CUDA, JCUDAを遺伝研スパコンにインストール

CUDA 4.1のインストール
現在JCudaはCUDA ver 4.1用にコンパイルされている. 遺伝研スパコンに入っているCUDAは4.0なので、CUDA 4.1を自分のホームディレクトリにインストールする.

http://developer.nvidia.com/cuda-toolkit-41-archive のページから、 をダウンロードする.
 * cudatoolkit_4.1.28_linux_64_rhel6.x.run
 * gpucomputingsdk_4.1.28_linux.run

後はこれらをbashで実行すればよい. 途中でインストール先のディレクトリを聞かれるので/home/youraccount/local/cuda と答えておいた. これだけで難なく入る.

ただし、 ので、GCCを自分で入れる必要が出てくる. => GCC 4.5を遺伝研スパコンにインストール
 * CUDA 4.1はGCC 4.6以上はサポートしていない
 * CUDA 4.0はGCC 4.5以上はサポートしていない

$ bash cudatoolkit_4.1.28_linux_64_rhel6.x.run


 * 1) ... いろいろ出力される
 * 2) 途中でインストール先を聞かれる.


 * Please make sure your PATH includes /home/oogasawa/local/cuda/cuda/bin
 * Please make sure your LD_LIBRARY_PATH
 * for 32-bit Linux distributions includes /home/oogasawa/local/cuda/cuda/lib
 * for 64-bit Linux distributions includes /home/oogasawa/local/cuda/cuda/lib64                                                     :/home/oogasawa/local/cuda/cuda/lib
 * OR
 * for 32-bit Linux distributions add /home/oogasawa/local/cuda/cuda/lib
 * for 64-bit Linux distributions add /home/oogasawa/local/cuda/cuda/lib64 and                                                      /home/oogasawa/local/cuda/cuda/lib
 * to /etc/ld.so.conf and run ldconfig as root


 * Please read the release notes in /home/oogasawa/local/cuda/cuda/doc/


 * To uninstall CUDA, delete /home/oogasawa/local/cuda/cuda
 * Installation Complete

$ bash gpucomputingsdk_4.1.28_linux.run


 * 1) ... いろいろ出力される
 * 2) 途中でインストール先を聞かれる.


 * Please make sure your PATH includes /home/oogasawa/local/cuda/bin
 * Please make sure your LD_LIBRARY_PATH includes:
 * for 32-bit Linux distributions: /home/oogasawa/local/cuda/lib
 * for 64-bit Linux distributions: /home/oogasawa/local/cuda/lib64 and /home/oogasawa/local/cuda/lib


 * To uninstall the NVIDIA GPU Computing SDK, please delete /home/oogasawa/NVIDIA_GPU_Computing_SDK
 * Installation Complete

両方入れる必要はなかったか. gpucomputingsdk_4.1.28_linux.runだけでいいのかな. あと、/home/oogasawa/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C　の下をmakeしておくこと. cd ~/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C make

ルート権限はないのでLD_LIBRARY_PATHを設定せねばならない. PATH export SCRIPTS=$HOME/local/scripts.sh:$HOME/local/scripts.pl:$HOME/local/scripts.clj:$HOME/local/scritps\ .rb:$HOME/local/scripts.py export MAVEN=/usr/local/pkg/maven/apache-maven-2.2.1/bin export CUDA=$HOME/local/cuda/bin export PATH=$SCRIPTS:$HOME/local/bin:$HOME/local2/bin:$MAVEN:$CUDA:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/cuda/lib64:$HOME/local/cuda/lib:$HOME/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/lib:\ $HOME/local/jcuda/lib:$LD_LIBRARY_PATH

JCUDA 0.4.1のインストール
http://www.jcuda.org/downloads/downloads.html から　JCuda-All-0.4.1-bin-linux-x86_64.zip　をダウンロード.

解凍すると以下の通り.

このなかの*.soファイルを$HOME/local/jcuda/libの下にコピーしてLD_LIBRARY_PATHを通しておく.

jarファイルのほうはmaven管理にする. 依存ライブラリがセントラルリポジトリに無い場合参照.