な運用を行うことが求められる.

=３．背景= ＤＤＢＪは、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター (Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan; CIB/DDBJ) 内で運営されている（図１参照）. このCIB/DDBJは、発展しつつある生命情報学のわが国における研究拠点として、1995年4月に設立された. 今日、生物学の研究において、コンピュータが実験器具と同等に必要になっている. 特に、猛烈なスピードで蓄積しつつあるDNA配列データ（図２・３・４参照）など、生命情報の処理や解析にはコンピュータ科学・技術が必須であり、これが生命情報学を誕生させ、発展させている原動力となっている. CIB/DDBJは、コンピュータを使った生命情報の解析・処理のための環境と人材を整備しつつ、国内外における生命情報学の分野で主要な役割を果たすことを目的とした活動を行っている. また、DDBJは、CIBが行う事業の１つとして運営されていたが、2001年4月より公式に国立遺伝学研究所の組織として認められ、生命情報・DDBJ研究センター内で活動を行っている. DNAデータベースとしての近年の特に代表的な活動としては、2007年6月には、メダカの全ゲノム約7億塩基のデータを登録・公開した. この中に少なくともは約20,000の遺伝子が含まれている. また、7月には、コオロギのhigh-throughput cDNAデータ約32,000エントリーの登録・公開を行った. さらにDDBJ独自のデータ検索ツールであるARSAを正式に公開した. これらの活動は2008年のNucleic Acids Research Database Issueに発表した. また、近年では、次世代型塩基配列決定装置が我が国でも使用されてきて、膨大な量のデータが産生され、DDBJに登録されるようになってきた. DDBJでは、2008年7月からはトレースアーカイブデータ登録の受入開始、ひきつづきシーケンスリードアーカイブデータの受入れおよびその登録基盤整備（DRA）を始めた. これにより、例えばゲノム配列の生データ及びアセンブル後の配列が共に登録、公開可能となり、2009年には納豆菌 (Bacillus subtilis subsp. natto str. BEST195 )、イネ　コシヒカリ (Oryza sativa Japonica Group, cultivar Koshihikari )等が登録された. また2010年10月には初の日本人全ゲノム配列データがDRAより公開された. シーケンスリードデータは、そのデータ量が大量である為、保管・公開に大容量のストレージやサーバー環境が必要であること、登録量が急激に増加していること、また様々な解析手法との連携が必要であることから、新システムの開発とあわせ、従来からのDDBJシステムを最大限に活用および改善して行くことが必要な状況である. 以上のように、刻々と変化する研究環境や動向に合わせて、我が国や海外の多くの研究者に資することがDDBJの使命であり、当仕様書の背景である.

=４．請負対象業務 = ＤＤＢＪデータベース構築支援・運用開発業務は次の事項を行うものである.

４．１．	ＤＤＢＪデータベース運用業務関連
（１）	ＤＤＢＪデータベース構築環境の管理 （２）	ＤＤＢＪデータベーススキーマの管理 （３）	ＤＤＢＪデータベースサーバーの管理

４．２．	ＤＤＢＪデータベース構築支援業務関連
（１）	DNA配列データのアノテーション支援

４．３．	ＤＤＢＪデータベース開発業務関連
（１）	アノテーションシステムの継続的開発 （２）	構築業務補助サブシステムの開発

５．作業対象システム
国立遺伝学研究所、ＤＤＢＪにおいて、発注者が指定する機材とする.

６．作業員に必要な技術および体制
ＤＤＢＪデータベース構築には、専門的な科学情報データを扱うためのＤＮＡに関する専門知識と、複雑な科学情報データベースシステムを管理するための技術が必要である. 加えて、国際ＤＮＡデータバンクとして海外の協力ＤＮＡデータバンクとのデータベースの共同構築を行う必要から、以下の技術および体制が作業員に要求される.
 * （１）	作業員は通常の勤務時間内（土曜日、日曜日、国民の休日に関する法律に定める休日、年末年始（12月29日から翌年1月3日まで）およびDDBJ業務維持管理日（5月1日から5月5日まで、8月11日から8月15日まで）を除く）において原則３名以上とし、それぞれ発注者が指定する場所に常駐すること. なお、3名を下回った場合は他の者が下回った該当者の業務を補うものとし、作業報告書にその旨記載すること. また年４回（６、９、１２、３月）の定期リリース作成時及びその他必要な場合には、上記勤務時間以外の勤務及び休日出勤が必要となる場合がある.


 * （２）	全ての作業員は、バイオ系情報処理業務の経験を有し、本仕様書に示した業務を円滑に遂行できる能力を有すること（本仕様書で使用されている用語についての知識は必須である）. また、２名以上はバイオ系情報処理業務において３年以上の経験者とし、経験者の１人以上が常時他を指導できる体制であること.


 * （３）	全ての作業員はコンピュータソフトウェア技術者であり、その内2名以上の者は情報処理技術者資格を有すること.


 * （４）	バイオ系研究者および開発者との協力体制を密に行うため、バイオ系学士または相当の知識のある作業者が最低1名はいること.


 * （５）	作業員全てがC++言語もしくはJava言語によるシステム開発経験をもつこと.

・RDBシステム ・UNIX系OS上でのサーバアプリケーション ・Windows系OS上でのGUIアプリケーション
 * （６）	次に挙げるシステムそれぞれについて、最低1名以上が開発経験をもつこと.


 * （７）	全ての作業員は、英文の参考文献、マニュアル等を十分理解できる程度の読解力を有すること. ＤＮＡデータベース運用支援業務においては、英文学術論文の調査が必要であるため、そのうち１名以上は、ＤＮＡ関連英文学術論文を十分理解できる程度の専門英語読解力を有すること.

７．作業場所
静岡県三島市谷田１１１１ 大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所　生命情報・ＤＤＢＪ研究センター 日本ＤＮＡデータバンク（ＤＤＢＪ）

８．請負の内容
（１）	発注者が必要とする、ＤＤＢＪデータベース構築支援・運用開発業務を請負業者に前項作業場所において請負わせるものとする.

（２）	請負業務の時間帯は、土曜日、日曜日、国民の休日に関する法律に定める休日、年末年始（12月29日から翌年1月3日まで）およびDDBJ業務維持管理日（5月1日から5月5日まで、8月11日から8月15日まで）を除き、おおよそ月曜日から金曜日までの午前９時から午後６時までとする. ただし、年４回（６、９、１２、３月）行っている定期リリース作成時（この期間は、それぞれに２週間程度集中的に業務を行う必要がある. ）及びその他必要な場合には、上記勤務時間以外の勤務及び休日出勤が必要となる場合がある.

９．請負業務内容の詳細
以下の項目は、過去のＤＤＢＪ業務実績に基づいた作業内容である. 以下に記載されていない事項で、運用上必要となる作業については、別途、ＤＤＢＪと請負者の双方で協議し決定することとする.

９．１．ＤＤＢＪデータベース構築環境の管理
データベース構築環境の管理に関わる以下の作業を行うこと.
 * （１）	データベースユーザの登録／管理作業: データベースユーザの登録および変更・削除等の作業は、ＤＤＢＪ担当者からの要求に応じて随時行う.
 * （２）	データベースマネージメントシステムのアップデートに伴う作業: 当該作業は、DDBJ担当者との協議の上行う.
 * （３）	データベースファイルのデータ量の増大にともなうエリアの割り当て作業
 * （４）	ＤＤＢＪにおける新規登録DNAデータや、海外の協力ＤＮＡデータバンクからの新規登録ＤＮＡデータの、データ量、データ構成の定期的な調査
 * （５）	勤務時間内におけるデータベースの監視と異常時の対応及び障害からの復旧作業
 * （６）	夜間・休日等の勤務時間外における、データベースの異常連絡に対する３時間以内の対応

９．２．ＤＤＢＪデータベーススキーマの管理
ＤＤＢＪデータベースのデータベーススキーマ管理に関わる以下の作業を行うこと.
 * （１）	生物学的事象を良く反映したＤＮＡデータ格納テーブル／フィールドの設計
 * （２）	関連データ間の整合性確立のための仕組みの設計
 * （３）	複数のテーブルにまたがる生物学的事象を直観的に参照可能なビューの設計
 * （４）	データ検索、年４回（６、９、１２、３月）の定期リリース作成作業におけるパフォーマンスを考慮したテーブル／フィールド及びインデックスの設計ならびに実行
 * （５）	データベース構築業務を管理するテーブル／フィールドの設計
 * （６）	上記設計によるスキーマに基づいた、将来的に要求されるデータ量の増大を考慮したデータベースサイズの概算見積
 * （７）	上記設計に基づいた、データベーススキーマに関する仕様書の作成・上記仕様書の導入、及び関連コンピュータプログラムの開発
 * （８）	上記設計をもとに、ＤＤＢＪの担当者との綿密な仕様策定を行い、仕様を決定する

９．３．ＤＤＢＪデータベースサーバーの管理
ＤＤＢＪデータベースを構築するためのデータベースサーバーについて、以下の管理作業を行うこと. サーバーアカウントの登録および変更・削除等の作業は、ＤＤＢＪ担当者からの要求に応じて随時行う.
 * （１）	サーバーアカウントの登録／管理作業
 * （２）	サーバー上のデータのバックアップ取得／保存作業
 * （３）	勤務時間内におけるサーバーの監視と異常時の対応及び障害からの復旧作業
 * （４）	夜間・休日等の勤務時間外における、サーバーの異常連絡に対する３時間以内の対応

９．４．DNA配列データのアノテーション支援
ＤＤＢＪの担当者からの要請に応じて、随時、ＤＤＢＪデータベース内のDNA配列データのアノテーションに関わる以下の支援作業を行うこと.
 * （１）	アドホックなクエリによるDNA配列データの複雑な検索処理
 * （２）	データベース全体にわたる広範な一括アノテーション処理
 * （３）	大規模アノテーション処理実施に先立つデータ状態の事前調査

９．５．アノテーションシステムの継続的開発
登録データのアノテーション、登録・管理作業のさらなる効率化を目指し、また米国NCBI・欧州EBIとの会議で決定される多くの仕様変更の実現のために、アノテーションシステムの開発及び運用を継続して行う.
 * （１）	仕様検討
 * （２）	設計
 * （３）	開発
 * （４）	テスト
 * （５）	システム移行
 * （６）	運用

９．６．構築業務補助サブシステムの開発
構築業務に主に用いられるアノテーションシステムのほか、ショートリードデータ登録および管理システム、データ登録者への公開予定自動通知システム、DNA配列エントリのセカンダリ化システムなど、多数の既存補助システムの保守、運用作業を行うと同時に、必要に応じて、構築業務を効率化するための新規システムの仕様検討、開発支援および運用作業を行う.

９．７．その他システム
上記以外の内部管理用システムなどに関しても、ＤＤＢＪの担当者との打ち合わせの上、仕様検討、開発支援及び運用作業を行う.

１０．作業報告および打ち合わせ
作業にあたっては、日々の作業報告書、及び、その他必要な記録を作成し提出すること. また、週に１回程度ＤＤＢＪの担当者との打合せを行い、作業項目、日程及び問題点とその改善策等について打合せを行うこと.

１１．厳守事項

 * （１）	常駐所内における盗難防止及び火元確認その他施設の安全管理、整理整頓及び清掃を責任をもって行い、発注者が貸与するものについては、十分な注意を払って良好な管理をすること. また、発注者の指示に従うこと.
 * （２）	請負者及び作業従事者は、業務上知りえた一切を他に漏らしてはならない. また、他の目的に利用してはならない.

１２．技術的要件の概要

 * （１）	本仕様書に示す要件はすべて必須の要求要件である.
 * （２）	必須の要求要件は本研究所が必要とする最低限の要求要件を示しており、提案内容が本仕様書を満たしていないとの判断がなされた場合には、不合格となり、落札決定の対象から除外する.
 * （３）	提案内容が本仕様書を満たしているか否か判断は、本研究所技術審査職員において、提案内容を含む入札説明書で求める提出資料の内容を審査して行う.

１３．履行期間
履行期間は、平成２３年４月１日から平成２４年３月３１日とする.

１４．監督職員
監督職員は、本研究所の経理責任者が監督を委任した職員が行うものとする.

１５．提案に関する留意事項
従って、審査するに当たって提案の根拠が不明確、説明が不十分で技術審査に重大な支障があると本研究所技術審査職員が判断した場合は、要求要件を満たしていないものとみなす.
 * （１）	提案に関しては、提案内容が本仕様書の要求要件をどのように満たすか、あるいはどのように実現するのかを要求要件ごとに具体的かつわかりやすく、資料等を添付する等して説明すること.
 * （２）	提案用紙はA4縦型で横書き左綴じとする. 特に印刷製本する必要はないが、手書きが含まれる場合には読みやすい体裁にすること.
 * （３）	提案された内容等について、問い合わせやヒヤリングを行うことがある.
 * （４）	提案資料等に関する照会先を明記すること.

作　業　報　告　書

平成　　年　　月　　日　　曜日 業 務 名　　ＤＤＢＪデータベース構築支援・運用開発業務 作業者  　　　　　　		印 印 印

作　　　業　　　内　　　容 １．ＤＤＢＪデータベース構築環境の管理 □　データベースユーザの登録／管理作業 □　データベースマネージメントシステムのアップデートに伴う作業 □　データベースファイルのデータ量の増大にともなうエリア割り当て作業 □　ＤＤＢＪにおける新規登録ＤＮＡデータや、海外の協力ＤＮＡデータバンクからの新規 登録ＤＮＡデータの、データ量、データ構成の定期的な調査 □　勤務時間内におけるデータベースの監視と異常時の対応及び障害からの復旧 □　データベース異常に対する対応 □　勤務時間内（対応内容：　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　） □　勤務時間外（対応内容：　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　） ２．ＤＤＢＪデータベーススキーマの管理 □　生物学的事象を良く反映したＤＮＡデータ格納テーブル／フィールド設計 □　関連データ間の整合性確立のための仕組みの設計 □　複数のテーブルにまたがる生物学的事象を直観的に参照可能なビユーの設計 □　データ検索、年４回（６、９、１２、３月）の定期リリース作成作業におけるパフォーマンスを考慮したテーブル／フィールド及びインデックスの設計ならびに実行 □　データベース構築業務を管理するテーブル／フィールドの設計 □　上記設計によるスキーマに基づいた、将来的に要求されるデータ量の増大とネットワー　ク経由でのミラーサイト構築を考慮したデータベースサイズの概算見積 □　上記設計に基づいた、データベーススキーマに関する仕様書の作成・仕様書の導入、及び関連コンピュータプログラムの開発 □　上記設計をもとに、担当者との綿密な仕様策定及び仕様決定 ３．	ＤＤＢＪデータベースサーバーの管理 □　サーバーアカウントの登録／管理作業 サーバーアカウントの登録および変更・削除等の作業は、ＤＤＢＪ担当者からの要求に応じて随時行う. □　サーバー上のデータのバックアップ取得／保存作業 □　勤務時間内におけるサーバーの監視と異常時の対応及び障害からの復旧作業 □　サーバーの異常連絡に対する対応 □　勤務時間内（対応内容：　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　） □　勤務時間外（対応内容：　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　） ４．DNA配列データのアノテーション支援 □　アドホックなクエリによるDNA配列データの複雑な検索処理 □　データベース全体にわたる広範な一括アノテーション処理 □　大規模アノテーション処理実施に先立つデータ状態の事前調査 ５．アノテーションシステムの継続的開発 □　仕様検討　　□　設　　計　　□　開　　発　　□　テ ス ト　　□　システム移行　　□　運　　用 ６．構築業務補助サブシステムの開発 □　多数の既存補助システムの保守、運用作業を行うと同時に、必要に応じて、構築業務 を効率化するための新規システムの仕様検討、開発支援および運用作業 ７．その他システム □　内部管理用システムなどの担当者との仕様検討及び開発支援内容の打ち合わせ ８．作業報告及び打ち合わせ □　作業項目、日程及び問題点とその改善策等の打ち合わせ ９．その他 □　（　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　）

監　督　職　員　：