スパコン導入全記録

調達は　スパコン固有の政府調達手続きに基づいて行われます Executive Summary for Replacement of Supercomputer in 2011-12 =SUM1第一回仕様策定委員会資料 07-26-2010= 要求要件について主に議論します. 「現状はこうで将来予測はこうなのでこんな機能を持つべきだ」

-- P22 http://farm8.staticflickr.com/7063/6933471081_31a282326f_m.jpg P23 http://farm8.staticflickr.com/7062/6787355614_a990062619_m.jpg P28 http://farm8.staticflickr.com/7053/6787355628_1654f573cb.jpg P44 http://farm8.staticflickr.com/7068/6787355644_eda12c4caf_m.jpg P48 http://farm8.staticflickr.com/7180/6787355670_ae201e0be0_m.jpg P49 http://farm8.staticflickr.com/7049/6787355686_7521a9bc19_m.jpg
 * 1) 02_スーパーコンピューター導入の目的等1-04-53-P1
 * 2) 03_01遺伝研システム構成一覧(20100720) サーバー---P39
 * 3) 03_02ディスク・ネットワーク機器--P41
 * 4) 03_03概略構成図--P42
 * 5) サーバー利用率統計OGA(04_資料）--P43

=SUM2仕様策定委員会第２回全資料 08-06-2010= 「現状はこうで将来予測はこうなのでこんな機能を持つべきだ」 よその事例も共有します. 資料招請公示を準備します. - P62 http://farm8.staticflickr.com/7049/6787355518_c36e4a140b_m.jpg P65 http://farm8.staticflickr.com/7204/6933471241_f4d055259e_m.jpg P67 http://farm8.staticflickr.com/7069/6933471285_b80d775b9e_m.jpg
 * 1) 提出資料群
 * 2) 第二回仕様策定委員会_20100806_03--P59
 * 3) *NCBI,EBI等とDDBJの現有資源の比較表P64
 * 4) *現DDBJのサービスとマシンの詳細対応票P67
 * 5) 添付資料1 <3F平面図>---P73
 * 6) 第二回仕様策定委員会 添付資料2 StoreHouseStorage-P76
 * 7) 関連資料
 * 8) DATA DIRECT NET の資料　---P78
 * 9) SIGBIO21鈴木　　GPUでの断片マッピング-P100
 * 10) TSUBAME2-Mext-20100802　松岡 -
 * 11) 公示資料
 * 12) 遺伝研資料提供招請20100819(最終）9/13公示-P139
 * 13) 参考資料
 * 14) A.業務分類とハードウェア構成-(現DDBJのサービスとマシンの詳細対応票の最終版)--P144
 * 15) C.海外状況(訂1) （海外データセンターNCBI,EBI等とDDBJの現有資源の比較表P64）---P147
 * 16) 第一回仕様策定委員会の要約(小笠原）

=SUM3導入説明会　資料と問答 09-26-2010= 「こんなことがやりたいのですけどどんな道具立てがあるでしょうか？」と企業さんに説明します. 9/13の資料招請公示の内容についての説明会. 多くの企業から膨大な量の紙資料（構成案と物のカタログ的情報など）が遺伝研に送付されます. -
 * 1) 提出資料群
 * 2) 【調達修正版】導入説明書20100924-2b --P160
 * 3) *DDBJ事業の説明データなし-P164-8
 * 4) 導入説明会添付資料(図面）
 * 5) 導入説明会小笠原説明ppt-P190
 * 6) 事後問答
 * 7) 導入説明書に関する質問事項_20101015-回答-20101020-P195
 * 8) 質問１への回答 20101022 P200
 * 9) 質問6回答 別紙(2) 20101022--P203
 * 10) 参考資料
 * 11) 配布しない資料 ベンダーロックイン問題一般等
 * P192 http://farm8.staticflickr.com/7192/6785731358_4efa8a7ca6_m.jpg P194 http://farm8.staticflickr.com/7070/6785731478_1d75326180_m.jpg http://farm8.staticflickr.com/7177/6931846657_f24c3e90ae_m.jpg
 * P199 http://farm8.staticflickr.com/7043/6931847265_e2111d0a7e_m.jpg
 * p205 http://farm8.staticflickr.com/7178/6785731716_dfcb4251d9_m.jpg

=SUM4仕様策定委員会第３回全資料 11-24-2010 = 企業から出された機械の説明等を比較検討し仕様書原案の作成を始めます 各企業さんが別々に導入説明に対して送付した資料膨大な量の資料の気持ちを説明してくれます. 東京でやりました. 企業相互には情報がクロストークしないようになっています.

- P246 http://farm8.staticflickr.com/7051/6931847449_bc7dcdb2c5_m.jpg
 * 1) 資料レベルでの各社提案の比較P209
 * 2) 資料招請提案比較 file:スパコン資料招請まとめ
 * 3) 入札事務と仕様書作成の形式および内容--P212
 * 4) 事務手続き　タイムラインと各書式　file:導入手続き日程表（案）
 * 5) 仕様策定留意事項,
 * 6) コンピュータ仕様書フォーマット,
 * 7) 仕様に関するコメント
 * 8) 小笠原君のまとめとTF議論--p228
 * 9) rnai_20101210,
 * 10) rnai_20110107 ,
 * 11) TF_20101105,
 * 12) TF_20101116,
 * 13) 全体集会20101104,
 * 14) 調達リスト全体像20110107,
 * 15) ツバメ仕様書, ---p256
 * 16) ツバメ評価基準,
 * 17) T2導入スケジュール
 * p209 http://farm8.staticflickr.com/7058/6931847365_44c18f18e7.jpg
 * P272 http://farm8.staticflickr.com/7048/6931847851_2ac676e3fe_m.jpg

=SUM各社.pdf = 第３回仕様策定委員会で配布された各社の説明資料(導入説明書に対する意見提案　紙のプレゼン資料）

=SUM5仕様策定委員会第４回全資料 02-24-2011= 出来始めた原案案をたたいて　電力や予算など研究所の都合とすり合わせます
 * 1) 小原所長への説明.doc--p288
 * 2) 仕様書原案のポイント.pptp291
 * 3) 仕様書原案：解説部.doc-p301
 * 4) 見積書）床壁天井撤去工事（建築）.pdf
 * 5) 見積書）電源盤・配線撤去工事（電気1）.pdf
 * 6) 移行計画xls p309
 * 7) 仕様書原案(案).doc
 * 8) スパコン確認事項メモ 電力等.doc--p336


 * p309 http://farm8.staticflickr.com/7069/6931847553_847de8d651_z.jpg

=SUM6原案説明会 03-30-2011= 想定する予算規模や電力規模内でこのくらいの機能が実現したいという原案を企業に説明し意見を求めます. --- P392 http://farm8.staticflickr.com/7192/6931847979_286f311c1f_b.jpg
 * 1) 導入の日程.ppt p338
 * 2) 電力問題_20110408.doc
 * 3) 仕様書原案別紙 電源系統図.doc
 * 4) 仕様書原案説明会.ppt ---p351
 * 5) 仕様書原案20110330.doc-p360
 * 6) コピースパコン仕様書原案質問事項一覧（2011）-1.xls-p392
 * 7) カンペ.doc 小笠原くんの進行用原稿 -p393
 * P338 http://farm8.staticflickr.com/7202/6785732330_669c1fbf9d_m.jpg

=SUM6.5非公式第５回仕様策定委員会@東工大 07-21-2011= 仕様書原案に対して企業から送られた意見や提案を検討し仕様書の作成に入ります ---
 * <<出席list>>=(高木,　松岡,　中村保,　小笠原,　神沼,　菅原)
 * 1) 東工大20110719.ppt -- p399
 * 2) 予定価格・算出根拠.xls (前回導入スパコンの資料）--p412
 * 3) 各社提案の要約.xls --p409
 * 4) 各社からの意見詳細.ppt --p421
 * 5) 総合評価計算式（加算方式).xls
 * P409 http://farm8.staticflickr.com/7069/6785732616_93afffbc68_m.jpg P412 http://farm8.staticflickr.com/7052/6931848147_aec203da86_m.jpg P401 http://farm8.staticflickr.com/7209/6931848103_fc3f9654fb_m.jpg P432 http://farm8.staticflickr.com/7038/6931848287_fda06ef60a_m.jpg

=入札説明会　07-28-2011= 具体的なパラメタを入れた機能の要求要件たる仕様書を公示します. もちろん予算内で実現可能と思われる想定するマシン構成もありますがマシン構成を特定する買い物リストではありません. 不明な点や修正がふさわしい点についての意見や苦情を求め、適宜対応し反映します.

--- P483 http://farm8.staticflickr.com/7196/6931848429_3f55825b8a_m.jpg P488 http://farm8.staticflickr.com/7183/6785732912_d47acb0e29_t.jpg
 * 1) 電子配布資料
 * 2) DDBJ_仕様書_B.doc --p441
 * 3) DDBJ_性能評価基準_B.doc---p476
 * 4) 施設資料
 * 5) 高圧単結-2-3.pdf
 * 6) 高圧単結-2-2.pdf
 * 7) 高圧単結-2-1.ppt
 * 8) M電算機棟2階改修.pdf--p488
 * 9) H22)配電系統略図.pdf--p489
 * 10) H22）配電系統 送電線経路図.pdf
 * 11) バックアップ
 * 12) DDBJ_仕様書20110727-a.doc （漏えいに備えたダミー仕様）-p491
 * 13) DDBJ_総合評価基準20110727-a.doc -p524
 * 14) 契約関係
 * 15) 誓約書・履行証明書.doc -p548
 * 16) 性能評価試験実施許諾書.doc
 * 17) 政府機関の情報セキュリティ対策のための統一規範.pdf
 * 18) スーパーコンピューター導入手続の改正について_平成2年.pdf p551
 * 19) ISMS資料.doc
 * 20) DDBJing23-2-2.ppt (神沼パイプライン）p571
 * 1) *P573 http://farm8.staticflickr.com/7053/6785732996_e60256151a_t.jpg, http://farm8.staticflickr.com/7060/6785733036_e8a1ae292a_m.jpg

=入札説明会以降= 企業から不明な点や修正すべき点の意見が出されます. 相互には漏れないように回答しながら　修正箇所があれば公知します. 修正した点は以下のとおりです.

-
 * 1) 要求要件を変更した　変更の内容はｘｘｘ
 * 2) 技術評価試験の問題を変更した 変更の内容は　ｘｘｘ
 * 3) 技術評価試験の締切を変更した？　変更の内容は
 * 1) ◆【遺伝研スパコン】回答一覧 by 調達チーム -p589
 * 2) ◆遺伝研スパコン企業一覧.xls by 調達チーム　--p596
 * 質問集
 * 1) 【アサカ】意見書_20110801 (1)
 * 2) 【富士通】質問 20110805
 * 3) 【三菱ソフト】仕様書質問20110805 (1)
 * 4) 【ITC】質問状①_20110815
 * 5) 【日本SGI】質問書20110830
 * 6) 【EMC】仕様書質問 20110819(1)
 * 7) 【日本SGI】質問書20110830
 * 8) 【富士通】質問書 20110906
 * 9) 【アポロ】質問20110909
 * 10) 【富士通】質問 20110909
 * 11) 【三菱SS】仕様書質問20110909b (1)
 * 回答集
 * 1) 富士通様_回答ForQ8_5
 * 2) 富士通様_20110909_ご回答　回答ForQ9/9
 * 3) 富士通様_ご回答(2) 続き 回答ForQ9/9
 * 4) 日本SGI様_回答 For Q8/30
 * 5) 三菱ソフト様_質問と回答（１）.xls
 * 6) 三菱SS様_質問と回答(2).xls
 * 7) 三菱SS様_質問と回答(3).xls
 * 8) 【三菱SS】仕様書に対する意見質問20110906b_ご回答.xls
 * 9) 三菱SS様_20110909b_ご回答.doc
 * 10) EMC様_回答.doc
 * 11) アサカ様_回答.doc
 * 12) アポロ様_ご回答.doc
 * 13) アイティークルー様_質問と回答.doc
 * 14) アイティークルー質問状②_20110904_回答.doc
 * 15) 文部省へのクレーム
 * 16) 富士通 文科省総務班へ082211.pdf --p667
 * 17) 文部省から遺伝研へ（質問）.pdf
 * 18) 文部への回答.doc
 * 19) 性能評価修正
 * 20) DDBJ_性能評価基準_B2.pdf ---p675
 * 21) IOR-2.pdf p692
 * 22) バイオインフォマティックス２.pdf --p695
 * 23) ベンチマーク用計算機スペック.pdf
 * 24) 性能評価バイオインフォ差し替え手紙082911.pdf --p705
 * 25) 発注_DDBJ_性能評価発注 性能評価問題正解作成発注
 * 26) Using IOR to analyze the perfomance of HPC LBNL-62647　小笠原IOR評価勉強資料 --p708
 * p596 http://farm8.staticflickr.com/7194/6931848697_d7529a0933.jpg
 * P667 http://farm8.staticflickr.com/7039/6785733212_ed341f7bc7.jpg

=性能評価バイオ用文献=
 * ABySS: A parallel assembler for short read sequencedata
 * High-quality draft assemblies of mammalian genomes from massively parallel sequence data
 * ALLPATHS 2: small genomes assembled accurately and with high continuity from short paired reads
 * De Novo Assembly of Large Genomes Using Cloud Computing
 * Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome
 * Fast and accurate short read alignment with Burrows?Wheeler transform
 * Fast and accurate long-read alignment with Burrows?Wheeler transform
 * Evaluation of next-generation sequencing software in mapping and assembly
 * Assembling genomes using short-read sequencing technology
 * Microindel detection in short-read sequence data
 * Mapping short DNA sequencing reads and calling variants using mapping quality scores
 * Assembly algorithms for next-generation sequencing data
 * Managing and Analyzing Next-Generation Sequence Data
 * PowerEdge C6145
 * inGAP: an integrated next-generation genome analysis pipeline
 * RazerS?fast read mapping with sensitivity control
 * Efficient construction of an assembly string graph using the FM-index
 * Short-Read Sequencing Technologies for Transcriptional Analyses
 * Detecting gene?gene interactions that underlie human diseases
 * De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing
 * SOAP: short oligonucleotide alignment programSOAP2: an improved ultrafast tool for short read alignment
 * SOAP2: an improved ultrafast tool for short read alignment
 * An overview of the Hadoop/MapReduce/HBase framework and its current applications in bioinformatics
 * GPU accelerated computing?from hype to mainstream, the rebirth of vector computing
 * An 80-Fold Speedup, 15.0 TFlops Full GPU Acceleration of Non-Hydrostatic Weather Model ASUCA Production Code
 * Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs