DDBJの登録以外のサービス

How to make releases | DDBJの登録以外のサービス 　| DDBJの新型配列事業 =DDBJの検索= --- 特許庁の審査官が利用しているサービス　　特許庁情報システム室　白土様 mailed to oga From: Osamu Ogasawara  日付: 2012年2月2日15:29 件名: Re: 【至急：ご回答願います】DDBJシステムリプレイスに伴うgetentryの各種変更について
 * acc history DB (旧getentry)
 * DRA search
 * KW-search (apache solr, 旧ARSA)
 * TxSearch	 生物分類データベースを検索するシステム NCBIのデータを業務上毎日更新

○ダウンロード FTPサイトよりデータをダウンロード（手作業）、DNA検索システムに蓄積後、検索に利用 ○getentry DNA検索システムからURLおよびID（DDBJ：アクセッション番号、PDB：PDB-ID）を指定してエントリを取得（専用線経由） -
 * JPO  daily-W-DDBJ  ftp@DDBJ　 internet  2012-01-31
 * JPO  release-w-DDBJ  ftp@DDBJ  internet  2012-01-31
 * JPO  daily-W-DDBJ  getentry@DDBJ専用線  2012-01-31
 * JPO  release-w-DDBJ  getentry@DDBJ専用線 <Time> 2012-01-31
 * JPO <USES> TPA <BY> ftp@DDBJ <VIA> internet <Time> 2012-01-31
 * JPO <USES> Uniprot <BY> ftp@DDBJ <VIA> internet <Time> 2012-01-31
 * JPO <USES> PDB <BY> getentry@DDBJ <VIA>専用線 <Time> 2012-01-31

=既製品をインストールしてUIを作る等とともにデータ更新だけしているもの=
 * BLAST
 * CLSUTAL W
 * VecScreen	 ベクター由来の部分配列をBLAST 検索する NCBIから業務上頻繁にvector dataをDL
 * PhylogeneticTree	 Phylip形式のデータから、系統樹の画像を生成します.

=DDBJ&BIRD DB= Genome にre-annotation を行った結果　と　そのビューアー　(ref seq & Map viewer)
 * Gib	 DDBJから微生物ゲノムを抽出し整理したデータベース
 * GTPS	 微生物ゲノムデータに対して解析を行いORFの再アノテーションを行ったデータベース
 * GIBV	 DDBJからウィルスゲノムを抽出し整理したデータベース
 * GIBIS	 DDBJの挿入配列に注目し整理したデータベース

タンパク配列の総当たり計算　計算過程は独自？
 * Gtop

=API=
 * WABIcookBook: http://wabi.ddbj.nig.ac.jp/CookBook_jp/index.php/%E3%83%A1%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%9A%E3%83%BC%E3%82%B8
 * WABI:http://xml.nig.ac.jp/index_jp.html

=スパコンの利用によるサービス提供= MiGAP LOG
 * 解析パイプライン