WABI (REST) GIBの仕様 (2009)

service_name	Gib service_desc_en	GIB (Genome Information Broker) is the comprehensive data repository of complete microbial genomes in the public domain. GIB will diffuse the genome sequence data and annotation in a day whenever the data is submitted to the International Nucleotide Sequence Databases (DDBJ, EMBL database and GenBank). service_desc_jp	GIB (Genome Information Broker) は公共データベースで公開されているゲノム配列が決定された微生物ゲノムを収録した包括的なデータベースです. INSD(国際塩基配列データベース：DDBJ/EMBL/GenBank)にゲノム配列が登録されたら、翌日にはGIBでも公開されます. link_en	http://gib.genes.nig.ac.jp/ link_jp	http://gib.genes.nig.ac.jp/ wsdl	http://xml.nig.ac.jp/wsdl/Gib.wsdl method_name	getAccession method_desc_en	Get accession number from chromosome ID. method_desc_jp	Chromosome ID からアクセッション番号を取得します. param_start	0 param_print_name	chid param_inout_name	文字列型 param_desc_en	chromosome ID param_desc_jp	chromosome ID param_example_start param_example	Ecol_K12_MG1655: param_example_end param_end	0 result_format_en	Accession number of a chromosome ID result_format_jp	指定した chromosome ID に該当するアクセッション番号 result_inout_name	文字列型 result_example_start result_example	U00096 result_example_end method_name	getCDS method_desc_en	Get CDS features of a chromosome ID. method_desc_jp	Chromosome ID から CDS フィーチャーを取得します. param_start	0 param_print_name	chid param_inout_name	文字列型 param_desc_en	chromosome ID param_desc_jp	chromosome ID param_example_start param_example	Ecol_K12_MG1655: param_example_end param_end	0 result_format_en	CDS features of a chromosome ID. The first column shows qualifier name, the second column shows qualifier value. result_format_jp	指定した chromosome IDに該当するエントリのCDSフィーチャーの情報がタブ区切りフォーマットで返されます. 第1項目はクオリファイア名、第2項目はクオリファイア値となります. result_inout_name	文字列型 result_example_start result_example	location	190..255 result_example	codon_start	1 result_example	db_xref	ASAP:ABE-0000006 result_example	db_xref	GI:1786182 result_example	db_xref	UniProtKB/Swiss-Prot:P0AD86 result_example	function	1.5.1.8 metabolism; building block biosynthesis; amino acids; threonine result_example	function	leader; Amino acid biosynthesis: Threonine result_example	gene	thrL result_example	locus_tag	b0001 result_example	note	go_process: threonine biosynthetic process [goid 0009088] result_example	product	thr operon leader peptide result_example	protein_id	AAC73112.1 result_example	transl_table	11 result_example_end method_name	getChIDFromOrganismName method_desc_en	Get chromosome ID of a organism name. method_desc_jp	生物種名から chromosome ID を取得します. param_start	0 param_print_name	orgName param_inout_name	文字列型 param_desc_en	organism name param_desc_jp	生物種名 param_example_start param_example	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 param_example_end param_end	0 result_format_en	Chromosome IDof a organism name result_format_jp	生物種名に対応する chromosome ID result_inout_name	文字列型 result_example_start result_example	Ecol_K12_MG1655: result_example_end method_name	getChIDList method_desc_en	Get organism and chromosome ID list registered in GIB database. method_desc_jp	GIB に収録されている生物種と chromosome IDの一覧を返します. result_format_en	Chromosome ID list registered in GIB database. The first column shows chromosome ID, the second column shows organism name. result_format_jp	GIB に登録されている chromosome ID の一覧がタブ区切りフォーマットで返されます. 第1項目は chromosome ID、第2項目は生物種名を示します. result_inout_name	文字列型 result_example_start result_example	Aaeo_VF5:	Aquifex aeolicus VF5 chromosome result_example	Aaeo_VF5:ece1	Aquifex aeolicus VF5 plasmid ece1 result_example	Aaur_TC1:	Arthrobacter aurescens TC1 chromosome result_example	Aaur_TC1:TC1	Arthrobacter aurescens TC1 plasmid TC1 result_example	Aaur_TC1:TC2	Arthrobacter aurescens TC1 plasmid TC2 result_example	Aave_AAC001:	Acidovorax avenae subsp. citrulli AAC00-1 choromosome result_example	Abac_ELLIN345:	Acidobacteria bacterium Ellin345 chromosome result_example	Abau_ATCC17978:	Acinetobacter baumannii ATCC 17978 chromosome result_example	Abau_ATCC17978:pAB1	Acinetobacter baumannii ATCC 17978 plasmid pAB1 result_example	Abau_ATCC17978:pAB2	Acinetobacter baumannii ATCC 17978 plasmid pAB2 result_example	Abor_SK2:	Alcanivorax borkumensis SK2 chromosome result_example	Acel_11B:	Acidothermus cellulolyticus 11B chromosome result_example	Acid_JS42:	Acidovorax sp. JS42 chromosome result_example	Acid_JS42:pAOVO01	Acidovorax sp. JS42 plasmid pAOVO01 result_example	Acid_JS42:pAOVO02	Acidovorax sp. JS42 plasmid pAOVO02 result_example_end method_name	getDivision method_desc_en	Get a division from chromosome ID. method_desc_jp	Chromosome IDからディビジョンを取得します. param_start	0 param_print_name	chid param_inout_name	文字列型 param_desc_en	chromosome ID param_desc_jp	chromosome ID param_example_start param_example	Ecol_K12_MG1655: param_example_end param_end	0 result_format_en	Division such as Bacteria, Archaea or Eukaryote of a chromosome ID. DDBJ database are classified as several divisions result_format_jp	指定した chromosome ID から Bacteria、Archaea、Eukaryote などの ディビジョン情報を返します. result_inout_name	文字列型 result_example_start result_example	Bacteria result_example_end method_name	getFastaFile method_desc_en	Get a sequence with FASTA format from chromosome ID. method_desc_jp	Chromosome IDから FASTA を取得します. param_start	0 param_print_name	chid param_inout_name	文字列型 param_desc_en	chromosome ID param_desc_jp	chromosome ID param_example_start param_example	Ecol_K12_MG1655: param_example_end param_end	0 param_start	1 param_print_name	type param_inout_name	文字列型 param_desc_en	sequence type param_desc_jp	配列のタイプ param_example_start param_example	genome param_example_end param_detail_start param_detail	genome param_detail	cdsnt param_detail	cdsaa param_detail_end param_end	1 result_format_en	Sequence with FASTA format of a chromosome ID result_format_jp	Chromosome IDに対応する FASTA result_inout_name	文字列型 result_inout_name	文字列型 method_name	getFlatFile method_desc_en	Get a flat file from a chromosome ID. method_desc_jp	Chromosome IDからフラットファイルを取得します. param_start	0 param_print_name	chid param_inout_name	文字列型 param_desc_en	chromosome ID param_desc_jp	chromosome ID param_example_start param_example	Ecol_K12_MG1655: param_example_end param_end	0 result_format_en	Flat file of a chromosome ID result_format_jp	Chromosome IDに対応する フラットファイル result_inout_name	文字列型 method_name	getOrganismList method_desc_en	Get the organism name list registered in GIB database. method_desc_jp	GIBに登録されている生物種名一覧を取得します. result_format_en	Organism name list registered in GIB result_format_jp	GIBに登録されている生物種名一覧 result_inout_name	文字列型 result_example_start result_example	Aquifex aeolicus VF5 result_example	Arthrobacter aurescens TC1 result_example	Acidovorax avenae subsp. citrulli AAC00-1 result_example	Acidobacteria bacterium Ellin345 result_example	Acinetobacter baumannii ATCC 17978 result_example	Alcanivorax borkumensis SK2 result_example	Acidothermus cellulolyticus 11B result_example	Acidovorax sp. JS42 result_example	Acinetobacter sp. ADP1 result_example	Acidiphilium cryptum JF-5 result_example	Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C result_example	Alkalilimnicola ehrlichei MLHE-1 result_example_end method_name	getOrganismNameFromChid method_desc_en	Get a organism name from chromosome ID. method_desc_jp	Chromosome ID から生物種名を取得します. param_start	0 param_print_name	chid param_inout_name	文字列型 param_desc_en	chromosome ID param_desc_jp	chromosome ID param_example_start param_example	Ecol_K12_MG1655: param_example_end param_end	0 result_format_en	Organism name of a chromosome ID result_format_jp	Chromosome ID に対応する生物種名 result_inout_name	文字列型 result_example_start result_example	Escherichia coli K12 substr. MG1655 result_example_end method_name	getPieceNumber method_desc_en	Get the accession numbers list of piece entry from a chromosome ID. method_desc_jp	Chromosome IDからピースエントリのアクセッション番号の一覧を取得します. param_start	0 param_print_name	chid param_inout_name	文字列型 param_desc_en	chromosome ID param_desc_jp	chromosome ID param_example_start param_example	Paby_ORSAY: param_example_end param_end	0 result_format_en	Accession numbers list if the entry for the chromosome ID is contig result_format_jp	指定された Chromosome ID のエントリがコンティグの場合、構成するピースエントリのアクセッション番号の一覧 result_inout_name	文字列型 result_example_start result_example	AJ248283 result_example	AJ248284 result_example	AJ248285 result_example	AJ248286 result_example	AJ248287 result_example	AJ248288 result_example_end method_name	getType method_desc_en	Get molecular form such as linear or circular. method_desc_jp	Chromosome ID から 直鎖状または環状の配列形態を取得します. param_start	0 param_print_name	chid param_inout_name	文字列型 param_desc_en	chromosome ID param_desc_jp	chromosome ID param_example_start param_example	Ecol_K12_MG1655: param_example_end param_end	0 result_format_en	GIB sequence has two types of molecular form. This method returns one of 'circular' or 'linear'. result_format_jp	GIB の配列は直鎖状または環状の配列形態があります. circular もしくは linear を返します. result_inout_name	文字列型 result_example_start result_example	circular result_example_end