Talk:BodyParts3D開発

=Known problems on released or pre-release models=

The body part models should represent a certain set of known anatomical features described by anatomists. Especialiy, relation with other anatomical entities are important because it is usually related with function of the parts, affects the manifestation of injury, and surgical plans. For example, muscles should have CORRECT origo and insertio as well as CORRECT blood supply and innervation. Modelers bear some of those features in mind when modeling but to represent all of them at one time is impossible because the correct morphology of a part is like a piece of a puzzle which is dependent of the morphology of other parts which is not yet available in many cases. Therefore many parts LACK some of CORRECT features in their initial version. Those ERRORS should be corrected SOMEHOW with explicit remarks.Okubo 19:18, 9 February 2011 (UTC)

Corpus Callosum

LV and cirrounding structure

Internal capsule

=Problem1　Internal Data Management=

Error Prone step

 * When a set of internal obj files are provided from data creator to the data manager, Data manager renames the file as according to the FMA dictionary and TAJ-FMA correspondence. In such cases, laterality, resolution, relation are sometimes misrepresented because data manager do not see the FORM of object nor completely understand the meaning of the form.
 * 2008年以前(骨格作成時）はこの記述のようにFMAのpreferred nameでないinternal objファイル名をdata manager(三橋)が対応するFMAIDにrenameしていました. 2009年以降（胸部作成、筋肉作成）は、FMA preferred nameのリストをdata creatorに予め渡し、internal objのファイル名をFMA preferred nameにしてもらうようにしていますので、三橋の無知によるこの問題はないように思います.
 * TAJ-FMA correspondenceは、ビッツさんにいただいた[[File:O101_TAJwFMA.xlsx]]を利用しています.
 * 目の用語リスト（ファイル名：[[File:O101_TAJwFMA_eye.xlsx]])は、このファイルの主にA15.2のカテゴリを切り取ってを作成しました. これをdata creatorに渡しています.
 * モデル作者は形を作るので精一杯なので、ファイルと概念の対応は後で行うほうが安心安定だと思います. さらに最初に概念を与えたとしても、その定義を正しく理解するのはモデラーには少し厳しいかも. 17:16, 13 February 2011 (UTC)
 * たとえば現在の中脳モデルは大脳脚がpart-of中脳であると理解していないために正しい中脳ではなく中脳マイナス大脳脚になっています. 　17:16, 13 February 2011 (UTC)
 * ご指摘の通りです. whole-part関係情報ををモデラーに与えず、internal objは原則重なりなしという前提で作っていますので、whole-part関係にあるパーツの両方をinternal objとして作成している場合があり得ます. ファイルと概念の対応は、具体的にはinternal objファイルにFMA preferred name(FMAID)をつけることかと思いますが、FMA preferred nameがほぼ教科書の資料に出てくる名称であることと、後からチェックする場合でもFMA preferred nameでなければ他のデータとの対応もつけにくいので、今まで通りcreatorにつけてもらうしかないと思います. ただ、FMAのリストを単に渡すだけではなく、少しpart-wholeの情報も渡すのがよいかもしれません. いずれにしろ、ご指摘の通り、モデラーではなく、data managerがwhole-partのチェックをできるような仕組みを考える方がよいと思います. 今まではそのチェックをしていません. FMAのpart-of, is-aを使って、大脳脚のような場合を検出できないか考えてみます.
 * 2番目の文については現状は以下の通りに認識しています.
 * laterality: data creatorは左右のどちらか一方だけを作成し、ミラーしている場合もあります. internal objファイル名が構文的ににおかしい場合、例えば、「left thalamus」と「left thalamus 1」のように左が二つで右がない場合は、data managerがスクリプトで検出してrenameで修正しています. また、例えばleftの場合、ほとんどの場合正中よりx > 0にポリゴンが存在することになります. これをチェックしていますが、正中をまたいでいる場合もあり、完璧には判断できません. 最近は、先生に見せる前に、data createtorがBP3DViewのアイコンを目視して確認しています.
 * resolution: 現在一律の割合でポリゴンを削減していることに関するものでしょうか. 今のところ何も考えていません.
 * relation: whole-partについては、上述の通りです. パーツ同士の空間的な位置関係や接続関係は、FMAのようなオントロジーでほとんど記述されていない（血管等の分岐は少しある？）ので、data creatorが先生からの指摘、atlas、教科書記述等、知りえた範囲で作成しています.
 * If A creator can start data creation based on a set of FMA concepts and their mapping to the atlas or text or other models, it would be easier for creator to name pieces using FMA id from the begining.
 * their mapping to the atlas or text or other modelsに関しては、字面でマッチングできる部分はプログラムで、字面が異なる部分は人手で対応表を作成しています. 具体的には、
 * SPL-PNLモデルとFMAの対応表（ファイル名：[[File:SPL_Talairach_MAI_to_FMA.xlsx]]、先生作成）
 * Brain(BodyParts3D)version.2.1.1101132000を作成する際には、internal objがSPL-PNLの名称でしたので、data managerがFMAにこの対応表を使ってプログラムでFMAIDにrenameしました.
 * visible bodyの血管の名称とFMAの対応表（ファイル名：[[File:VisibleBodyCirculartorySystem101224.xlsx]]）
 * visible bodyの血管をatlasとして利用しています. visibleBodyの用語リストをダウンロードし、字面マッチングと三橋による手動マッチングで作成しました.
 * それ以外（教科書等）：
 * data creatorの判断でFMAのpreferred nameにマッピング.
 * For such purpose however, the clear definition of the concepts should be given upfront.
 * The question is how we can make this.

=Problem2: Multiple data sets =
 * Since brain has various versions; high resolution, Tarailach, SPL, it is confusing to call the obj by FMA concept.
 * The solution would be..
 * 具体的にどういう場合に問題かを考えてみますと、以下の３つの場合でしょうか.
 * IDをつけて文章などで参照したい場合：
 * FMAID＋区切り文字（ハイフン/ピリオド/アンダスコア＋<データセット名の略称(例：SPL、bp3d)>(例：FMA1234.bp3d)
 * アイコンURIを定義する場合：
 * 引数iでデータセット名を指定（現在の実装のまま）（例(Talairachの場合)：http://221.186.138.155/project/anatomo5/icon.cgi?i=Talairach&p=front&v=1.1.1008301523&t=conventional&s=S）
 * Web画面でユーザがデータセットを選択する際