坂井チームのしてること

坂井チームのしてること　（聞き取り　小笠原　大久保　書き取り大久保） 　１０月８日　２０１０年

NCBIがメイルでよこす論文リストに従って　未公開を公開　初報の仮名称か らの変更　続報の追記をする　連絡する　などを２名のJr.アノテータで実施 します. 毎日　少ない多いの変動あり　

１．Mail from NCBI
 * 一論文ひとつのメイルです.
 * 間歇的に発送されています.
 * 文面は定型で　論文の書誌情報とそれにふくまれるAcc#のリストで構成されています.
 * NCBIからの文献更新に関する定型メールは、直近3年間ですがおおよそ年間1200通前後（そのうち、2割程度が初公開に関するものです）.
 * ACCリストは大抵正確ですが　１論文多配列の場合に言及すべきACCが抜けて ることがまれにあります.
 * それはテーブルや図中にある番号の場合が多いです.
 * 論文はDDBJから公開済みまたは登録後未公開の配列の親である場合がほとんどでわずかに同じチームからの続報が含まれることがあります.
 * ごくまれにACCについて言及しているが別の著者による「関連論文」のことがあります. 

２．メイルのリストは津波にアップされます. 

３．Jr.アノテーターが「担当します」というフラグを立てて作業を分担します. 

４．メイル中の書誌情報を使いGoogleでジャーナルのサイトにゆき、 論文の書誌情報を読んで　初報、続報、関連　の区別をします. 
 * PubMedでも片付く場合も多いのですがPubMedから見えない場合がありま す. （印象として　１－１０％の間で）
 * pubMedがリストしてないのか？　それともしばらく待てば見えるのか？？

５．初報の場合は津波で仮書誌情報に正しい情報を上書きします. 続報の 場合は追記します. 
 * 一論文で複数のアクセッションがついていても　津波GT機能があれば　 一度に書き換えされます.
 * NCBIメイルにある複数のACCリストにもれがあっても　ＨｉＲで関 連付けが済んでいるともれなく検出できます.
 * HiRで関連付けができるのは　1) MSS経由の登録　2) SAKURAの連番 登録機能　を使っている場合です.
 * これ以外は　リテラルに論文フィールドを探すやりかたになります.
 * 定型メール中の表記方法は、著者名の記載法を含めPubMed形式の場合もあるが、そうでない場合もあります. いずれにしても手作業でDDBJ形式に変更します. （注）

6. 登録者に確認事項が無い場合は、コンタクトパーソン宛てにメールを送らずに文献情報を更新後、再公開を行います. 

6'. 登録者に確認事項がある場合は、コンタクトパーソン宛てにメールを送ります. そして、登録者に確認後、公開/再公開を行います. 
 * 登録者へのメールは、定型文に適宜加筆して行います. リターンされるとFAXします.
 * 許可を要するのではなくNoticeという態度でＯＫの場合もありますが、確認を必要とする場合は、必ず、登録者から確認をとります.