運用仕様書2012-March Only

=ＤＤＢＪ構築・公開システム運用支援仕様書= Specification for assisting DDBJ operation

平成23年2月 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所

１．名称
ＤＤＢＪ構築・公開システム運用支援仕様書

2．目的

 * DDBJ(DNA Data Bank of Japan )は、国立遺伝学研究所（遺伝研）内の組織であり、学術論文や特許公報等を通じて公知にされるすべてのDNA配列を網羅し、世界の公共財として継続的にひとつのデータベース『INSD 国際塩基配列データベース』にまとめ維持管理する国際学術事業をその使命としている.
 * また同事業は欧州のEBI/EMBLおよび米国のNCBI/GenBankと分担および相互協力体制（3極体制）で1987年より行われており、事業内容は遺伝研によって委託をうけたDNAデータ利用委員会およびEBI,NCBI,DDBJにより委託をうけた外部委員会である国際諮問委員会によって監督されている.
 * 本件は、これまで構築された既存のシステムの維持運用により、DDBJ事業に対しシステム面からの支援を提供するものである.


 * 具体的にはDDBJ事業とは、
 * （１）データ登録公開希望者の要請をうけ、DNA配列データおよびメタデータと注釈データ(アノテーション）を3極体制で定められる所定の様式で記載し「登録票」を作成することを援助し、登録票番号を発行し、その指定公開日までDDBJ内で保管すること. （データ登録査定事業）
 * （２）指定公開日を迎えた登録データは定常的なデータ交換によってDDBJに加えて欧州のEBI/EMBLおよび米国のNCBI/GenBankから同時に公開し、またGenBankおよびEMBL内で保管され公開日を迎えたデータも同様に公開すること（データ交換事業）
 * （３）登録後も登録者からの登録内容の修正、付加を受けつけて既存の配列票を更新すること（データ更新事業）
 * （４）データ公開後は世界中でその１次的、２次的利用を促進するためにデータの容易なダウンロード、検索閲覧、を可能にすること（データ提供事業）

の４つを事業を柱としている. 遺伝学研究所では上記(1)~(3)の一部分と(4)の業務への支援は現在スーパーコンピュータシステム（2007-3月～2012-2月)の運用の一部として５年契約で調達しているが2012年3月からのスパコン調達に含めないものとし、2012年4月から毎年(1)~(4)への支援をまとめて別に調達する方針とした. 　本調達はこのため、2012年3月に生じる(1)～(4)に対する支援の１か月分の欠損を臨時に調達するものである.

３．背景

 * DDBJは、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター (Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan; CIB/DDBJ) 内で運営されている. このCIB/DDBJは、発展しつつある生命情報学のわが国における研究拠点として、1995年4月に設立され遺伝研スーパーコンピューターシステムの運用とDDBJの運営を事業の柱としている. DDBJの歴史
 * 生命科学は過去30年間記述の客観性と定量性を高めることで基礎科学的理解と実社会への応用を進めてきたが、この客観性および定量性は分子生物学的手法によるDNAおよびRNA分子の配列決定に依るところが大きく、その実践で必要なコンピュータを用いた客観データや量的データの統計的解析やその他の情報処理はバイオインフォーマティックスと呼ばれる分野を形成するに至った. 　そのような生命科学においてDNA配列とその機能的注釈からなるDDBJデータは過去の研究の証拠としてのみならず基礎研究、応用研究の区別なく多くの研究計画や仮説形成に利用される極めて重要な研究資源の一つである.
 * DNA配列決定を中心とする研究の規模は80年台の分子クローニング時代には一遺伝子一教授といわれたが90年代の世界協力による標準ヒトゲノム配列の決定を経て、2000年以降は一研究で一生物種の全ゲノム配列や多くの組織細胞の遺伝子発現の定量的分析を行うようになり、現在は個々の疾患患者や健康人の全ゲノム配列の決定や土壌、海洋、腸内などの環境中の生物集合を含有DNA配列集合として記述するに至っている. このように世界中で決定されるDNA配列量は過去30年間加速度的に増加してきたが特に過去5年間では生データレベルでその増加はほぼ1000倍と見積もられており、DDBJに登録されるデータ量も比例的に増加し、現在１億4000万件を超える配列票と、数万件におよぶ数十Giga byteの生データの登録を管理提供している.
 * 日々増大を続ける膨大巨大なデータを授受し加工管理し検索提供するDDBJ事業は巨大データを扱う高度な情報処理技術や計算資源への依存度を年々高めているが、幸い来年度の遺伝研スパコンの更新において十分に事業に対応可能な計算資源とその運用を調達したところである.


 * DDBJ事業では、その成果物であるデータ自体(DDBJ/EMBL/GenBank, INSD)は世界の述べ数十万人のデータ登録者からの寄託の集積であり、データの全体について誰も占有権を主張しえないという歴史的な特徴を持つ. そのため、直接的利用のみならずその下流で多くの学術や商用の情報サービスの材料として有効に再利用されている. この特徴は理想的な科学公共財の構築と維持のモデル事業として科学分野で言及されることが常であり、近年特に重要視されるデータ中心科学におけるデータ共有運動においても先導的にふるまうことを期待され一層社会的にも重要度を増している.

4.1　業務の概要
以下の業務を、4.2項に指定する作業場所にて常駐で行うこと. ・情報システムの運用支援作業. ・DDBJデータバンク事業の運営支援作業. ・上記の業務を実施するうえで、必要とされる役務提供業務. ・業務の運用を支援するために必要となった、軽微なアプリケーションの改修作業. ・情報システムをDDBJの新コンピュータシステム上で稼働させるための移行作業.

4.2　作業場所
受注業者の作業場所は原則以下とする. 静岡県三島市谷田1111 大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所　生命情報・DDBJ研究センター

上記以外の場所で作業を行う必要がある場合については、事前に本研究所に提出し、承認を受けること.

4.3　作業期間
・平成２４年３月１日から平成２４年３月３１日までとする. ・運用支援を行う日は、土曜日、日曜日、国民の休日に関する法律に定める休日を除く日とする. ・運用業務を行う時間については、原則、運用支援業務を行う日の9時から17時30分までとする. （但し、12時から13時までは休憩時間とする. ） ・緊急作業及び本業務を実施するために必要な作業がある場合は、この限りではない.

4.4　納入成果物
毎月、その期間の業務終了後、業務完了報告書を本研究所管理部経営企画課に提出すること.

5.1　情報システム運用作業
DDBJ業務を情報システム面から支援する為に以下の運用作業を実施すること. なお、運用するアプリケーションについては、別紙1参照とする.

5.1.1　情報システム全般に対する運用作業
対象とするシステム全般について、以下に述べる運用作業を行うこと. また、運用開始後、これらの作業の効率や内容の改善に必要なソフトウェアについては、改良または開発を継続的に検討、実施すること. 個別のシステムについての独自の作業については後述する. なお、本件の支援業務の範囲は原則としてミドルウェア、アプリケーションソフトウェアに関わる範囲とし、ハードウェアの管理作業については、範囲に含まない. 運用対象となるシステム全般について、作業に必要なソースコードや開発環境等一式は、全て無償で貸与される.
 * 1) (1)稼働確認作業: 運用支援を行う日、夜間バッチ等の自動処理システムについて、正常に稼働していることを確認すること. また、必要に応じて処理の実行スケジュールの見直し、立案等も実施すること.
 * 2) (2)ログ収集作業: アクセスログ等のアプリケーションが出力するログについては、収集、保管の上、定期的に統計解析を実施して提示すること. 解析手法や可視化方法等については、個別のシステムの性格に適した内容で実施し、また事業運営に必要な視点の変化に合わせ、随時改良についてDDBJ担当者と協議すること.
 * 3) (3)アプリケーション起動・停止作業: 計画停電等の際、必要に応じてシステムの停止、起動、稼働確認を行うこと. これには、停止期間中に実行されなかった処理の手動実行や再スケジューリング等、業務復旧に必要な関連作業も含む. 各処理の必要性については、都度、その時の事業状況に照らしてDDBJ担当者と協議すること.
 * 4) (4)バックアップ作業: 各システムとも、定期的にシステムのバックアップを取得し保存すること. 頻度や方法は、各システムの性質により最適な計画を立案し、実施すること. 計画は年に1度程度、見直しを行うこと. バックアップに必要な装置や環境については、DDBJで用意された環境へおこなうが、実行性能や容量は監視し、不足時にはDDBJ担当者と協議すること.  これには遠隔地への保管も含まれる. 現在DDBJでは、東京大学構内に設置された情報システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(以下DBCLSと略す)の協力で、DBCLS内のストレージ装置に定期的に遠隔バックアップを行っている. 適宜必要に応じてDBCLSの担当者と協力して運用を行うこと.  また、システムによっては代替不能なユニークなデータを生産するものもある. それらについては、データのバックアップも行うこと.
 * 5) (5)保守作業: システムに障害が発生した場合、1次切り分け調査から復旧完了まで、一連の作業を行うこと. ハードウェアやOS、ネットワーク等、計算機管理者の作業範囲に含まれる部分については範囲外とするが、それぞれの受注業者及びDDBJ担当者と協力して問題の解決に当たること.  オープンソースソフトウェアに関しては受注業者にて情報収集や障害原因の切り分けを行う体制を確保すること.
 * 6) (6)予防保守作業: システムに含まれるミドルウェア等について、パッチ適用やバージョンアップ等が必要でないか、定期的に検討を行うこと. 特に、外部からのネットワークアクセスが発生するシステムについては、関連のセキュリティ情報は常時確認し、要不要を検討すること. また、その結果必要な作業について実施すること.
 * 7) (7)サーバ証明書購入支援: httpsプロトコルによるセキュアな通信が必要なサーバ、サービスについて、サーバ証明書の購入に関わる作業支援を行うこと. 原則として購入済みの証明書の更新手続きが主となるが、新規購入が必要となる可能性もある. DDBJ側担当者と良くタイミングや分担を調整しながら行うこと. また、サーバ証明書のほか、コード署名証明書、ドメイン名の購入や登録などの購入手続き支援も行うこと. なお、購入に必要な費用一切に関しては、DDBJが負担する.

5.1.2 　データ登録受付系システム
研究者から塩基配列データをDDBJデータベースへ登録する為の以下のシステムの運用を行うこと.


 * 1) (1)大量データ登録システム(MSS): 相互に関係の強い多数の、または長大な配列登録票をセットとして受け付ける為の仕組みである. 当該システムでは、アノテータ専用の履歴管理システム、またデータ登録者用に提供されるスタンドアローンプログラム類の維持や提供も含めて運用すること. また、データファイルの受領に使用するための専用ftpサーバが存在する. DDBJ担当者と協議し運用における技術的な支援を行うこと.
 * 2) (2)次世代シーケンサ生データ登録システム(DRA): 次世代シーケンサから産生された生データの登録を行う仕組みである. シーケンサ出力データと共に登録されるメタデータは、他極と協調し制定されたXMLスキーマで定義されており、登録システムもそのスキーマに依存して構築されている. 次世代シーケンサの普及に伴い、XMLスキーマも変化していくので、DDBJ担当者と協力して、常にその状況に追従して運用すること.
 * 3) (3)バイオプロジェクト登録システム(BioProject): バイオプロジェクトは既存のゲノムプロジェクトを拡張したデータベースで、2011年度中に運用が開始される. 本システムで登録されるデータは、他極と協調し作成されるXMLスキーマで定義されており、登録システムもスキーマに依存して構築されている. バイオプロジェクトデータベースの拡充に伴い、XMLスキーマの変更や運用ルールの変更が見込まれるので、先に挙げたデータベースと同様に、持続的な運用が可能な様、運用方法の設計や見直しを継続的に実施し運用すること.

5.1.3　データ査定システム
登録を受け付けたデータは、管理のためデータベースに格納され、アクセッション番号の発行を受ける. また、そこでDDBJのアノテータにより査定作業が行われ、最終的に査定合格したものだけが、公開用のテキストファイル(フラットファイル)やxmlの形式で出力される. 受注者は、当該システム全ての運用を行う他、DDBJのアノテータに代わって作業の一部を代行すること. データ査定システム群は大きく以下で構成される.
 * 1) (1)DDBJデータ査定補助システム: 研究者から受け付けた塩基配列データをDDBJデータベースへ登録するデータベースと、査定業務を補助するサブシステムからなる.
 * 2) (a)DDBJデータベース管理システム: 査定対象となるデータが格納されるデータベースと、そこに格納されるデータをアクセスし、アノテータによる査定を支援するシステム群で構成される. データベースは、PostgreSQLおよびテキストファイルで構築されており、格納するデータ種類別に4式に分割されている. 　（・通常登録用ＤＢ　・大量登録用ＤＢ　・ＷＧＳ登録用ＤＢ　・ＭＧＡ登録用ＤＢ）　また、それぞれについて同構成の開発用／テスト用のデータベースが存在し、同様に運用されている.
 * 3) (b)DDBJデータ査定補助システム: 査定業務を補助するための自動的に稼動しているシステムとして、様々なものがある. 多くは定時実行されるバッチ型システムや、または常時起動しているサーバ型システムである. これらの運用を行うこと. 以下に代表的なカテゴリとシステム名を以下に挙げる. これらは外部サイトから取得したデータを使用するものや、逆に出力したデータを外部に転送するもの等もあるため、データ取得等の別システムとの連携も重要である. 機能及び定時実行のタイミングや処理スケジュール等は、DDBJ担当者と協議の上、必要に応じて随時見直しを行い、常に最適な内容を維持すること.
 * 4) (ⅰ)査定作業支援
 * 5) *・非公開データ用相同性検索システム
 * 6) *・大量登録履歴管理システム
 * 7) *・非公開データ警告システム
 * 8) *・公開予定通知システム
 * 9) *・作業中データ通知システム
 * 10) *・電子メール記録システム
 * 11) *・TPAデータチェックシステム
 * 12) (ⅱ)自動データ更新、整理
 * 13) *・Taxonomyデータ更新システム
 * 14) *・Secondaryデータ更新システム
 * 15) *・不要レコード削除システム
 * 16) (ⅲ)国際協調支援
 * 17) *・ライブ／サプレス／キルリスト作成システム
 * 18) *・削除データ通知システム
 * 19) *・Projectデータベース
 * 20) (c)DDBJデータ査定補助システム: DDBJ担当者と協議のうえ、各種アノテータ業務の一部を代行すること
 * 21) (2)次世代シーケンサデータ査定システム: 次世代シーケンサ由来データに対して行われる、アノテータによる査定を支援するシステムである. 登録を受け付けたデータは、管理のためデータベースに格納され、DDBJのアノテータにより査定作業が行われる. 査定に合格したSRAメタデータに関して、アクセッション番号を発行する. さらに、次世代シーケンサから産生されたデータは、他極と協調し制定されたSRAフォーマットに変換する. 　次世代シーケンサデータ査定システムは大きく以下で構成される.
 * 22) (a)次世代シーケンサーデータベース管理システム: 対象となるデータが格納されるデータベースと、そこに格納されるデータをアクセスし、アノテータによる査定を支援するシステム群で構成される. データベースは、PostgreSQLで構築されている.
 * 23) (b)次世代シーケンサ査定補助システム: 査定業務を補助するための自動的に稼動しているシステムとして、以下のものがある. これらの運用を行うこと.
 * 24) *・SRAフォーマット変換システム
 * 25) *・SRAダンプ、Fastq作成システム
 * 26) (c)次世代シーケンサ査定代行作業: DDBJ担当者と協議の上、アノテータ業務の一部を代行すること. 　次世代シーケンサデータ登録システムと同様に、XMLスキーマ等の変化に対して、DDBJ担当者と協力して、常にその状況に追従して運用すること.
 * 27) (3)バイオプロジェクト査定システム: バイオプロジェクトデータに対して行われる、アノテータによる査定を支援するシステムである. 登録を受け付けたデータは、管理のためデータベースに格納され、DDBJのアノテータにより査定作業が行われる. 査定に合格したバイオプロジェクトに関して、アクセッション番号を発行する. バイオプロジェクト査定システムは大きく以下で構成される.
 * 28) (a)バイオプロジェクトデータベース管理システム: 対象となるデータが格納されるデータベースと、そこに格納されるデータをアクセスし、アノテータによる査定を支援するシステム群で構成される. データベースは、PostgreSQLで構築されている.
 * 29) (b)バイオプロジェクト査定補助システム: 査定業務を補助するための自動的に稼動しているシステムとして、以下のものがある. これらの運用を行うこと.
 * 30) *・dump作成システム
 * 31) (c)バイオプロジェクト査定代行作業: DDBJ担当者と協議の上、アノテータ業務の一部を代行すること. 　バイオプロジェクト登録システムと同様に、XMLスキーマ等の変化に対して、DDBJ担当者と協力して、常にその状況に追従して運用すること.

5.1.4　データベース公開系システム
データベースを一般に公開、提供するためのシステムの運用を行うこと. これには、主に以下のシステムがある.
 * 1) (1)次世代シーケンサデータ検索システム: DDBJに登録された次世代シーケンサ由来のデータを検索するシステムである. 次世代シーケンサデータ登録システムと同様に、XMLスキーマが変化に対して、DDBJ担当者と協力して、常にその状況に追従して運用すること.
 * 2) (2)バイオプロジェクト検索システム: DDBJに登録されたバイオプロジェクトデータを検索するシステムである. バイオプロジェクト登録システムと同様に、XMLスキーマの変化に対して、DDBJ担当者と協力して、常にその状況に追従して運用すること.

5.1.5　その他
上記以外にもDDBJ業務を支えるシステムとして、発現データ登録システム、トレースデータ登録システム、DDBJ統合認証基盤などがある. また記載外のシステムを含めてDDBJ担当者と協議の上、作業範囲を決定し、対応すること.

5.2　業務運営支援作業
本件では、情報システムの運用の他に、DDBJ業務の実施自体の支援も行うこと. 実施するのはDDBJ側担当者の作業の支援や技術的専門性の必要な作業の代行である. 従って、作業実施に際してはDDBJ側担当者、特にアノテータ等との密な連携を行うこと.
 * 1) (1)利用者対応支援作業: 運用対象のシステムについて、DDBJ内部、外部の利用者からの問い合わせに対して、主に技術的な内容に関して、回答、対応の支援を行うこと. また、質問および回答を掲載するQ&Aサイトを運用するなど、作業の効率化に努め、随時改善提案を行うこと.
 * 2) (2)査定業務支援作業: DDBJの査定作業担当者の業務を支援すること. 具体的には、大量データの特例的な処理を行う際にデータ処理を担当する等、IT分野の専門技術が必要な場合の作業代行等を中心に、その時々の必要に応じて、査定作業担当者の要望に応じた支援作業を行うこと. ただし、実施の可否に関しては、要望の内容の妥当性や、必要性と実施コストとの比較などの観点から、DDBJ側担当者との協議により決定すること.
 * 3) (3)INSDC対応支援作業: INSDCの枠組みにおけるDDBJの活動全般について支援を行うこと. これには、電子メールによるNCBI、EBI担当者との連絡、交渉などの他、毎年行われる国際実務者会議に関する事前の議事検討や事後の対応検討への参画なども含まれる. 議事内容によってはDDBJ側担当者の要請に基づき国際実務者会議への出席も行うこと. 国際実務者会議の開催場所は日米欧の持ち回りであるため、3度に2度は海外での開催となる. 必要な旅費や滞在費等の実費についてはDDBJから支給する.
 * 4) (4)データのレトロフィット作業: DDBJのデータベースでは、INSDCでの共通の基準に基づいて記述形式が定義されている. 定義の変更は毎年発生するが、その際、システムの機能についてだけではなく、既存のデータについても新たな定義に沿った形に一括修正が必要になる. DDBJ側担当者、主に査定作業担当者の要請に応じて、既存のデータについても、これらのレトロフィット作業が必要なデータの調査や、修正作業を行うこと.
 * 5) (5)統計情報取得作業: DDBJは年に一度、データ登録件数やサービス利用状況などの統計情報を取得して発表している. DDBJ担当者の要望に応じて、必要な統計情報の取得、解析を行うこと.

5.3　業務運営における役務提供
上記に記載されないがDDBJ業務運営に必要な場合は、DDBJ担当者より受注者に作業を依頼する場合がある. その際は、対応工数などをDDBJ担当者と協議し実施可否を決定すること.

5.4 業務支援における軽微なアプリケーション改修作業
各システムとも、稼働を維持するのに必要最低限なレベルの軽微なソフトウェアの改修を行うこと. 例えば、運用の改善のための変更や、３極間における規格の変更などに対応すること. 改修が一定以上の規模となる見込みの場合は、DDBJ担当者と協議し実施可否を決定すること.

5.5　移行作業支援
DDBJでは2012年3月より、新しいスーパーコンピュータシステムが稼働予定である. 各システムとも、現在の稼働環境から新コンピュータ上への移行作業の支援を行うこと.

6.1　運用支援要員に必要な技能および体制
DDBJデータバンク事業の運営には、専門的な科学情報データを扱うためのＤＮＡに関する専門知識と、複雑な科学情報データベースシステムを管理するための技術が必要である. 加えて、海外のＤＮＡデータバンクとデータベースの共同構築を行う必要や、個人ゲノム情報等の機微情報の取り扱いもあることから、運用支援要員は以下の技術および体制を有しなければならない.
 * 1) （１）契約後もしくは交替後１カ月以内にシステムの構造および運用業務の概要を理解できる能力を有すること.
 * 2) （２）システム及び関連ソフトの操作を理解していること.
 * 3) （３）システムを構成するハードウェア及びソフトウェアの基礎知識を有し、システム管理の基本操作を理解していること.
 * 4) （４）運用支援要員の半数以上は、バイオ系情報処理業務の経験を有し、本仕様書に示した業務を円滑に遂行できる能力を有すること(本仕様書で使用されている用語についての知識は必須である). また、2名以上はバイオ系情報処理業務において3年以上の経験者とし、経験者の1人以上が常時他を指導できる体制であること.
 * 5) （５）運用支援要員は全員コンピュータソフトウェア技術者であり、その内2名以上の者は情報処理技術者資格を有すること.
 * 6) （６）経済産業省の情報処理技術者試験による、情報セキュリティスペシャリストが運用支援要員中に最低1名いること. ただし、過去の試験区分の変更等により同等と見なされる資格の取得者も含めて良い.
 * 7) （７）経済産業省の情報処理技術者試験による、データベーススペシャリストが運用支援要員中に最低1名いること. ただし、過去の試験区分の変更等により同等と見なされる資格の取得者も含めて良い.
 * 8) （８）バイオ系研究者および開発者との協力体制を密に行うため、バイオ系修士または相当の知識のある運用支援要員が最低2名はいること.
 * 9) （９）運用支援要員全てがC++言語もしくはJava言語によるシステム開発経験をもつこと. またshell、perlおよびSQLの取扱に習熟していること.
 * 10) （１０）全ての運用支援要員は、英文の参考文献、マニュアル等を十分理解できる程度の読解力を有すること. ＤＮＡデータバンク運用支援業務においては、英文学術論文の調査が必要であるため、そのうち1名以上は、ＤＮＡ関連英文学術論文を十分理解できる程度の専門英語読解力を有すること.
 * 11) （１１）本研究所担当者が必要と判断した場合、INSDCにおける国際実務者会議等に出席すること.
 * 12) （１２）運用支援要員のうち3名以上は、現在のシステムで使用しているデータベースマネジメントシステム、PostgreSQLを使用したデータベースアプリケーション開発の経験を有すること.
 * 13) （14）運用支援要員のうち最低2名は、DDBJのデータバンク業務について熟知していること. 特に、データ登録に必要な、DDBJアノテーションファイル形式およびFASTA形式に詳しいこと(自分でファイルを記述できるレベル). また、SRAおよびバイオプロジェクトのメタデータ形式に詳しいこと. 実際に利用者として塩基配列の登録やSRA、バイオプロジェクトの登録を行った等の経験者が望ましい.
 * 14) （15）DDBJにおける研究成果の発信は、外部研究機関と連携して進めることとなる. 特に本研究所とともに情報・システム研究機構に属するDBCLS及び、科学技術振興機構に属し、我が国ライフサイエンスの発展に向けて、府庁間データベース統合を目指すバイオサイエンスデータベースセンター（以下、NBDCと略す）との連携は重要である. そのため、受注者は運用業務にあたり、以下の体制を有すること.
 * 15) *・受注者はDBCLS及びNBDC担当者と１回／月の打合せ実施など、綿密に連絡を取り合える体制を有すること.
 * 16) *・データ管理、公開など効率的、効果的なシステム開発支援および運用を実現するため、すべてのシステムの特徴を熟知した上での業務遂行が可能な体制を有すること.
 * 17) （16）運用支援要員は4.3項記載の作業時間内において原則５名以上とし、それぞれ発注者が指定する場所に常駐すること. なお、５名を下回った場合は他の者が下回った該当者の業務を補うものとし、その旨をDDBJ担当者に報告し、承認を得ること.

6.2　運用支援要員管理

 * 1) （１）従事者の限定・通知: 受注者は本業務以外の、現に本研究所のシステム構築、改修、リプレース又は運用支援業務に従事していない者の中から、本業務に従事する運用支援要員を確保し、担当業務、氏名、経験年数などを本研究所に提示し業務を行う. また、契約期間中に運用支援要員の変更があった場合も同様とする.
 * 2) （２）運用支援要員の改善・交替: 受注者は、運用支援要員のうち、本業務を履行する上で不適当と認められる者がある場合には、速やかに受注者の責任において当該運用支援要員の改善又は交替を行うこと. また、本研究所は、規律の維持、風紀及び健康状態等衛生面、並びに従事体制等を勘案し、本業務を履行する上で不適当と認められる運用支援要員について、受注者に対しその改善又は交替を求めることができる. この場合、受注者は、速やかに受注者の責任において当該運用支援要員の改善又は交替を行うこと.

6.3　作業体制の承認
受注者は、業務受託後、本研究所に対して作業体制（受注者側の体制図とそれぞれの役割の詳細）を報告し、承認を得て作業を進めること. また、業務実施に当たっては、本研究所の指示に従うとともに、関係機関との連携・協力を図りつつ実施すること.

7.　情報セキュリティ要件

 * 1) ①受注者は、「政府機関の情報セキュリティ対策のための統一基準（第４版）（平成21年度修正）」（平成22年5月11日、情報セキュリティ政策会議決定）に定めるほか、情報・システム研究機構が定める情報セキュリティポリシーを遵守すること.
 * 2) ②受注者は、本業務において取り扱う情報の漏えい、改ざん、紛失が発生することを防止する観点から、情報の適正な保護・管理対策を実施するとともに、これらの実施状況について、本研究所が定期若しくは不定期の検査を行う場合において、これに応じること. 万一、情報の漏えい、改ざん、紛失などが発生した場合に実施すべき事項及び手順等を明確にするとともに、事前に本研究所に提出すること. また、そのような事態が発生した場合は、本研究所へ報告するとともに、当該手順に基づき可及的速やかに修復すること.
 * 3) ③以下の内容を含む教育を実施する社内教育制度を有し、運用支援要員に対し教育を実施していること.
 * 4) *・個人情報保護・プライバシー保護に関する教育
 * 5) *・守秘義務に関する教育
 * 6) *・情報セキュリティに関する教育

8.1　ハードウェア構成
ハードウェア構成を別紙２に示す. DDBJスパコン移行作業時期に使用するテンポラリサーバ

8.2　ソフトウェア構成
ソフトウェア構成を別紙３に示す.

8.3　ネットワーク構成
ネットワーク構成を別紙４に示す. ※ただし、運用支援対象期間中において、機器のリプレースや新規ソフトウェアの導入などが行われた場合はそれらを運用支援の対象とする.

9.1　基本事項
受注者は、次に掲げる事項を遵守すること.
 * 1) ①本業務の遂行に当たり、業務の継続を第一に考え、善良な管理者の注意義務をもって誠実行うこと.
 * 2) ②本業務に従事する運用支援要員は、本研究所及び関連諸機関との円滑なコミュニケーションを行う能力と意思を有していること.
 * 3) ③本業務の履行場所を別の目的のために使用しないこと.
 * 4) ④本業務に従事する運用支援要員は、従事に関する所定の規則に従うこと.
 * 5) ⑤運用支援要員の資質、規律保持、風紀及び衛生・健康に関すること等の人事管理並びに運用支援要員の責めに起因して火災・盗難等不祥事が発生した場合の一切の責任を負うこと.
 * 6) ⑥受注者は、本業務の履行に際し、本研究所からの質問、検査及び資料の提示等の指示に応じること. また、修正及び改善要求があった場合には、別途協議の場を設けて対応すること.
 * 7) ⑦次回の本業務調達に向けた現状調査、本研究所が依頼する技術的支援に対する回答及び助言を行うこと.
 * 8) ⑧業務終了後の運用支援等を、受注者によらずこれを行うことが可能となるように、運用手順に係る教育・研修を本研究所等に対し行うこと.
 * 9) ⑨運用支援業務において作成したプログラムおよびドキュメントは本研究所担当者と協議の上、所定の場所に格納すること.

9.2 受注業者の資格要件
DDBJのデータ登録業務では、登録者の非公開情報の管理が必須となっている. そのような非公開情報の取り扱いや、大規模システムの安定運用、環境負荷への配慮を行うために、受注業者は以下 資格を有すること.
 * 1) ①ISO9001の認証を取得していること.
 * 2) ②ISO27001の認証を取得していること.
 * 3) ③ISO14001の認証を取得していること.
 * 4) ④プライバシーマーク付与認定を取得していること.

9.3 知的財産権
知的財産の帰属については、以下のとおり.
 * 1) ①本件に係り、作成・変更・更新されるドキュメント類及びプログラムの著作権（著作権法第21条から第28条に定めるすべての権利を含む. ）は、受注者が本件のシステム開発の従前より権利を保有していた等の明確な理由により、あらかじめ書面にて権利譲渡不可能とされたもの以外、原則的に本研究所に権利が帰属するものとする.
 * 2) ②本件に係り発生した権利については、受注者は著作者人格権を行使しないものとする.
 * 3) ③本件に係り発生した権利については、今後、二次的著作物が作成された場合等であっても、受注者は原著作物の著作者としての権利を行使しないものとする.
 * 4) ④本件に係り作成・変更・更新されるドキュメント類及びプログラム等に第三者が権利を有する著作物が含まれる場合、受注者は事前に本研究所に相談すること. 本研究所が必要と判断する場合、当該著作物の使用に必要な費用負担や使用許諾契約に係る一切の手続きは本研究所が行う.
 * 5) ⑤本件に係り第三者との間に著作権に係る権利侵害の紛争が生じた場合には、当該紛争の原因が専ら受注者の責めに帰す場合、受注者の責任、負担において一切の処理を行うこと.

9.4　機密保持
本業務を実施する上で必要とされる機密保持に係る要件は以下のとおりである.
 * 1) ①受注者は、受注業務の実施の過程で本研究所が開示した情報（公知の情報を除く）、別の受注者が提示した情報および受注者が作成した情報を、本受注業務の目的以外に使用又は第三者に開示もしくは漏えいしてはならないものとし、その為に必要な措置を講ずること.
 * 2) ②受注者は、本受注業務を実施するにあたり、本研究所から入手した資料等については管理台帳等により適切に管理し、かつ、以下の事項に従うこと.
 * 3) *・複製しないこと
 * 4) *・用務に必要がなくなり次第、速やかに本研究所に返却すること.
 * 5) *・受注業務完了後、上記①に記載される情報を削除または返却し、受注者において該当情報を保持しないことを誓約する旨の書類を本研究所に提出すること.
 * 6) ③応札希望者についても上記①及び②に準ずること.
 * 7) ④本研究所が求める場合は、「機密保持等に関する誓約書」を提出すること.
 * 8) ⑤機密保持の期間は、当該情報が公知の情報になるまでの期間とする.

9.5　再委託
受注者は、受注業務の全部又は主要部分を第三者に委託することはできない. 受注業務の一部を再委託する場合は、事前に再委託する業務、再委託先などを本研究所に報告し、承認を受けること. 受注者は、機密保持、知的財産権等に関して、本仕様書が定める受注者の責務を再委託先業者も負う様、必要な措置を実施し、本研究所に報告し、承認を受けること. なお、第三者に再委託する場合は、その最終的な責任を受注者が負うこと.

9.6　その他

 * 1) ①監督職員: 監督職員は、本研究所の経理責任者が監督を委任した職員が行うものとする.
 * 2) ②提案に関する留意事項
 * 3) *・提案に関しては、提案内容が本仕様書の要求要件をどのように満たすか、あるいはどのように実現するのかを要求要件ごとに具体的かつわかりやすく、資料等を添付する等して説明すること. 審査するに当たって提案の根拠が不明確、説明が不十分で技術審査に重大な支障があると本研究所技術審査職員が判断した場合は、要求要件を満たしていないものとみなす.
 * 4) *・提案された内容などについて、問い合わせやヒアリングを行うことがある.
 * 5) *・提案資料等に関する照会先を明記すること.


 * 別紙１：対象プログラム一覧（DBT／新規）
 * 別紙2：対象ソフトウェア構成