History of DDBJ

This page was reviewed by Dr. Y.Sakaki and Dr. H.Hori in the list of founders Okubo 15:05, 25 June 2012 (JST) =Founders= DNA data bank managing committee established in August,1983. Name and affiliations at that time
 * Chair: Prof.Uchida Tokyo-U. Institute of Medical Science 　+deceased
 * Prof. Akiyoshi Wada, Tokyo-U. Chairman of scientific committee for DNA research promotion in Agency of Science and Technology
 * Prof. Haruo Ozeki, Kyoto-U. +deceased
 * Prof.Tatsuo Ohi, Kyoto-U. +deceased
 * Prof. Mitsuru Takanami, Kyoto-U.
 * Prof. Takeo Maruyama, National Institute of Genetics. +deceased
 * Prof. Takashi Miyata, Kyushu-U.
 * Prof. Yoshiyuki Sakaki, Kyushu-U.
 * Presently President of Toyohashi University of Technology. sakaki@tut.ac.jp, :0532-789-2974
 * Prof. Hiroshi Hori, Nagoya-U.
 * Still active in Nagoya-U. hori@bio.nagoya-u.ac.jp 052-789-2974

=WHO IS THE WITNESS IN THE MINISTRY OF EDUCATION??=

=TIME LINE=
 * 	1980		1980年まずヨーロッパでの統合バンクを設立すべく，ドイツ，ハイデルベルグの EMBL 内にその準備室が組織された
 * 	1980		8月　EMBLから東大・医科研の内田教授に働きかけがあった. EMBL contacted Prof.Uchida in Medical Science Institute of Tokyo-Univ. on international collaboration.
 * 	1982		ロスアラモス国立研究所に米国ＤＮＡデータベース GenBank を作成 Los Alamos started GenBank
 * 	1982		欧州では欧州分子生物学研究所がやはり同じ１９８２年に EMBL データベースを発足 EMBL bank started
 * 	1982		9月，EMBL と GenBank の代表者の連名で科学技術DNA研究推進委員長をしておられた東大の和田昭允教授あてに国際 DNA データバンクへの参加要請があった.  Under the name of EMBL and GenBank representative, US-EU collaboration contacted Prof.Wada of Tokyo-U who was a chairman of scientific committee for DNA research promotion in Agency of Science and Technology ( which is now merged with Ministry of Education and Culture.
 * 	1983		科研費特定研究「遺伝情報システム編成」（代表者小関治男京大教授）が認可され，緊急措置として，京大・化研の大井龍夫教 授の研究室に「仮センター」が委託された. 次いで，1983年８月，「DNAデータバンク運営委員会」が設置され，内田教授が委員長に. この委員 会には，和田昭允教授(東大），小関治男（京大）教授，大井龍夫（京大）教授，高浪満（京大）教授，丸山毅夫（遺伝研）教授，宮田隆（九大）教授，榊佳之（九大）教授，堀寛（名大）教授（いずれも当時の職）らが委 員として参加  research grant for "the study of DNA information System" was awarded to a group of researchers Prof.Koseki as a leader and Genetic Information Center was started in his laboratory in Kyoto-U. They started "DNA bank managing committee". The Members were Wada, Koseki, Ohi, Takanami (Kyoto), Maruyama (NIG), Miyata (kyoshu-U), Sakaki (Kyushu-U), Hori (Nagoya-U.)
 * <YEAR>	1983	<EVENT>	将来国立遺伝学研究所（遺伝研）にデータセンターが設置されることを前提として、科学研究費「DNA DATA BASE の作成とその解析」（京都大学化学研究所大井龍夫教授代表）の課題開始 <ENG> Research grant "Construction of DNA DataBAnk started having Tatsuo Ohi (Prof of Kyoto-U, Chemical research institute as a leader.
 * <YEAR>1984-02 <Event> In the "DNA data bank managing committee"，the real center as a counterpart of EMBL-GenBank was decided to be placed in NIG and the name was decide as DNA Databank Japan (DDBJ)
 * <YEAR>	1984	<EVENT>	日本の DDBJ （京都大仮センター）もこのGenBank-EMBLの国際協力に参加. 当初は論文に発表されたデータを手作業で入力する形態をとり、３者で雑誌を分担して作業が行われていた. <ENG> Kyoto center started to type in by article survey.
 * <YEAR>1986 <EVENT>1986年文部省から DDBJ に予算措置が講じられた 運営費と教室新設(舘野原稿）名目不明　Ministry of Education started to support establishing DDBJ in NIG.　　Provide new laboratory with a professorship and an assistant professorship. Start continuous "Management Expenses Grants" for DDBJ activity. Need to Find who decided in this is Ministry of Education.
 * <YEAR>	1987	<EVENT>	遺伝研にDDBJ設置. <ENG> Kyoto-Center moved to National Institute of Genetics as planned beforehand in 1984 by the DNA data bank managing committee.
 * <YEAR>	1987-2	<EVENT>	２月ハイデルベルグで workshop が開かれ，内田教授（東大・医科研），丸山毅夫教授（遺伝研），金久実教授（京大）が参加した. この workshop で，DNAデータバンクを国際的な立場から助言勧告する国際諮問委員会の設置が決定された <ENG> AT the workshop held in Heidelberg, International advisory committee was decided to formulate in order to advise the bank business. Uchida (Medical science institute of Tokyo-U, Maruyama (NIG), Kanehisa Minoru (Chemical Institute of Kyoto-U) were the attendant.
 * <YEAR>1987-7 <Event> DDBJ リリース１は，1987年7月公開され，その内容は僅か66エントリー，108,970塩基だった <ENG> DDBJ released its first release; 66 entries 108,970bases.


 * <YEAR>	1988	<EVENT>	２月アメリカ，ベセスダで第一回DNAデータバンク国際諮問委員会，７月ハイデルベルグで第一回 DNA データバンク国際実務者会議が開催された. 両会議には DDBJ を運営することになった宮澤三造(遺伝研）が出席した. <ENG>The first DNA bank international advisory meeting (IAM) was held in Heidelberg. Prof. Sanzo Miyazawa of NIG attended this meeting.


 * <YEAR>	1990	<EVENT>	アノテーションを含むデータ作成を著者にまかせることで、論文発表と同時にデータをデータベースに登録することが多くの雑誌で著者に義務づけられるようになった. <ENG> Direct submission was started (This smart idea was provided from one of the EMBL advisors who was a NAR editor NAME??>
 * <YEAR>	1991	<EVENT>	リリース10からDDBJ形式でGenBank,EMBLのデータも公開開始 <ENG> DDBJ started to transform EMBL GENBANK into DDBJ format. SInce release 10.
 * <YEAR>	1992	<EVENT>	GenBank は１９９２年に当初のロスアラモスから NCBI へ移管され、<ENG> GenBank moved from LosAlamos to NCBI
 * <YEAR>	1994	<EVENT>	EMBL データベースの作成地もドイツの EMBL 本部から英国の EBI へ移転した <ENG> EMBL bank moved from Heidelberg to EBI


 * <YEAR> 1992 <EVENT> 京大化研にスパコン設置 Ministry of Education established/funded a first bio-super computer center in Chemical research center in Kyoto-U.
 * <YEAR>	1995	<EVENT>	遺伝研　　に文部省がスパコンセンターを設置 Ministry of Education established/funded a second bio-"supercomputer center " in NIG.
 * <YEAR> 1997 <EVENT> 東大医科研　ゲノム解析センターにスパコン設置 Ministry of Education established/ funded a third bio-supercomputer center in Medical Science Institute of Tokyo-U.


 * <DATE> 1991-09-20 <EVENT>	ゲノムネット東京－京都間が 64KBPS で開通　http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html
 * <DATE> 1992-09-01 <EVENT>	電子メールサーバー等のゲノムネットサービス開始（京大化研）　http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html
 * <DATE> 1992-09-30 <EVENT>	ゲノムネット東京－京都間が 192KBPS にアップグレード、京都－福岡間が 192KBPS で開通　http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html
 * <DATE> 1993-09-01 <EVENT>	ゲノムネット東京－京都間が 512KBPS にアップグレード　http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html
 * <DATE> 1994-04-01 <EVENT>	ゲノムネットヒトゲノム解析センター開発のシステム公開　http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html
 * <DATE> 1994-05-01 <EVENT>	ゲノムネット京都－福岡間が 512KBPS にアップグレード　http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html
 * <DATE> 1994-06-10 <EVENT>	ゲノムネット東大医科研－京大化研間に 155MBPS の NTT 実験線が開通http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html
 * <DATE> 1994-07-01 <EVENT>	ゲノムネット WWW サーバー開始（京大化研）　http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html
 * <DATE> 1996-04-01 <EVENT>	ゲノムネット京都－福岡間が 768KBPS にアップグレード　http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html
 * <DATE> 1996-05-17 <EVENT>	ゲノムネット海外線を TISN から IMnet へ移行　http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html
 * <DATE> 1996-05-29 <EVENT>	ゲノムネット東大医科研－京大化研間の NTT 実験線が STM から ATM へ移行　http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html
 * <DATE> 1997-03-31 <EVENT>	ゲノムネットとNTT との共同研究終了　http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html
 * <DATE> 1997-05-13 <EVENT>	ゲノムネット東京－京都間が 6MBPS の ATM 商用線へ移行　http://www.kanehisa.jp/Japanese/genomenet_J.html

1968	US ARPANET 1971	US-national cancer act 1973	Cohen-Boyer Molecular cloning by enzyme 1974	Cohen-Boyer Patent Applied 1975	Sanger Coulson Chain termination Sequencing 1977	Chemical sequencing of DNA by Maxam-Gilbert 1980	Cohen-Boyer Patent Approved after long controversy 1980	US Bayh-Dole Act 1983	Internet 1988	US NCBI 1990	Start Human genome project 1991	WWW 1995	US Paper Work Reduction Act 1996	JP Basic S&T law 1996	US e-Freedom of information Act 1997	Medline Goes Free (PubMed) 1998	JP TLO 1999	JP Bayh-Dole Act 2001	Budapest Open Access initiative 2002	JP IP basic law 2002	Start of HapMap project 2003	End of human genome project 2003	US NIH data sharing policy 2004	JP University Corp. 2004	OECD declaration of scientific data in publicly funded science 2005	US NIH Open Access Policy 2007	US Legislation of NIH OA policy 2007	US cancer genome mapping project
 * <YEAR>1968<EVENT>US ARPANET
 * <YEAR>1977<EVENT>Maxam-Guilbert
 * <YEAR>1983<EVENT>Internet
 * <YEAR>1988<EVENT>US NCBI
 * <YEAR>1971<EVENT>US-national cancer act
 * <YEAR>1980<EVENT>US Bayh-Dole
 * <YEAR>1991<EVENT>WWW
 * <YEAR>1995<EVENT>US Paper Work Reduction Act
 * <YEAR>1996<EVENT>US e-Freedom of information Act
 * <YEAR>2003<EVENT>US NIH data sharing policy
 * <YEAR>2005<EVENT>US NIH Open Access Policy
 * <YEAR>2007<EVENT>US Legislation of NIH OA policy
 * <YEAR>1990<EVENT>Start Human genome project
 * <YEAR>2003<EVENT>End of human genome project
 * <YEAR>2002<EVENT>Start of HapMap project
 * <YEAR>2007<EVENT>US cancer genome mapping project
 * <YEAR>2004<EVENT>OECD declaration of scientific data in publicly funded science
 * <YEAR>2001<EVENT>Budapest Open Access initiative
 * <YEAR>1993<EVENT>JPO-USTPO-EPO collaboration decided to use INSDC to publish patented sequence
 * <YEAR>1996<EVENT>科学技術基本計画　第一期
 * <YEAR>1998<EVENT>大学等技術移転促進法(承認TLO制度)
 * <YEAR>1999<EVENT>日本版バイドール法
 * <YEAR>2002<EVENT>知的財産基本法
 * <YEAR>2004<EVENT>国立大学法人化
 * <YEAR>2008<EVENT>KPO started to use DDBJ to publish patented sequence via KOBIC

=UNORGANIZED ITEMS==
 * 京大　金久先生の講義から"塩基配列データベース １９７０年代の終りには新しいテクノロジーが今後大量のＤＮＡ塩基配列をもたらすだろうということは誰の目にも明らかで、ＤＮＡデータベース（塩基配列データベース）を国家プロジェクトとして開始する動きが始まった. 米国では前述の NBRF とロスアラモス国立研究所が名乗りをあげたが、結局後者が１９８２年に米国ＤＮＡデータベース GenBank を作成することとなった. 欧州では欧州分子生物学研究所がやはり同じ１９８２年に EMBL データベースを発足させ、両者はそれ以来緊密な協力関係にある. 日本の DDBJ も１９８４年にこの国際協力に参加した. ＤＮＡデータベースはアミノ酸配列データベースや立体構造データベースより歴史が新しく最もコンピュータ化されていたにもかかわらず、前図 に示した加速度的なデータ量の増加に対応できず、その後いくつかの変遷を遂げている. 当初は論文に発表されたデータを手作業で入力する形態をとり、３者で雑誌を分担して作業が行われていた. データベース作成者はいわゆるアノテーション（注釈付け）に力を入れ、生物的に関連する配列があればそれをまとめる作業も行われていた. しかし、このような形態ではデータの急増に追いつかず、効率化が図られるようになった. それはアノテーションを含むデータ作成を著者にまかせることで、論文発表と同時にデータをデータベースに登録することが多くの雑誌で著者に義務づけられるようになった. これに伴い、３者の協力体制も雑誌分担から地理的分担へ移行し、オンラインまたはコンピュータ可読な形でそれぞれのセンターにデータが送られるようになった. この体制でカバーできない雑誌については、MEDLINE をもつ NLM の NCBI (National Center for Biotechnology Information) が GenBank のために継続して手作業で入力している. なお、GenBank は１９９２年に当初のロスアラモスから NCBI へ移管され、また１９９４年には EMBL データベースの作成地もドイツの EMBL 本部から英国の EBI へ移転した. さらに最近はゲノム解析の進展とともに、生物種ごとのゲノムデータベースや大規模な cDNA データベースが誕生し、個人のデータは一旦これらのデータベースセンターに蓄積され、そこから大量のデータが一括して GenBank/EMBL/DDBJ へ送られるケースが多くなってきている. 以上要約すると当初のＤＮＡデータベースは、タンパク質のＰＩＲデータベースと同じように生物的な付加価値をつけることに力を入れていたが、データの急増に対処するためＰＤＢと同じように公表（一般には雑誌での）を単位として著者から送られるデータを蓄積したレポジトリーに変化したことになる. つまりＤＮＡデータはアブストラクトなどの文献情報と同列に扱われており、公表されたものを順次コンピュータに登録していくだけなのでデータベース化が簡単である. しかしながら、これは生物的な付加価値をつけるという別の問題を未解決のままにしたことにもなっており、ホモロジー検索で生物的な意味づけのために利用しようとすると、同じような配列が多数得られてその処理が大変になってきている. データベース作成者の負担が軽くなった分だけ、データベース利用者の負担が大きくなったと言えるだろう. ＤＮＡデータベースは Medline や CAS などの文献データベースと同様にバックボーン的なデータベースとなり、分子生物学の研究という点からは異なるタイプのデータベースが必要となっている."
 * 菅原先生の原稿から"．1982 年に、GenBank が680,338 塩基のデータファイルを、EMBL も585,433 塩基のデータファイルを、提供し始めた．1982 年の日本の状況はどうであったか．1983年度からようやく、将来国立遺伝学研究所（遺伝研）にデータセンターが設置されることを前提として、科学研究費「DNA DATA BASE の作成とその解析」の課題が始まり、1985 年度に終了した．さらに２年後の1987 年、遺伝研に設置されたDDBJ は文献から独自に収集した108,970 塩基のデータを第１回のデータベースリリースとして公開した．その後、1992 年になってDDBJも、米欧２極が収集したデータも取り込んで、網羅的塩基配列データベースの提供を始めた．略　さて、前述の科学研究費課題の研究代表者であった京都大学化学研究所大井龍夫教授は、1986 年3 月の報告書に「核酸塩基配列決定法の画期的な開発によってそれまで不可能と思われていた遺伝子の配列情報を解き明かす道が開けてきた．---技術革新によるデータの増加は目に見えており、---米国、欧州においてDNA 配列データ収集とそのデータバンク設立に関する種々の会合が行われ、日本としてもその活動に対処しなければならなかった．---時期的にはやや遅れてはいたが必要欠くことの出来ない研究であり、それなりの成果を得ることが出来たと思っている」と記された．"

<TI> DDBJ 本格活動２０周年を迎えて<AU> 舘野義男 "国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 日本DNAデータバンク バンク長 今年（2007年）の7月でDDBJ が本格活動してから２０年目を迎えることになった. ここで本格活動開始と，はDDBJ が収集・編集した DNA データを世界に向けて公開（リリースと呼ぶ）を開始したこととする. リリース１は，1987年7月公開され，その内容は僅か66エントリー，108,970塩基だった. これらのデータはDDBJ が収集・編集したデータのみであり，1991年7月のリリース９まではすべて DDBJ のみのデータを公開していた. この頃，DDBJ の責任者である五條堀孝さんの提案で，この次のリリースから EMBL Bank や GenBank のデータも含めようということになった. その結果，1992年1月に公開されたリリース１０は９に比べて一挙に50倍以上のデータ量になった. 当時DDBJのスタッフの一人だった林田秀宣さんが，「メダカが鯨を呑み込むようなものだ」と言ったのを思い出す. DDBJ の本格活動以前に，我が国の DNA データバンクの設立に向けて種々の活動が始まっていた. これらの活動は，私達の諸先輩がこのデータバンク設立の重要性を十分に認識され，ご自身の研究を犠牲にしてまで遂行されたと聞いている. この稿では今は余り知られていない，これらの活動の一端を紹介したい. 活動の中心的存在だった元東大・医科研教授の内田久雄先生が数日前に逝去され，この思いを強くしている. 公共 DNA データバンクは，1980年まずヨーロッパでの統合バンクを設立すべく，ドイツ，ハイデルベルグの EMBL 内にその準備室が組織された. この約2年後，筆者はマックスプランク研究所を訪問することがあり，ついでに近くの準備室にも足を延ばした. 僅か３，４名ほどが従事する小さな組織だった. また同じ頃，アメリカに GenBank が設立された. 今年は EMBL Bank の本組織設立２５周年にあたり，EBI で開催された第20回DNAデータバンク国際実務者会議の期間中にその記念式典が行われた. 筆者も式典に参加したが，多くの EBI の参加者を目の当たりにして，隔世の感をもつとともに心からお祝いの気持ちを伝えた. 実は，我が国のDNAデータバンクの設立は，欧米の両バンクからの働きかけが契機となっている. 準備室の組織化の直後，まず1980年8月EMBLから東大・医科研の内田教授に働きかけがあった. 次いで，1982年9月，EMBL と GenBank の代表者の連名で国際 DNA データバンクへの参加要請があった. 要請先は，当時科学技術DNA研究推進委員長をしておられた東大の和田昭允教授である. 1983年，この要請を受けて，科研費特定研究「遺伝情報システム編成」（代表者小関治男京大教授）が認可され，緊急措置として，京大・化研の大井龍夫教授の研究室に「仮センター」が委託された. 次いで，1983年８月，「DNAデータバンク運営委員会」が設置され，内田教授が委員長に選ばれた. この委員会には，和田教授，小関教授，大井教授，高浪満京大教授，丸山毅夫遺伝研教授，宮田隆九大教授，榊佳之九大教授，堀寛名大教授（いずれも当時の職）らが委員として参加している. この中には，内田先生をはじめ故人となられた方々もおられる. 1984年２月DNAデータバンク運営委員会において，我が国を代表し欧米のバンクと国際共同構築を行うDNAデータバンクを遺伝研に設立することが決まった. また，その名を DNA Data Bank of Japan (DDBJ) とすることとした. その後1986年文部省から DDBJ に予算措置が講じられた. 1987年２月ハイデルベルグで workshop が開かれ，内田教授，丸山教授，金久実京大教授が参加した. この workshop で，DNAデータバンクを国際的な立場から助言勧告する国際諮問委員会の設置が決定された. そして，1988年２月アメリカ，ベセスダで第一回DNAデータバンク国際諮問委員会，７月ハイデルベルグで第一回 DNA データバンク国際実務者会議が開催された. 両会議には DDBJ を運営することになった宮澤三造さんた出席した. 1990年３月には三島プラザホテルで第三回国際諮問委員会が開催され，欧米バンクの関連者と富澤純一所長を始めとする遺伝研の教員が出席したが，筆者も列席したことを覚えている. そして，この年五條堀さんが宮澤三造さんの後を継いでDDBJを運営することになり，筆者も加わることになった. また，1996年４月には国際諮問委員会と国際実務者会議が遺伝研で開催されたが，この期間中にDDBJ１０周年記念式典ならびに祝賀会が，両会議出席者，文部省関係者，遺伝研運協・評議委員，遺伝研教職員らの参加を得て盛大に開催された. この２０年の間，辞められた方々を含めて実に多くの方々が DDBJ の仕事に携わってこられている. その全員の方々と共に２０周年を祝いたいと思う. （終） 2007年7月"
 * 舘野先生の原稿