2010年度 DDBJ事業報告

English version (tentative)

=DDBJリリース作成と国際塩基配列データベース（INSD）の構築=


 * DDBJは英国EMBLおよび米国GenBankと共に国際塩基配列データベース（International Nucleotide Sequence Database Collaboration; INSDC)を構成しています.
 * 世界中の大学や企業の研究者は論文投稿や特許出願等に伴って「DNA配列情報」を公表します.
 * 多くの雑誌社や多くの国の特許庁でバラバラに記録しては探し物が困難です.
 * INSDCは社会全体が協力してDNA配列とその説明を同じ形で一か所にあつめ誰でも使える共有財を作成するお手伝いをしています.
 * 多くの雑誌編集者の協力でINSDCへの登録が義務付けられたこと、特許庁連携がINSDCを利用することに決めたことなどによって25年間で他に例のない世界協力事業に育ちました.
 * INSDCは３つのエリアの３つの機関をそれぞれ同等の入り口として相互交換して僅かにリンク情報など後付情報の違う３コピーの登録票アーカイブを作っています.
 * この3つのコピーデータもDDBJ,GenBank,EMBL　とよばれています.
 * これまで２５年間この作業を繰り返し１億枚以上の配列登録票ができています.
 * まとめられた配列登録票は公開期日の後１日以内に世界中から検索閲覧取り込み可能になります.


 * また３機関は毎年４から１２回すべての配列登録票を書き下し巨大なテキストファイル　「リリースファイル」を作ります.
 * この際各機関で自由に情報付加が行われ　EMBL,GenBank,DDBJリリース　ができます.
 * 本報告に限り内部ジャーゴンとして全INSDCデータのDDBJ様式のコピーをW-DDBJ,DDBJで受け付けた登録分をJ-DDBJと呼ばせていただきます.
 * リリースは他機関や企業の２次DBに取り込まれデータ更新に使われます.
 * またリリースは進化学、遺伝学、医学、バイオインフォマティックの研究材料に使われます.

全INSDCに対する登録行為 Submission level breakdown of W-DDBJ release(未公開登録は含まず）
リリースに含まれる配列登録票のクラスタ化は2007以降統合データベース事業から受託し開発したバンク目次データを使っています. 目次　統合データベースセンター　再分析　渡邊康司(高木タスクフォースTTF)大久保
 * 科学の変遷をうけて配列登録票も「知っていることを書いてその配列を加える」態度から「不明の対象の配列特徴はこれです」の態度に変わりました.
 * 上記のような変遷をうけて配列票の登録の最適な形も多様化しEST,WGS,GSS等のディビジョンが生まれています. 　また配列票にまとめる以前の生データの登録もうまれています.
 * 塩基数や配列登録票の数ではなく　登録行為の頻度を表現するために登録票の文献や著者情報等でクラスタ化した値です.
 * DDBJリリース（１次）データを統合データベースセンターでINSDC目次（２次）にしたデータを再度分析しました
 * それぞれのカラムは相互に補完的(mutually exclusive)な分類です
 * 統計の都合上　各年度１月１日から12月31日までの公開分について集計しています. 受付されたが公開されていない登録は含まれません.

DDBJへの登録行為 Submission level breakdown of J-DDBJ(未公開の登録は含まず）

 * 特許登録は一度特許庁でまとめられるので登録頻度は特許庁への登録頻度に相当します.

国際実務者会議(ICM)と諮問委員会

 * 例年新たなデータへの対応や記述ルールの修正などを報告し議論し統一する目的でGenBank, EMBL, DDBJの担当者が集まり持ち回りで国際実務者会議（International Collaborative Meeting, ICM; 実務者会議）を開催します. 過去の記述ルール変更(レトロフィット) Feature Table definition.[]

 23rd ICM  2010-5-19/2010-5-21:  Hinxton  Nakamura,Y.; Mashima,J.; Kodama,Y.  reflected in FT-doc xx.  22nd ICM  2009-5-12/2009-5-15:  Bethesda  Okubo,K.; Nakamura,Y.; Tateno,Y.; Mashima,J.; Kodama,Y.  21st ICM  2008-5-20/2008-5-22:  Mishima  all_DDBJ(Gojobori,T.; Sugawara,H.; Saitou,N.; Tateno,Y.; Ikeo,K.; Fukuchi,S.; Suzuki,Y.; Sumiyama,K. ...)  20th ICM  2007-5-21/2007-5-23:  Hinxton <ATTENDANT> Tateno,Y.; Sugawara,H.; Saitou,N.; Ikeo,K.; Suzuki,Y.; Mashima,J.; Aono,H. <EVENT> 19th ICM <DATE> 2006-5-15/2006-5-17: <PLACE> Bethesda <ATTENDANT> Tateno,Y.; Sugawara,H.; Mashima,J.; Okido,T. <EVENT> 18th ICM <DATE> 2005-5-15/2005-5-18: <PLACE> Mishima <ATTENDANT> all_DDBJ(Gojobori,T.; Sugawara,H.; Saitou,N.; Okubo,K.; Tateno,Y.; Fukuchi,S.; Barrero,R. ...) <EVENT> 17th ICM <DATE> 2004-5-17/2004-5-19: <PLACE> Hinxton <ATTENDANT> Tateno,Y.; Sugawara,H.; Fukuchi,S.; Mashima,J.; Kosuge,T. <EVENT> 16th ICM <DATE> 2003-5-19/2003-5-21: <PLACE> Bethesda <ATTENDANT> Tateno,Y.; Sugawara,H.; Miyazaki,S.; Mashima,J.; Sakai,K. <EVENT> 15th ICM <DATE> 2002-5-20/2002-5-22: <PLACE> Mishima <ATTENDANT> all_DDBJ

<EVENT> 20th IAC　<DATE> 2009-07-01 <PLACE> Polycom from NII <ATTENDANT> Miyano,S.,Sugano,S.<OBSERVER> Gojobori,T.; Okubo,K.; Nakamura,Y. <EVENT> 19th IAC　<DATE> 2008-08-22 <PLACE> Polycom from NII <ATTENDANT> Fujiyama,A.,Nakamura,H., Sugano,S. <OBSERVER> Gojobori,T.; Sugawara,H.; Tateno,Y.; Ikeo,K. <EVENT> 18th IAC　<DATE> 2007-06-19 <PLACE> Polycom from NII <ATTENDANT> Fujiyama A., Sugano,S., Nakamura H. <OBSERVER> Gojobori,T.; Sugawara,H.; Tateno,Y.; Saitou,N.; Ikeo,K. <EVENT> 17th IAC　<DATE> 2006-05-18 <PLACE> Bethesda <ATTENDANT> Fujiyama A., Sugano,S., Nakamura H. <OBSERVER> Gojobori,T.; Sugawara,H.; Tateno,Y.; Saitou,N.; Okubo,K.; Ikeo,K. <EVENT> 16th IAC　<DATE> 2005-05-19/2005-05-20 <PLACE> Mishima <ATTENDANT> Matsubara,K.、Fujiyama,A.,Sugano,S.<OBSERVER> Gojobori,T.; Sugawara,H.; Tateno,Y.; Saitou,N.; Okubo,K. <EVENT> 15th IAC　<DATE> 2004-05-20/2004-05-21 <PLACE> Hinxton <ATTENDANT> Fujiyama,A., Nakamura,H. <OBSERVER> Gojobori,T.; Sugawara,H.; Tateno,Y.; Okubo,K.; Fukuchi,S.
 * 国際諮問委員会（International Advisory Committee, IAC）はバンク事業が重要な案件について研究分野の代表に諮問するための会議です.

一般登録受付

 * 個人著者からの解説付き新規塩基配列テキストの登録は以下の三種類の方法で受け付け可能になっています.
 * いずれの方法でも、データバンク構築チーム（15名、下表）による査定を経たのちに、DDBJのデータベースに登録され、登録者が指示した公開日に公開されます.

1. Webフォーム による登録 SAKURA
担当アノテータリスト 真島淳　　　博士（理学） 生物物理化学専攻 小菅武英　 博士（学術）　生物工学専攻 青野英雄 筒井波留 江嶋真由美
 * Webフォームに誘導に従って記入してもらうことで配列登録票を１枚ずつ完成してもらいます.
 * DDBJ受付RDB HiR-DDBJ に書き込まれます.
 * 毎朝前日に登録されたフォームの内容に記載もれや不合理がないかを担当者がチェックし、疑問点があればメイルで質問して記入を完結します.

2. 個別窓口での一括登録　(Mass Submission System; MSS)
担当アノテータリスト 大城戸利久　博士（農学）　遺伝子資源工学専攻 李慶範　　　 博士（農学）　応用生命化学専攻 野崎亜沙美 横山会美
 * 受付用アドレスにメイルでコンタクトしてもらい、担当者が個別にやりとりをしてすすめます.
 * 登録希望のデータにつきうかがって登録カテゴリの分類をします.
 * 複数の登録票に共通なメタデータ部分をエクセルテンプレートに記入してもらいます.
 * 配列票に固有な配列部分はFasta形式で準備いただき用意したアカウントにおいていただきます.
 * おいていただいたファイルを担当者がチェックした上で、HiR-DDBJに投入します.

4. DDBJへの登録履歴 過去５年
過去５年間DDBJが受け付けたすべての登録について登録方法別に集計しました. 現在未公開である登録も黒マジックして含まれます.

<DDBJstat>SubmissionSAKURA<Period>2006-01-01/2006-12-31<Occurrence>3819<Note>records submitted=22525; OPENEDat2011-03=96.9% <DDBJstat>SubmissionSAKURA<Period>2007-01-01/2007-12-31<Occurrence>3935<Note>records submitted=21296; OPENEDat2011-03=92.4% <DDBJstat>SubmissionSAKURA<Period>2008-01-01/2008-12-31<Occurrence>3623<Note>records submitted=25406; OPENEDat2011-03=95.8% <DDBJstat>SubmissionSAKURA<Period>2009-01-01/2009-12-31<Occurrence>3976<Note>records submitted=28357; OPENEDat2011-03=87.9% <DDBJstat>SubmissionMASS<Period>2006-01-01/2006-12-31<Occurrence>284<Note>records submitted=3052461; OPENEDat2011-03=91.2% <DDBJstat>SubmissionMASS<Period>2007-01-01/2007-12-31<Occurrence>328<Note>records submitted=2928840; OPENEDat2011-03=92.7% <DDBJstat>SubmissionMASS<Period>2008-01-01/2008-12-31<Occurrence>312<Note>records submitted=1578373; OPENEDat2011-03=92.6% <DDBJstat>SubmissionMASS<Period>2009-01-01/2009-12-31<Occurrence>315<Note>records submitted=1735029; OPENEDat2011-03=82.2% <DDBJstat>SubmissionMASS<Period>2010-01-01/2010-12-31<Occurrence>305<Note>records submitted=1901302; OPENEDat2011-03=50.5%

上の集計の元となるデータベースログを取り出して下に置きます. 未公開部分のセンシティブ情報は黒マジック済みです. "Head-100" of the 2010 file shown below 2010/1/4	1	688	PLN	Juncus wallichianus	AB539884		Open	Sakura 2010/1/4	9	12244	BCT	Clostridium sp. C5S3,Clostridium sp. C5S7,Clostridium sp. C5S18,Clostridium sp. C5S4,Clostridium sp. C5S8,Clostridium sp. C5S10,Clostridium sp. C5S11,Clostridium sp. C5S17,Serratia sp. C5S9	AB539899		Open	Sakura 2010/1/4	1	744	PLN	Rhus chinensis var. roxburghii	AB539919	@@[organism]@@ genes for 18S rRNA, ITS1, 5.8S rRNA, ITS2, 28S rRNA, partial and complete sequence	Open	Sakura 2010/1/5	454	208648	EST	Seriola quinqueradiata	FS639517	Seriola quinqueradiata mRNA, clone: YTL6_H11, 3'-end EST, expressed in yellowtail liver	Open	MSS(gdb,adb) 2010/1/5	40	55561	ENV	uncultured archaeon,uncultured bacterium	AB539920	@@[organism]@@ gene for 16S rRNA, partial sequence, clone: AR80A22	Open	MSS(gdb,adb)
 * たとえば第一行は”2010の1月４日にＳＡＫＵＲＡで1件 688ntの植物DNAの登録があり　AB539884番の票で公開済み”と読みます.

5. Who's submitting to Which Bank?


目次　統合データベースセンター　再分析　渡邊康司(高木タスクフォースTTF)大久保 <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To EMBL From China＜Period＞2007-01-01/2007-12-31 <Occurence>95<Note>EST,GWS not counted <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To DDBJ From China＜Period＞2007-01-01/2007-12-31 <Occurence>20 <Note>EST,GWS not counted <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To GenBank From China＜Period＞2008-01-01/2008-12-31 <Occurence>8243 <Note>EST,GWS not counted <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To EMBL From China＜Period＞2008-01-01/2008-12-31 <Occurence>78 <Note>EST,GWS not counted <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To DDBJ From China＜Period＞2008-01-01/2008-12-31 <Occurence>31 <Note>EST,GWS not counted <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To GenBank From China＜Period＞2009-01-01/2009-12-31 <Occurence>8464 <Note>EST,GWS not counted <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To EMBL From China＜Period＞2009-01-01/2009-12-31 <Occurence>92 <Note>EST,GWS not counted <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To DDBJ From China＜Period＞2009-01-01/2009-12-31 <Occurence>42 <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To GenBank From China＜Period＞2010-01-01/2010-12-31 <Occurence>6293 <Note>EST,GWS not counted <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To EMBL From China＜Period＞2010-01-01/2010-12-31 <Occurence>97 <Note>EST,GWS not counted <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To DDBJ From China＜Period＞2010-01-01/2010-12-31 <Occurence>36 <Note>EST,GWS not counted
 * アジア太平洋の各国からINSDCへのデータ投稿を配列票の数ではなくプロジェクト(論文）単位で集計し、DDBJを利用する割合を測りました.
 * 国名のあとの括弧内は10年間の総投稿プロジェクト数です.
 * 日本および韓国特許庁からの登録はともに100%であるために除外しています.
 * またEST, WGS, 等の大量登録も集計の都合で含まれません.
 * DDBJリリース（１次）データを統合データベースセンターでINSDC目次（２次）にしたデータを再度分析しました
 * データ[[File:DDBJstat_submission.doc]] all patterns in submissions every year summary. shown below is a part of it.

配列登録票公開要求の受付および公開催促
担当アノテータリスト 坂井勝呂　博士（医学）　病因・病理学専攻 三村公子 杉田里江 江嶋真由美
 * 登録を受け付けた配列登録票は登録者の指定する公開日までDDBJ内部に秘匿されています. defaultは6M後
 * たいての学術論文の審査には登録受付時にDDBJで発行する受付番号（アクセッション番号）が要求されます.
 * 登録者は大抵指定日を遅めにし論文出版の確認後DDBJにメイルで配列公開を指示します.
 * 公開を指示されたアノテーターは内部DB修飾系TSUNAMIを使い指定日に公開系にすすませます.
 * 論文が出版され著者が連絡を忘れた場合は論文中のアクセッション番号の配列票を読者が閲覧取得できません.
 * NCBIでは不明の方法で常に論文中のアクセッション番号を監視しています.
 * DDBJ公開分の新規アクセッション番号を見つけるとDDBJの担当に連絡をしてくれます.
 * 配列票が未公開の場合には（Release request)公開を進めます
 * 担当アノテーターは連絡にある論文を見てこれを確認します.
 * 同じ論文中にもっと未公開アクセッション番号がないかも探します. そして
 * 1) 配列票の書誌情報に当該論文を書きくわえます. (配列票のアップデート）
 * 2) 著者に公開について連絡します. 了承は必須ではありません.
 * 3) TSUNAMIを使い当該配列票を公開系に進めます.
 * 配列票が公開済みで文献のフィールドにUnpublishedと書かれている場合はこれを当該論文に変更します(Update request)
 * 論文出版前に指定公開日を迎えるとDDBJで公開を進めます.
 * HiRDDBJは指定公開日の10日前を迎えた配列票のリストを表示します.
 * HiRDDBJは自動的に登録者にアラートメイルを出します.
 * 返事(ML)を受けたアノテータは要求に従い指定日を変更します.
 * 変更依頼がない場合と返事がない場合には公開へ進みます.
 * HiRDDBJは指定公開日を迎えたアクセッション番号リストをはきます.
 * アノテータは査定が済んだものかフラグを確認しまた公開に関する特別の指示の有無を確認します
 * 指示があれば従い、指示がなければHiRDDBJに公開命令を出します.

<EventStat> Release Request from NCBI <Period> 2010-01-01/2010-12-31 <Total events> 228 <Affected records> 28002 <EventStat> Update Request from NCBI <Period> 2010-01-01/2010-12-31 <Total events> 843 <Affected records> 794827 <EventStat> Release Request from Submitter <Period> 2010-01-01/2010-12-31 <Total events> ? <Affected records> ? <EventStat> Update Request from Submitter <Period> 2010-01-01/2010-12-31 <Total events> ? <Affected records> ?

UpdateLog

配列票内容および様式の変更
各極は自身で受け付けた登録票に対して（DDBJはJ-DDBJに）常に変更を加えています. 変更には以下の３種類あります. (注）すべての配列票は登録時に発行するユニークなID番号（アクセッション番号）を持っています. これは原則不変ですが配列票の配列に誤りや不完全な部分が登録者の依頼でのちに修正される場合があり、これを管理する目的でバージョン番号を追記しています. 　最初に登録を受け付けた際に与えられるバージョン番号は1です. 　ex)AB123456.1
 * 1) レトロフィット：　3極実務者会議での議論を経た書式の変更を過去分にまで反映させます　アクセッション番号はそのままです.
 * 2) バージョンアップ：　登録者からの依頼で行う塩基配列の修正や補完. アクセッション番号のバージョンが１あがります.
 * 3) アップデート：　登録者からの依頼で行う配列票内の記述(文献など）の追加や変更. 　アクセッション番号はそのままです.

レトロフィット

 * 実務者会議後にフィックスされるミニッツにしたがってFeature Table Definition (FTdoc) が変更を受けます.
 * レトロフィットの内容は基本的にリリースノートに書かれます. レトロフィットの実例集 87のリリースノート

J-DDBJレコードに対する対応

 * FTdocにしたがってまずTSUNAMIを構築エンジニアが改変します.
 * プルダウンメニューの項目が追加されたり修正されたりします.
 * アノテータは変更対象に該当するパターンを持つ配列票をTSUNAMIを用いて検索します.
 * 対象となる配列票の数がすくない場合には直接TSUNAMIで変更をかけます.
 * 対象となる配列票の数が多い場合にはHiRDDBJを使いパターンリプレースを行います. これにはYamatoSQLを使います.
 * YamatoSQLは目的語としてアクセッション番号リストを食べ動詞としてターゲッパタンとリプレースパターンを食べます.
 * 変更された配列票は公開済みであれば再度公開系へすすみます.
 * この変更はバージョン番号に反映されないので同一のIDのレコードで内容が異なったものがデイリーファイルの集積物には含まれることになります.
 * この変更はバージョン番号に反映されないので同一のIDのレコードで内容が異なったものがデイリーファイルの集積物には含まれることになります.

W-DDBJレコードに対する対応

 * W-DDBJリリースデータ作成時にレトロフィットを実行します.
 * 実施内容はJ-DDBJのレトロフィット対応とタイミングと内容を合わせて、データを変更します.

<EventStat> Retro Fitting <Period> 2010-01-01/2010-12-31 <Total event> ? <Affected records> ?

バージョンアップ

 * 登録者はすでに登録済みの配列票に記載されているDNA配列を自由に修正することができます.
 * 例）登録時より長く決定した 1kb が　2kb になった
 * 例)Nで表記していた不明塩基が判明した
 * 登録者からの依頼メイル（ddbjupdt@)を受けて担当アノテータが修正します.
 * 登録者本人であるかどうかメイルアドレス等で確認します.
 * 修正にはTSUNAMIを用います.
 * 公開済みの配列票の場合は修正後　TSUNAMIに公開系に進む指示を出します.
 * 再公開時には配列票のアクセッション番号のバージョンが１あがります.
 * 公開前の配列票の場合は通常通り公開日まで秘匿します.
 * 依頼者に作業完了メイルを送ります.

<EventStat> Version up request <Period> 2010-01-01/2010-12-31 <Total event> 377 <Affected records> 377

配列更新(2010/1/1～2010/12/31)

アップデート(GenbankはRevisionと呼んでます）

 * 登録者はすでに登録済みの配列票に記載されているDNA配列以外の内容を自由に修正することができます.
 * 例）新しく文献を追加する
 * 例）遺伝子名称が変更になったので更新する
 * 例）新種だった生物の学名が決まったので記載する
 * 登録者からの依頼メイル（ddbjupdt@)を受けて担当アノテータが修正します.
 * 登録者本人であるかどうかメイルアドレス等で確認します.
 * 修正にはTSUNAMIを用います.
 * 公開済みの配列票の場合は修正後　TSUNAMIに公開系に進む指示を出します.
 * 公開前の配列票の場合は通常通り公開日まで秘匿します.
 * 依頼者に作業完了メイルを送ります.
 * この履歴は現在までＤＤＢＪでは管理していません. ですから古いリリースを最新版とくらべると同じACC#で同じVersion＃でも文献が増えている配列票があります. （現在対応中）
 * GenBankではRevision Historyという名称で管理されています. 例えば http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AB000095.1?report=girevhist

担当アノテータリスト 坂井勝呂　博士（医学）　病因・病理学専攻 三村公子 杉田里江 江嶋真由美

<EventStat> Update request from User <Period> 2010-01-01/2010-12-31 <Total event> ? <Affected records> ?

日韓特許庁との連携業務

 * 治療や診断に役立つタンパク質や遺伝子等（の配列）には使い道の発明者が特許を出願することができます.
 * その審査では申請された配列とその使い道が本当に新規なのかが重要です.
 * DDBJはこの審査に欠かせない「世界中の既知配列の集合」を米国、欧州、韓国の科学機関および特許庁と日々協力して作成し世界に提供しています.
 * これによって研究者は特許公報由来の配列も論文由来の配列と区別なく検索利用することが可能です.
 * さらに日本特許庁と国立遺伝学研究所との間には専用回線が敷設され、特許庁が未公開の申請配列とDDBJにあるデータを安全に比較できるシステムが稼働しています.

配列票の受付

 * 1) 特許庁（JPO）からの送付
 * 2) *JPOからDDBJには毎月１回の定期便と不定期の12便に加えて不定期の追加便で3or4回データが送付されます
 * 3) *特許を出願する際に作られる申請書類のうちでクレームに配列を含むものには特許庁が定める書式の配列票ST25が添付されます.
 * 4) *国内広報　日本の特許庁に出願された特許公報　公開後3か月経過した広報の配列票が月１回の定期便にまとめて送付されます.
 * 5) *国際広報　国際出願されて日本の特許庁に送られる広報　公開後3か月経過した広報の配列票が月１回の定期便にまとめて送付されます.
 * 6) *公表広報　海外で出願された特許で日本が指定国になっている広報　日本語に翻訳された広報が公開後４か月経過すると定期便でまとめて送付されます.
 * 7) 韓国特許庁KPOからの送付
 * 8) *韓国特許庁広報の配列票は毎月 KOBIC(Korean Bioinformatics Center)(Director Dr.Sanghyuk Lee)に送られます
 * 9) *配列票に含まれる出願時の記入のノイズをKOBICで取り除きます. （Dr. Lee Byung Wook)
 * 10) *DDBJに送られた後日本特許庁と同様に作業します.
 * 11) **現在は２年前の第一回登録公開分に繰り返し別のタイプの検出漏れの不整型の表記が見つかり　再整型再公開の繰り返しでやや難航しています.

受付と処理公開

 * DDBJではこの特許庁配列票からDDBJ型の配列票を作成します.
 * 特許庁がコントロールしていない生物名等をなるべく標準学名(NCBI-TAxonomy)に直します.
 * INSDCの基準を満たさないNばかりの配列や数文字の配列を除外し、重複登録も調査します.
 * 基準を満たすものにアクセッション番号（INSDC配列票ID）を発行し特許庁に送ります.
 * 直ちに公開系に流します. 　通常３日以内に上記の工程を行います.
 * デイリーファイルとして３極で交換公開され次期リリースに含まれます. ほかと区別なく文字列検索やBLASTの対象にされます.

History <Event>Patent <Date>1993-04-xx <Note>　EPO、USPTO sequence data released in DDBJ Release 13 <Event>Patent <Date>1993-07-xx　<Note> JPO sequence data included in DDBJ Release 14 <Event>Patent<Date> 1997-05-xx　<Note> at ICM10th, representatives from JPO/EPO/USPTO attend and agreed in using(DDBJ/EMBL/GenBank)as framework of exchanging and sharing USTPO,EPO,JPO data. <Event>Patent <Date> 2006-07-xx　<Note>JPO contacted DDBJ on KIPO data sharing via DDBJ <Event>Patent <Date> 2007-xx-xx <Note> Prof. H.Sugawara visited KOBIC on data transfer. <Event> Patent <Date> 2008-03-xx <Note> Sequence data from KIPO released from KOBIC->DDBJ. <Event> Patent <Date> 2009-07-xx <Note> Mr.Aono assigned as DDBJ Patent leader/Hub <Event> Patent <Date> 2009-07-xx <Note> web site for patent business started by editor Mr. Aono <Event> Patent <Date> 2010-05-xx <Note> DDBJ started to put taxonomyID to patent derived records. <Event> Patent <Date> 2010-05-xx <Note> amino acids in patent file put on anonymous ftp. <Event> Patent <Date> 2010-07-xx <Note> K.Okubo visited KOBIC on data transfer <Event> Patent <Date> 2010-08-xx <Note> patent amino acids subjected to DDBJ-Blast 支援　小笠原理　大久保公策　高木利久　ＴＴＦ 担当アノテーター 青野英雄 DSSエンジニア　橋本竜一　間宮春香

=生シーケンスデータアーカイブ事業 （注）事業費以外の委託で立ち上げられました=
 * pages in English:DDBJ Raw sequence data Archive
 * 生命科学では長い間「機　登録者の情報
 * DDBJの生データアーカイブは　自動シーケンサーが作る生データの保存と共有の為のアーカイブです.
 * International Sequence Database Collaboration (INSDC) の事業の一部です.
 * 自動シーケンサーのタイプによって　トレースアーカイブとリードアーカイブにわかれています.

<DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To DRA From Japan <Period> 2010-04-01/2011-02-28 <Note> Submitted# = 206 Public# = 28  Size=1212.7GB <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To DRA From China <Period> 2010-04-01/2011-02-28 <Note> Submitted# = 2 Public# = 0  Size=0.4GB <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To DRA From Thailand <Period> 2010-04-01/2011-02-28 <Note> Submitted# = 2 Public# = 1  Size=7.2GB <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To DRA From Republic of Korea <Period> 2010-04-01/2011-02-28 <Note> Submitted# = 1 Public# = 1  Size=3.7GB <DDBJstat> Patterned Submission <Pattern> To DRA From Australia <Period> 2010-04-01/2011-02-28 <Note> Submitted# = 1 Public# = 1  Size=0.8GB

DDBJリードアーカイブ(DRA) // Started as MEXT 統合データベースプロジェクト JST BIRD
企画　神沼英里　中村保一 担当アノテータ　児玉悠一　博士（バイオサイエンス）　バイオサイエンス学科 猿橋智　 博士（工学）　生命理工学専攻 Pipeline開発　 長崎英樹　博士（理学）バイオインフォマティクス 望月孝子 渡邊茂樹 Pipeline窓口　 坂本直子 開発エンジニア　構築チームエンジニア [2007-2010BIRD project　JST]で開発を受託しました　菅原秀明　中村保一
 * サンガー法や電気泳動を用いないシーケンサー（次世代）のリードファイルを対象にしたシーケンスセンター向けアーカイブ事業です.
 * リードファイルとはこの例ように独立反応単位に相当するビーズやウエル(スポット）の継時的な色変化データです.
 * 自動シーケンサーは一度の運転で数百万から数千万スポットの色変化データ(リードファイル）を生成します.
 * 単一スポット由来の色変化を分析して作られるデータは塩基長で数十から数百塩基　ファイルサイズはランあたり　100MBから20-30GB　です(風間）実際の統計値にリンク

DDBJに登録いただくと

 * 目録情報とデータはDDBJに保管されNCBI,EBI,DDBJどこでも検索提供可能になります.
 * DDBJは３局で割り当てのあるＩＤ領域から固有のIDを発行します.
 * 次にDDBJは受け付けた目録とリードファイル(ベンダーごとにことなるNative File) からNCBI tool kit でSRA-fullを作成しNCBIに送付します.
 * NCBIのアスペラサーバにpushしています.
 * 公開するのはたいてい一回に10run程度なので数秒から数時間(300G)で済みます.
 * NCBI EBI DDBJ は相互にデータ交換して同一の公開目録(メタデータ）を持っています.
 * NCBIは世界中の目録と世界中のSRA-fullを保管しています.
 * DDBJは世界中の目録と世界中のSRA-lite、DDBJで受け付けたSRA-fullを保存しています.

データファイル（SRAフォーマット）

 * 保存されているDRAデータには目録(メタデータ）以外に情報量レベル(種類）のデータがあります
 * SRA-full:　もっともリッチ. 　１ランで生まれるベンダー固有のNative FileからNCBI-Tool kit によって作られる画像以外のすべてを保持した共通形式のバイナリーファイル. 実験者が単一の実ランを架空の複数ランに分割したり、

複数の実ランを同一のランにまとめることも可能です. Base, Quality, Intensity, Index(座標）、アダプタの長さやペアードエンド情報などの補遺情報が書かれたています.


 * NCBIには世界中のSRA-fullデータがあります. 　DDBJにはDDBJでうけつけたデータについてはあります.
 * DDBJからはSRA-fullのＤＬはサービスしていません.


 * SRA-lite:NCBIがバーチャルに見せているfullからIntensityを除いた軽量化ファイルです.
 * SRA-full/SRA-lite　のサイズ比は2/1程度です.
 * DDBJはこのレベルを保存提供用に用いていますので世界中のSRA-lite データが保存されています.
 * DDBJは国産データもＮＣＢＩにfullを送り、彼らのサイトで作られるSRA-liteバーチャルファイルを国産他国産区別なくコピー固定して保存しています.
 * DDBJで行うSRA-liteのコピーは現状では週１回です.


 * FastQ: SRA-fullのうちBAse と　Quality だけのテキストファイルです.
 * SRA-lite/FastQ　のサイズ比　は1.5/1 くらいです.
 * DDBJでは登録を受け付けるとSRA-fullからFastQを作成します.
 * DDBJでは他国分はSRA-liteからFastQを作ります.


 * 世界中のSRA-lite, FastQ の検索DDBJでもNCBIでもEBIでも可能です.

目録(メタデータ）ファイル

 * メタデータの種類にはサブミッション、スタディー、実験、サンプル、ラン、アナリシスの６種類あります.
 * 階層的なスタディーにぶら下がる階層関係が多くですがとサブミッションとスタディーは多対多の関係にあります.
 * 異なる研究プロジェクト（スタディー）由来データを一度に登録(サブミッション)することができます.
 * 逆に1000人ゲノムは１スタディーを多くの機関で手分けし担当のサンプル群(個人）のデータを複数回(サブミッション）にわけて長期間にわたり登録しています.
 * DDBJでは登録用のメタデータファイルを簡単に作れる自作ガジェットを用意しています.

サイズの話

 * SRAは2011年1月現在DDBJがSRA-lite形式で保管提供しているデータは
 * NCBI・EBI産のオープンアクセス分を含め全INSD分で95388ラン
 * FastQ+メタデータで 49TB
 * SRA-liteでは   71TB
 * 今SRAにアロケートされているディスクは 173TB です.
 * この前 100TB 増強したので　すぐに273TB になります.


 * DDBJ経由で登録したデータは
 * 131ラン
 * DDBJに登録されたが未公開のファイルはSAR-fullのまま保管しています.
 * 公開時にNCBIに送りSRA-liteを発生させます.
 * DDBJで受付済みの未公開のランは　721ランです.
 * そのデータ量は　数テラバイトです.

検索提供系

 * DDBJで稼働中の検索はメタデータに対する検索です.
 * NCBIが公開しているリスト(Acc一覧,　Status,MD5など）、SRA-liteから抽出したベースカウントやスポット数もDDBJで作るかコピーしてPortgresに加えてＤＢ化しています.
 * ここがDDBJでは一番大変なステップです.
 * Tool kit は新しいシーケンサーが登場しnative fileの種類が増えるたびに対応しているので　Tool　kitを作るところが技術的には一番大変なところだと思われます.


 * このステップは現在DDBJで世界中のオープンアクセスデータについては実施しています.
 * メタデータの種類にはサブミッション、スタディー、実験、サンプル、ラン、アナリシスの６種類あります.
 * それぞれ32,545; 4,983; 38,407; 164,867; 95,388; 不明　あります.
 * Postgres　ＤＢＭＳ　とsolr 全文検索エンジン　を使ています.
 * SRA-liteデータもFastQデータも１ランに1-3あります.
 * SRA-liteとFastQのラン単位でのデータブラウザはあります.
 * それはNCBI tool kit　と自作のデータ表示モジュールでできています.
 * 検索ではメタデータを検索し、メタデータ単位でブラウザで確認し　ラン単位でＤＬをさせています.
 * 結局　Tool kitとNCBI製のリストがあれば　世界中のデータを引き受けて検索提供することはディスクがあれば現在でもやっていることにそんなに変わりません.

登録の手続き

 * DDBJにアカウント申請をいただいて登録シーケンスセンタ固有のアカウントをつくります.
 * ウエブ上でメタデータをつくってもらいます.
 * 形は機械的チェックで不備はメイルで伝えます.
 * 猿橋君は登録の支援とフィールドと値の整合性のチェック等をしています.


 * ACC 番号を発行します.
 * ランデータは作成したアカウントからDDBJサーバにscpしてもらいます.
 * DDBJ でSRA-full に変換します. 　エラーが起これば連絡します.
 * 公開日がくればDDBJから公開し、NCBIにSRA-fullとメタデータを送付します.

Trace Archive at DDBJ (DTA)JST BIRD project
運用担当アノテータ　　児玉 悠一 博士（バイオサイエンス）　バイオサイエンス学科 2007 MEXT統合データベースプロジェクトから開発を受託しました　代表　五條堀孝
 * サンガー法を用いた反応物を電気泳動で分離するシーケンサー（次世代以前）のリードファイルを対象にしたアーカイブ事業です.
 * リードファイルとはこのような単一反応を解析するとひとつ生成される解析結果ファイルです. 自動シーケンサーは一度の運転で数十から数百のリードファイルを生成します.
 * リードファイルのデータサイズは塩基長で数十から数百塩基　ファイルサイズは200KB程度です.

DDBJに登録いただくと

 * 目録情報とデータはDDBJに保管されNCBI,EBI,DDBJどこでも検索提供可能になります.
 * DDBJはまず受け付けた目録とリードファイルをNCBIに送付します.
 * お返しにID発行をしているNCBIにおいて各リードファイルにIDが発行されDDBJにも返送されます.
 * DDBJはこのIDを使ってローカルでもデータを管理しています.
 * EBIもDDBJと同様にトレースの登録を受け付けNCBIに送付しています.
 * EBIは同時にNCBIに登録されたデータのミラーリングを行っていますがDDBJでは行っていません.
 * 世界中のトレースを検索したい場合はNCBIかEBIで検索してください.
 * DDBJに登録されたトレースを見たい場合や取得したい場合は3者のどこからでも同様に検索ＤＬ可能です.

DTAのサイズ

 * トレースファイルは2011年1月現在NCBIには21億リードファイルあります.
 * そのデータサイズは圧縮されたftpサイトでは２００テラバイトです.
 * DDBJ経由で登録されたトレース数は約500万リードファイルです
 * 圧縮形式のfasta metadata scf quality data の４種類で合計 500Gigaバイト でNCBIの1/400です.
 * DDBJで稼働中の検索、多数ファイルの圧縮取得系は自作です. MySQLで（福田君小立君が）つくりました.
 * 企業はMySQLをフリーーでは使えないのでHiRDBで稼働させています（開発時の仕様書は事務にあり）
 * 何もしなくても受付が手間なしとしたら　１億件までは普通に使えます. (福田）
 * 何もいじらずに高いスペックのマシンに移動できます. 　ただしその時には比例的に遅くなります.
 * この傾きを小さくするためには並列化したりインデックスデータをメモリにおくなどやりようはあります. 　新規の仕事発生します. ５－６人月だと思われます. （福田　小笠原　）
 * 登録受付時は国内のぱらぱらへの対応は児玉君が一人対応なのでその尼増えると大変だけど大口の機関からの受付なら登録者ガワで作成できるはず.
 * アパッチソーラ(ARSA代替）を使えば20億件でもできるはず(小笠原）

DTA登録の手続き

 * メタデータは研究のタイプ分けや生物種等89項目ありますが必ず記載しなければならない項目は10項目程度です. 特徴は登録者やコンタクトの記載は不要で、シーケンスセンターの名前がそれに代わります自由形式に書くフィ

ールドはだいたいブランクです.
 * テンプレートをもとに登録者にメタデータを作成していただきます.
 * DDBJにアカウント申請をいただいて登録シーケンスセンタ固有のアカウントをつくります.
 * アカウントにリードファイルとメタデータを置いてもらいDDBJ側で回収しチェックします.


 * このアーカイブ事業はライフサイエンス統合データベースプロジェクトの一部であり，科学技術振興機構のバイオインフォマティクス推進センター(BIRD)にも支援されて実施しています.

=登録・解析支援系パイプライン 開発と運用(DDBJ Read Annotation Pipeline)=
 * 新型シーケンサの配列解析を支援するために、DDBJの計算機システム上に定型解析パイプラインを構築して提供しています.
 * 基礎処理部機能：de novoアセンブルとリファレンス上へのマッピングを提供しています. (de factoスタンダードプログラムを用意)
 * 高次処理部機能：galaxyを利用したSNP検出,RNA-seq解析,ChIP-seq解析のworkflowをサポートしています.
 * クラウド機能：利用者はWWWブラウザ経由のアクセスで遺伝研スーパーコンピュータを利用する大規模な解析が可能です.
 * 2010年開発分の報告

=事業系新規開発=
 * DDBJでは事業の運用だけでなく要求の変化にともなう開発を行っています.

INSD付随新規データベースBioProject

 * INSDの枠組みによる登録の多様化をうけてDDBJレコードのいくつかのフィールドは外部のデータベースで管理することが好ましくなっています.
 * 古い例ではNCBI-Taxonomyです. これは頻繁に書き換えられる系統樹や新種をSOURCE行に書くために別のNCBIデータベースから作成されます.
 * ICM 20th(2007)において、ゲノムプロジェクトを対象としている現在のNCBI Genome Projectデータベースを大幅に拡張し、プロジェクト全般を対象にしたBioProjectデータベースを3極共同で構築することで合意しました.
 * 今年度はこれを受け3極共同でBioProjectの記載法に用いるXMLスキーマを策定しました.
 * DDBJでは日本の大型プロジェクトからの受付を世界標準で管理記載するためにDDBJ-BioProjectのウェブサイトを作成しました.
 * また、新規BioProject登録を受け付けるエクセルファイルとエクセルファイルからXMLファイルへの変換プログラムを作成しました.
 * 運用開始は来年度の予定です.

開発仕様決定　李慶範、児玉悠一、真島淳 構築システムエンジニア　DBT

新型シークエンサ定量データベースDOR(DDBJ Omics ARchive)

 * DDBJではマイクロアレイデータ登録に、CIBEX (Center for Information Biology gene EXpression database) を運用していましす.
 * 生データでアーカイブされる次世代シークエンサーによるタグカウントデータも？アーカイブすべく、新規にDDBJ Omics Archive (DOR) を計画しています.
 * DORはEBIのArrayExpress と同じくFGED (Functional Genomics Data)Societyが策定したMAGE-TABをメタデータ形式として採用し、DORとArrayExpress間でデータを交換をしています.
 * CIBEXに格納されているデータも順次 ArrayExpressにエクスポートします.
 * 2010年内に、DORのデータ管理画面とArrayExpressへのデータ送付システムを構築し、CIBEXのCBX69データをE-DORD-69としてArrayExpressにエクスポートしました. []
 * 2010年進捗
 * DORデータのエクスポート、データの新規受付を管理する内部システムを構築
 * ArrayExpressとのデータ交換に向けたエクスポートシステムを構築.
 * DOR独自アクセッションを発行する為の、新規受付システムの準備.

企画　中村保一　神沼英理　児玉友一 開発

シングルサインオン環境の構築
シングルサインオンとは、パスワードとIDの入力を一度きりで、複数のツールのユーザ認証を済ませる機能です. DDBJの登録・検索・解析のツールにおけるユーザ認証を一度で済ます為に、OpenSSOによるシングルサインオン環境を開発しました. 2010年3月から開発を開始して、現在DDBJ Pipelineの基礎処理部と付随プログラムの接続に実装済みです. 今後、開発中の新getentryと新SAKURAに応用する予定です.

企画　　神沼英里　中村保一 開発　　DBTエンジニア 山本圭介、新山雪絵

= DDBJスーパーコン入れ替えと業務移行に向けた業務ソフトウェアの見直し 「高木タスクフォース」=
 * DDBJでは過去20年間にDDBJ構築系およびDDBJ公開系のサービスを企業への業務依頼で行ってきました(います）.
 * 既存のDDBJ業務ソフトウェアは、特定業者のミドルウェアやハードウェアに依存しています.
 * バイオ系の研究者が規模の大きな情報処理事業を短期的に行う場合効果的な選択です.
 * しかし一般的にこの状態は"vendor lock-in"と呼ばれ、長期運用では自由度や柔軟性を奪い、コスト高の原因になるとされています.
 * このVendor lock-in から脱却するべく組織された「高木タスクフォース」ではオープンソースソフトウェアを用いて公開系の独自開発を開始しました.
 * 今年度はDDBJ業務の(1)データ受付(2)査定(3)公開　のフローでは「公開」業務の中心的な役割を果たすソフトウェアを独自開発しました.
 * タスクフォース: 山田弘明  宗像善久　白石直樹　渡邊康司　小笠原理 高木利久

タスク１：W-DDBJ最新リリースの検索(現ARSA)の再開発

 * 現行検索システム(ARSA)(2007年導入）は(株）富士通のInterstage Shunsaku Engine(検索専用ハードウエアー）を用いています.
 * 多数のデータベース票を無構造に統合できる点や索引不要であり運用が楽である、スケーラブルであるなど魅力のあるシステムでした.
 * ところがINSDC(W-DDBJ)レコード件数の増大と多様化は予想外に爆発的でデータ量に比例した予算が必要なスケーラビリティーでは対処できなくなりました.
 * 現在もShunakuの特徴を生かし多種類のデータベースの高速同時検索を提供していますが
 * 一方で肝心のINSDC(W-DDBJ）ではEST,GSS,WGSなどの膨大な件数の"半生データ”が検索対象から外れています.

オープンソースのシステム 検索可能なデータサイズの拡大 検索速度の向上 一般的なLinuxサーバ上で稼働させ２式同時運用を可能にする（DDBJデータリリース公開時にデータ入れ替えのために検索システムを止めない） その他検索システムのWebAPIの提供、ファセット検索機能の追加、検索結果のランキング機能など細部の調整などが拡大した機能です.
 * 今年度および来年度にまたがる開発仕様要点は以下になります

開発仕様作成　小笠原理、高木利久 開発受託　(株）プリファードインフラストラクチャー

タスク２：W-DDBJの履歴管理機能付きデータベース(現getentry)の再開発

 * 現在利用者がアクセッション番号で配列登録票を取り出す(閲覧ダウンロード）する出口のサービスは
 * 再開発要件

開発仕様作成　小笠原理、高木利久 開発受託　(株）プリファードインフラストラクチャー
 * 特定業者のリレーショナルデータベース管理システムでなくオープンソースのシステムに移行.
 * DDBJが公開したデータの更新履歴情報（リビジョン番号）の記録機能と表示機能を追加.
 * GenBankのsequence revision historyに対応する機能のこと.
 * 公開状態(live, suppressed, killed)の管理運用方法の明文化と実装.
 * 検索システムのwebAPIの再実装

タスク３：DDBJデイリーアップデートプログラムの再開発
開発仕様作成 小笠原理、宗像善久、白石直樹、高木利久 開発受託 (株）情報数理研究所
 * 特定業者のリレーショナルデータベース管理システムへの依存をなくしたかたちで、変換プログラム、チェックプログラムを再実装しています.
 * フォーマット定義文書およびDDBJの持つ業務プログラムのソースコードなどを再検討し、変換およびチェックの仕様を明文化する作業を行っています.

これらは、来年度一年間程度テスト運用と機能追加を行った後に、本運用する予定です.
 * ARSA再開発版 (調整中) http://pfi1.genes.nig.ac.jp/html/QuickSearch

タスク４：DDBJ 新スーパーコンピュータシステム設計のための調査と実験
山田弘明 宗像善久　白石直樹　渡邊康司　小笠原理　高木利久　(以上高木タスクフォースTTF)
 * 2013年に予定されている新スーパーコンピューターシステムの設計の為に現事業プロセスを分析し関連技術調査と新技術の実験使用を行いました.


 * ドキュメントとソースコードを収集
 * 見直しを進めるに当たり、現行システムの運用ドキュメントやソースコードを一か所に収集しました. （一部ライブラリなどは未包含. ）


 * DDBJに対してIN/OUTとなるデータの収集
 * DDBJ関係者への見える化、データ移行時の簡便さ、作業者のトライアルを簡便にするため、INSD、特許庁などの交換データを一か所に収集しました. （DDBJ,EMBL-Bank,GenBankのリリースデータはサイズ大のため割愛. ）


 * 定期リリース業務詳細フローの確認
 * 収集した手順書、利用プログラムのソースコードを逐次確認し、定期リリース業務調査と文書化作業を行いました. プログラムについてはなぜそのような実装になっているかの経緯が失われてしまっており、プログラムの明確な意味が不明になってしまっている箇所もあった為、極力現状実装に依存しない形で、収集可能な範囲の情報をもとに、意味的に当該処理で何ができていればいいのかを考慮しながら処理の流れを文書化しました (付録１定期リリース作成手順 by 白石直樹　宗像善久) . 作成した文書をもとに、今後検証作業を行っていきます.


 * 現行定期リリース業務のシステム稼働状況分析
 * 現行の定期リリース業務時の、当該業務サーバの各種負荷状況を確認し、処理のボトルネックを分析しました. （付録2現行システム調査　by 白石直樹　宗像善久）


 * 新規分散ソフトウェア技術のフィージビリティ調査
 * 大容量のリリースデータに対して、コストパフォーマンスの高い小規模サーバで高速処理が可能であるよう、Hadoop等の新規分散ソフトウェア技術の適用可否調査を行いました.


 * DDBJ査定業務TSUNAMI Dataflowログ・メーリングリストログの解析
 * DDBJ査定業務分析のためにログの解析調査を行いました.


 * 海外他サイトのITインフラ状況の調査
 * Sanger、BGIなど、海外のNGS関連サイトのITインフラ状況について調査しました. (付録3海外サイト状況　by 宗像善久)

=コンピュータシステムのオープン利用=

オープンシステムプロジェクト
企画　高木利久 運用　システム管理チーム　竹井和也、奈倉雅彦
 * 生命分野での規模の大きな並列処理を好むデータ処理要求の増大を受けて、2009年からDDBJが保有する最も要求の多いPCクラスタを柔軟に分割して貸し出しています.
 * これまで行っていたメモリの大きな計算機環境の分割長期貸与(superNIG)は中止し、何とかパイプラインに振り当てようとしています（神沼英理）


 * 大規模長時間解析処理や並列化ソフトウェア開発に利用することができます.
 * 定期的に研究テーマを募集し、研究テーマ内容や希望するコンピュータリソース・利用希望時期などを総合的に検討して、採択可否を決定します.
 * 募集案内は年度初めにDDBJホームページに掲示されます. 　またメイリングリストでお伝えしています.
 * 遺伝研以外に所属する研究者の利用実績は以下のとおりです. (所属、役職は応募時点のものです)


 * 1) 所内外利用者にオープンシステムプロジェクトを知っていただくため、以下の機関にアナウンスを依頼しました.
 * JBICめるまが (めるまが掲載依頼)
 * DDBJメールマガジン (メールマガジン掲載依頼)
 * JSBi (会員個別アナウンス依頼)
 * bioinformatics-jp (会員個別アナウンス依頼)
 * 1) 採用させていただいた課題の研究者にはシステム管理チームが個別にコンタクトさせていただき、必要とされる環境を聞き取り、以下のように構築をお手伝いしています.
 * ユーザアカウント作成
 * NQSキュー作成(Oracle Grid Engineのキュー作成を含む)
 * ディスク領域作成
 * ファイアウォール設定
 * OpenMPI環境設定/確認

=外部発表　人材育成　広報= 企画　神沼英里　中村保一

外部発表

 * DDBJ事業および開発について以下の発表を行いました.

<Event> Academic presentation <Date> 2010-12-07 <Place> meeting= 第33回日本分子生物学会年会 ランチョンセミナー, Place= 神戸国際展示場 <Note> Title= 「DDBJ / INSDC の新型シーケンサデータへのとりくみ "DDBJ Sequence Read Archive (DRA) と解析支援系 DRA pipeline"」 <Note> Author= 中村　保一

<Event> Academic presentation <Date> 2010-12-07 <Place> meeting= 第33回日本分子生物学会年会 ワークショップ 1W20-p, Place= 神戸国際展示場 <Note> Title= 「新型シーケンサーから得られるデータをどう解釈し活用するか：統合データベースプロジェクトからの提案」 <Note> Author= 中村　保一・坊農　秀雅

<Event> Academic presentation <Date> 2010-12-07 <Place> meeting= 第33回日本分子生物学会年会 ワークショップ 1W20-p-1, Place= 神戸国際展示場 <Note> Title= 「DDBJ Sequence Read Archive (DRA) と DRA Annotation Pipeline: 新型シーケンサへの DDBJ の対応」 <Note> Author= 神沼 英里，望月 孝子，児玉 悠一，猿橋 智，菅原 秀明，大久保 公策，高木 利久，中村 保一

<Event> Academic presentation <Data> 2010-12-08 <Place> meeting= 第33回日本分子生物学会年会 ポスター発表 2P-1203, Place= 神戸国際展示場 <Note> Title= 「DDBJ Sequence Read Archive / DDBJ Omics Archive」 <Note> Author= 児玉　悠一，猿橋　智，坂井　勝呂，神沼　英里，菅原　秀明，高木　利久，大久保　公策，中村　保一

<Event> Academic presentation <Data> 2010-12-07 <Place> meeting= 第33回日本分子生物学会年会 ポスター発表 1P-0713, Place= 神戸国際展示場 <Note> Title= 「DDBJ Read Annotation Pipeline: 新型シーケンサ由来配列データ解析パイプライン」 <Note> Author= 望月 孝子，児玉 悠一，猿橋 智，神沼 英里，菅原 秀明，大久保 公策1，高木 利久，中村 保一

<Event> Academic presentation <Date> 2010-11-29 <Place> meeting= Workshop title: Toward next generation studies of biodiversity and bioresources. As 2010 Collaborative Research and Research Meeting, National Institute of Genetics, Research Organization of Information and Systems Place= Mishima, Shizuoka <Note> Title= "DDBJ Sequence Read Archive and a cloud-computing based analytical pipeline" <Note> Author= Kaminuma,E.

<Event> Academic presentation <Date> 2010-11-10 <Attendant> <Place> meeting= 生命情報若手の会第2回研究会, Place= 静岡県三島市 <Note> Title= DDBJ Read Annotation Pipeline　次世代シーケンサ由来配列データ解析パイプライン　解析目的別ワークフローの構築 <Note> Author= 望月　孝子, 児玉　悠一, 猿橋　智, 長崎　英樹, 神沼　英里, 菅原　秀明, 大久保　公策, 高木　利久, 中村　保一

<Event> Academic presentation <Date> 2010-10-12/2010-10-13 <Place> meeting= Fourth Biocuration Conference, Place= Odaiba, Tokyo, Japan <Note> Title= Gene Trek in Prokaryote Space (GTPS) reduces GIGO in the annotation of microbial genome sequences <Note> Author= Kosuge,T., Shigemoto,Y., Kuwana,Y., Sugawara,H.

<Event> Academic presentation <Date> 2010-10-12/2010-10-13 <Place> meeting= Fourth Biocuration Conference, Place= Odaiba, Tokyo, Japan <Note> Title= DDBJ Sequence Read Archive / DDBJ Omics Archive <Note> Author= Kodama,Y., Saruhashi,S., Kaminuma,E., Sugawara,H., Takagi,T., Okubo,K., Nakamura,Y.

<Event> Academic presentation <Date> 2010-10-05 <Place> meeting= 統合データベースプロジェクトシンポジウム「ライフサイエンスの未来へ～10年先のデータベースを考える～」, Place= 東京大学本郷キャンパス浅野地区　武田先端知ビル５Ｆ　武田ホール　（東京都） <Note> Title= 「DDBJ Sequence Read Archive / DDBJ Omics Archive」 <Note> Author= 児玉　悠一、猿橋　智、神沼　英里、菅原　秀明、高木　利久、大久保　公策、中村　保一

<Event> Academic presentation <Date> 2010-10-14 <Place> meeting= NIAS Symposium RAP7 meeting, Place= Tokyo International Exchange Center, Tokyo, Japan <Note> Title= DDBJ Read Annotaion Pipeline: A cloud computing based analytical tool for next-generation sequencing data <Note> Author= Nakamura,Y., Kaminuma,E., Mochizuki,T., Kodama,Y., Saruhashi,S., Nagasaki,H., Sugawara,H., Takagi,T., Okubo,K.

<Event> Academic presentation <Date> 2010-09-15/2010-09-19 <Place> meeting= The tenth Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust conference on Genome Informatics, Place= Hinxton, UK; poster <Note> Title= DDBJ Sequence(発表時追加) Read Annotation Pipeline A cloud computing-based analytical tool for next-generation sequencing data <Note> Author= Kaminuma,E.1, Mochizuki,T.1, Kodama,Y.1 , Saruhashi,S.1 , Sugawara,H.1, ( Okubo,K.1,2 , Takagi,T.1,2 and Nakamura,Y. 1 Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics, Mishima, Japan( 2  Database Center for Life Science, Tokyo, Japan

<Event> Academic presentation <Date> 2010-09-10 <Place> meeting= ゲノムテクノロジー第164委員会 第34回研究会「次世代シークエンサーの衝撃」　Place= 霞山会館　（東京都） <Note> Title= 「次世代シーケンサ由来データの公的アーカイブと利用・解析 - DDBJ Sequence Read Archive & DDBJ Pipeline - 」 <Note> Author=児玉　悠一

<Event> Academic presentation <Date> 2010-09-09/2010-09-10 <Place> meeting= 第148回農林交流センターワークショップ「次世代シーケンサーを利用したゲノム解析の実際」　Place= 農林水産省農林水産技術会議事務局筑波事務所　（つくば市） <Note> Title= 「次世代シーケンサーのアーカイブDBとクラウド型データ解析システムの紹介」 <Note> Author=神沼　英里, 児玉　悠一, 望月　孝子, 猿橋　智, 長崎　英樹, 菅原　秀明, 大久保　公策, 高木　利久, 中村　保一

<Event> Journal paper <Date> 2010-08 <Note> Title= Biological databases at DNA Data Bank of Japan in the era of next-generation sequencing technologies <Note> Author= Kodama Y, Kaminuma E, Saruhashi S, Ikeo K, Sugawara H, Tateno Y, Nakamura Y.  <Note> Citation= Advances in Experimental Medicine and Biology, 2010, Vol. 680, Part 1, 125-135

<Event> Academic presentation <Date> 2010-07-13/2010-07-15 <Place> meeting= 13th International MGED Meeting (MGED13), Place= Boston, MA, USA <Note> Title= DDBJ Omics Archive and DDBJ Read Annotation Pipeline: archive and analyze quantitative data from next generation platforms, <Note> Author= Kodama,Y., Kaminuma,E., Mochizuki,T., Bono,H., Sugawara,H., Takagi,T., Okubo,K., Nakamura,Y.,

<Event> Academic presentation <Date> 2010-07-09-- <Place> meeting= 18th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology(ISMB2010), Place= Boston, MA, USA <Note> Title= DDBJ Read Annotation Pipeline: A web-based analytical tool for next-generation sequencing data <Note> Author= Kaminuma,E., Mochizuki,T., Kodama,Y., Saruhashi,S., Sugawara,H., Okubo,K., Takagi,T., Nakamura,Y.

<Event> Academic presentation <Date> 2010-07-02 <Place> meeting= NIASシンポジウムイネ遺伝学・分子生物学ワークショップ2010プログラム, Place= つくば国際会議場 <Note> Title= 「次世代シーケンサのアーカイブDBとクラウド型解析パイプライン」 <Note> Author= 神沼　英里・望月　孝子・児玉　悠一・猿橋　智・菅原　秀明・大久保　公策・高木　利久・中村　保一

<Event> Journal paper <Date> 2010-01 <Note> Title= DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data <Note> Author= Kaminuma E, Mashima J, Kodama Y, Gojobori T, Ogasawara O, Okubo K, Takagi T and Nakamura Y. <Note> Citation= Nucleic Acids Research, 2010, Vol. 38, Database issue D33-D38

<Event> Journal paper <Date> 2010-01 <Note> Title= Archiving next generation sequencing data <Note> Author= Shumway M, Cochrane G and Sugawara H. <Note> Citation= Nucleic Acids Research, 2010, Vol. 38, Database issue D870-D871

講習会
<Event> lecture <Date> 2011-01-17/2011-01-18 <Place> meeting= 23rd DDBJing, Place= 長浜バイオ大学 語学実習室　（滋賀県長浜市） <Attendant> ... <Note> Title= 「DDBJ の紹介と大量配列のためのクラウド型計算機資源利用法」　<Note> Autehor= 中村　保一 <Note> Title= 「次世代シークエンサ(NGS)概論とクラウド型解析ツール DDBJ Pipeline」　<Note> Author= 神沼　英里 <Note> Title= 「NGS 登録データベース DDBJ Sequence Read Archive」　<Note> Author= 猿橋　智 <Note> Title= 「NGS クラウド型解析ツール DDBJ Pipeline 実習」　<Note> Author= 望月　孝子 <Note> Title= 「SAKURA を用いた塩基配列登録の方法・実習」　<Note> Author= 真島　淳
 * DDBJはDNAデータの登録法と利用法について講習会を開催しています.
 * 今年度は以下の講習を行いました

<Event> lecture <Date> 2010-08-09 <Place> meeting= ライフサイエンス・データベース講習会 －in 名古屋－, Place=名古屋大学 <Note> Memo= (2010年8月9日(月),10日(火)、名古屋大学・東山キャンパス・情報文化学部棟) <Note> Title= 「DDBJ past and future」 <Note> Autehor= 大久保　公策 <Note> Title= 「DDBJの新型シーケンサへの対応 ―データアーカイブ DDBJ Sequence Read Archive (DRA) と解析パイプライン」 <Note> Author= 中村　保一 <Note> Title= 「Parsing the Legacy DDBJ-- old but new」 <Note> Autehor= 小笠原　理 <Note> Author= 高木　利久, 川本　祥子, 畠中　秀樹, 山口　敦, 中尾　光輝, 大久保　公策,中村　保一, 小笠原　理, 中村　春木, 金城　玲, 鈴木　博文 加藤　和貴, 藤　博幸, 木下　賢吾, Daron M.Standley

<Event> lecture <Date> 2010-08-04/2010-08-15 <Place> meeting= DBCLS講習会 AJACS21 陸奥, Place= 東北大学 <Note> Title= 「次世代シークエンサの活用法/データの解析法」 <Note> Autehor= 中村　保一

<Event> lecture <Date> 2010-07-15 <Place> meeting= 第3回シーケンサー利用技術講習会, Place= 理化学研究所 横浜研究所 <Note> Title= 「次世代シーケンサーデータのDRA(DDBJ Read Archive)への登録」 <Note> Author= 児玉　悠一

<Event> lecture <Date> 2010-06-24 <Place> meeting= 22nd DDBJing, Place= ライフサイエンス統合データベースセンター <Attendant> ... <Note> Title= 「DDBJの紹介と配列データの検索」　<Note> Autehor= 中村　保一 <Note> Title= 「次世代シーケンサのクラウド型解析パイプライン」　<Note> Author= 神沼　英里 <Note> Title= 「次世代シーケンサアーカイブDB」　<Note> Author= 児玉　悠一 <Note> Title= 「クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping」　<Note> Author= 望月　孝子 <Note> Title= 「SAKURAを用いた塩基配列登録の方法・実習」　<Note> Author= 小菅　武英 <Note> Title= 「相同性検索と系統解析：BLASTとClustalW」　<Note> Autehor= 中村　保一

<Event> lecture <Date> 2010-06-21 <Place> meeting= 第309回CBI学会研究講演会, Place= 東京工業大学　蔵前会館　ロイヤルブルーホール <Note> Title= 「DDBJ Read Archive (DRA) の紹介」 <Note> Autehor= 児玉　悠一

<Event> lecture <Date> 2010-06-07-2010-06-09 <Place> meeting= 2010 The 21th International Conference on Arabidopsis Research, Place= Yokohama, Japan <Note> Title= Plant SNP annotation using a web-based pipeline tool for next -generation sequencing data <Note> Author= Kaminuma,E.1; Mochizuki,T.1; Kodama,Y.1; Saruhashi,S.1; Sugawara,H.1; Okubo,K.1,2; Takagi,T.1,2; Nakamura,Y.1 (1.National Institute of Genetics, 2.Database Center for Life Science)

<Event> lecture <Date> 2010-06-04 <Place> meeting= DBCLS講習会 AJACS18, Place= 日本大学生物資源科学部 ２号館231教室　（湘南） <Note> Title= 「次世代シークエンサの活用法」 <Note> Author= 神沼　英里、望月　孝子、児玉　悠一、猿橋　智、菅原　秀明、高木　利久、大久保　公策、中村　保一

<Event> lecture <Date> 2010-05-26 <Place> meeting= 第5回 NIG内部交流会 DRAポスター発表, Place= 静岡県三島市 <Note> Title= 「DDBJ Read Archive ～次世代シークエンサからの出力データのためのアーカイブ～」 <Note> Author= 猿橋　智、児玉　悠一、神沼　英里、五條堀　孝、高木　利久、大久保　公策、菅原　秀明、中村　保一

<Event> lecture <Date> 2010-05-26 <Place> meeting= 第5回 NIG内部交流会 DRAポスター発表, Place= 静岡県三島市 <Note> Title= 「DDBJ Read Annotation Pipeline �0A Cloud computing based Analysis System for the Next Generation Sequencing Data�0」 <Note> Author= Mochizuki,T.; Kaminuma,E.; Kodama,Y.; Saruhashi,S.; Sugawara,H.; Okubo,K.; Takagi,T.; Nakamura,Y.

<Event> lecture <Date> 2010-05-26 <Place> meeting= 第5回 NIG内部交流会 DRAポスター発表, Place= 静岡県三島市 <Note> Title= 「協調作業・共同研究コラボレーション・ツールとしてGoogle AppsのDDBJにおける利用例�”DDBJからNIG全体への利用をめざして”」 <Note> Author= Kosuge,T.; Mochizuki,T.; Watanabe,S.; Mashima,J.; Kaminuma,E.; Okubo,K.; Takagi,T.; Nakamura,Y.

<Event> lecture <Date> 2010-03-19 <Place> meeting= 第51回日本植物生理学会年会　 データベース講習会, Place= 熊本大学 <Note> Title= 「次世代シークエンサデータのアーカイブ登録と解析パイプライン」 <Note> Author= 神沼　英里、望月　孝子、児玉　悠一、猿橋　智、菅原　秀明、高木　利久、大久保　公策、中村　保一

<Event> lecture <Date> 2010-02-18 <Place> meeting= 第2回シーケンサー利用技術講習会, Place= 理化学研究所 横浜研究所 <Note> Title= 「次世代シーケンサーデータのDRA(DDBJ Read Archive)への登録」 <Note> Author= 児玉　悠一

見学案内
DDBJ見学者リスト <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-01-21 <Attendant> 李、村形、神沼 <Note> visitor=韓国・江原大学校 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-02-25 <Attendant> 神沼 <Note> visitor=淡島水族館 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-03-11 <Attendant> 中村 <Note> visitor=東京大学　植田教授 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-03-12 <Attendant> 舘野 <Note> visitor=医薬品産業情報研究会(PIフォーラム) <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-03-25 <Attendant> 中村、神沼、望月、DDBJ構築チーム女性アノテータ <Note> visitor=お茶の水女子大学　瀬々研究室 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-03-30 <Attendant> 大城戸、柳楽 <Note> visitor=北海道札幌南高校 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-04-14 <Attendant> 五條堀、大久保、菅原 <Note> visitor=中国科学院 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-05-14 <Attendant> 舘野 <Note> visitor=三島市役所 民生委員 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-06-03 <Attendant> 中村 <Note> visitor=中央水産研究所 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-07-13 <Attendant> 中村 <Note> visitor=沖縄県産業振興公社 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-07-14 <Attendant> 中村 <Note> visitor=台湾NCKU <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-07-26 <Attendant> 中村 <Note> visitor=JICA研修 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-08-24 <Attendant> 中村 <Note> visitor=榛原高校 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-08-27 <Attendant> 舘野 <Note> visitor=静岡県理科教員見学 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-09-30 <Attendant> 中村 <Note> visitor=三島市北上中学生徒見学 <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2010-10-22 <Attendant> 大久保 <Note> visitor=文科省研究振興局学術機関課長による遺伝研の訪問（ＤＤＢＪ説明：大久保対応） <Event> SiteVisit2011nn <Date> 2010-12-27 <Attendant> 神沼 <Note> visitor=Han Bin（髣斌）先生 <Event> SiteVisit2011nn <Date> 2011-01-21 <Attendant> 小笠原、真島、児玉、他（アノテータ取材対応） <Note> visitor=理系漫画家はやのん　（DDBJの紹介漫画が日刊工業新聞に掲載: 2011/2/21: 添付参照） <Event> SiteVisit2010nn <Date> 2011-03-07 <Attendant> 大久保 <Note> visitor=愛媛大学・学部生(数名)による遺伝研の訪問（ＤＤＢＪ説明：大久保対応）
 * DDBJでは外部からの見学依頼を常に受け付けています
 * 今年度は以下の方々が見学視察に訪れました

データリリース速報　メイルマガジン ニュースレター
DDBJでは利用者にバンク情報をお伝えする為に３種類のお知らせを配布しています.

データリリース速報
アノテーター真島が選択した注目すべき大型登録について公開の際に速報でお知らせしています. 送付先：DDBJ　Top　page； Hot Topics　と　Twitter（2010.04以降配信）（現在：約１００名，リスト：１１） <Event> DDBJ Hot Topics <Date> 2010-12-25 <Note>　未培養好熱 性アーキアゲノム配列の公開 <Event> DDBJ Hot Topics <Date> 2010-10-13 <Note>　ハボタン (Brassica oleracea var. acephala) EST 119,204 エントリの新規公開 <Event> DDBJ Hot Topics <Date> 2010-07-28 <Note>　分裂酵母 (Schizosaccharomyces pombe) GSS 113,551 エ ントリと EST 101,079 エントリの新規公開 <Event> DDBJ Hot Topics <Date> 2010-06-15 <Note>　マウス (Mus musculus) 胚 small RNA の MGA 397,593 エントリの新規公開 <Event> DDBJ Hot Topics <Date> 2010-04-02 <Note>　ゴマノハグサ科の一種 (Striga hermonthicas) EST 67,814エントリの 新規公開 <Event> DDBJ Hot Topics <Date> 2010-04-01 <Note>　イネ コシヒカリ (Oryza sativa Japonica Group, cultivar Koshihikari) WGS 654,543 エントリの新規公開 <Event> DDBJ Hot Topics <Date> 2010-04-01 <Note>　マウス (Mus musculus domesticus) GSS 122,131エントリの 新規公開 <Event> DDBJ Hot Topics <Date> 2010-03-03 <Note>　トマト (Solanum lycopersicum) GSS 93,682エントリの 新規公開 <Event> DDBJ Hot Topics <Date> 2010-02-16 <Note>　マウス (Mus musculus) MGA 84,606エントリの 新規公開 <Event> DDBJ Hot Topics <Date> 2010-02-04 <Note>　ブタ (Sus scrofa) EST 82,326エントリの新規公開 <Event> DDBJ Hot Topics <Date> 2010-01-07 <Note>　オキゴンド ウ （Pseudorca crassidens） GSS 90,007 エントリの新規公開 mail bulletin archive

メイルマガジン
情報チームが編纂する月刊誌　バンクに関係する時事解説記事とINSD内容についてお知らせします. 送付先:all-nig　（約６３０名）　+　DDBJ mailing list　（約３０００人），Twitter（2010.04以降配信）（現在：約１００名，リスト：１１） <Event> DDBJ mail magazine No.56 <Date> 2010-12-22 <Note> DDBJ リリース 84.0 完成 /DDBJ 年 末年始休業のお知らせ /「DDBJing 講習会(23) ＆ PDBj 講習会 in 長浜」開催  /Sequin によるデータ登録受付終了のお知らせ /「ユー ザーの皆様へ，お願いです！」 ～その３．パーフェクトなデータ更新に向けて /"ＳＡＫＵＲＡ de Ｑ" 第８回 /DDBJ アノテータの業務紹介 ～１．Primary Database を維持するということ(後編 ) / <Event> DDBJ mail magazine No.55 <Date> 2010-12-01 <Note> 「DDBJing 講 習会(23) ＆ PDBj 講 習会 in 長浜」開催 /国 立遺伝学研究所の停電による公開サービスの停止 /DDBJ 年末年始休業のお 知らせ /DDBJ Sequence Read Archive より検索システムをリリース /RefSeq の BLAST Web API の公開 /ＳＡＫＵＲＡ 生物情報の入力方法が変更 /「ユーザーの皆様へ，お願いです！」 ～その２．よりスマートな公開のために /DDBJ アノテータの業務紹介 ～１．Primary Database を 維持するということ(前編) / <Event> DDBJ mail magazine No.54 <Date> 2010-11-01 <Note> 「DDBJing 講 習会 in 長浜」 開催 /初 の日本人全ゲノム配列データが DDBJ Sequence Read Archive か ら公開 /「完全長 cDNA 構 造解析プロジェクト」 由来の trace データを公開 /大量データの公開 /「ユー ザーの皆様へ，お願いです！」 ～その１．より迅速なアクセッション番号発行を目指して /DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介（４） / <Event> DDBJ mail magazine No.53 <Date> 2010-09-30 <Note> 平成22年 度下期ＤＤＢＪオープンシステムプロジェクトの募集 /SAKURA でのテンプレートの削除について /DDBJ リ リース 83.0，DAD リ リース 53.0 完成 /DDBJ・DAD リリースならびに新着データの FASTA 形式変更 /DAD リリースにおける FASTA ファイル不具合のお詫び /SAKURA，DDBJing 講習会の「統合 TV」公開 /第23回国際実務者会議 報告 /DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介(３） /"ＳＡＫＵＲＡ de Ｑ" 第７回 / <Event> DDBJ mail magazine No.52 <Date> 2010-09-01 <Note> BLAST での特許ア ミノ酸配列検索を追加 /NCBI RefSeq データのミラー公開 /"困った de Ｑ" 第２回 / <Event> DDBJ mail magazine No.51 <Date> 2010-07-29 <Note> DRA/ERA/SRA からの公開 データの提供を開始しました /AJACS & 第22回 DDBJing 講習会 終了 /DDBJ リリース 82.0, DAD リリース 52.0 完成 /DDBJ-XML 形式でのデータ提供終了のお知らせ /大量データの公開 /DDBJ で の特許関連配列データの公開業務の紹介（２） /"困った de Ｑ" 第１回 / <Event> DDBJ mail magazine No.50 <Date> 2010-05-27 <Note> AJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京 開催 /次世代 シークエンサからの生データとアセンブルしたデータセットの公開 /getentry の 検索結果で画面に表示できない巨大エントリの結果取得方法の自動変更 /Twitter 始めました /DDBJ/EMBL/GenBank Feature Table Definition 改訂 /DAD リリース 51.0 完成 /大量データ の公開 /DDBJ での特許関連配列データの公開業務の紹介 /ＳＡＫＵＲＡ de "Ｑ" 第６回 / <Event> DDBJ mail magazine No.49 <Date> 2010-04-07 <Note> 「第22回 DDBJing 講習会 in 東京」 ライフサイエンス統合DBセンター共催 /UniProt のリリース番号とリリースサイクルが変更 /DDBJ リリース 81.0 完成 /日本特許庁および韓国特許庁アミノ酸配列データを Anonymous FTP にて公開 /大量データの公開 /検索・解析サービスの一部終了と変更のお知らせ /国立遺伝学研究所 大型計算機(supernig)利用申請 継続手続きのご案内 /「ＳＡＫＵＲＡ de "Ｑ" 」第５回 / <Event> DDBJ mail magazine No.48 <Date> 2010-03-04 <Note> 平成22年度上期ＤＤＢＪオープンシステムプロジェクトの募集 /共同研究会 「WABI か ら SABI へ」(生 物情報資源の相互運用性)開催のお知らせ /国立遺伝学研究所ならびに DDBJ ネットワークサービ ス，supernig 停止 / <Event> DDBJ mail magazine No.47 <Date> 2010-02-03 <Note> 検索・解析 サービスの一部終了のお知らせ /大量データの公開/Nucleic Acids Research に DDBJ に関する論文掲載 /DDBJ リ リース 80.0 完成 /DDBJ・EMBL・GenBank Feature Table Definition 改訂 /H-InvDB ミラーサイト公開終了のお知らせ /第9回 日韓中バイオインフォマティクストレーニングコース受講者募集 /「ＳＡＫＵＲＡ de "Ｑ"」第４回 /

担当チーム：情報 小平順子 鈴木紀美子 柳楽幸子 平田郁枝

QA対応

 * 従来からDDBJ HP上で、DDBJに関する質問を受付けていました. 2010年11月からは、DBCLS主催の公開質問サイト「ライフサイエンスQA」を利用させていただきＱＡの効率化を図っています. DDBJのサービスに関する質問が投稿されていれば、DDBJのアノテータも応えるようにしています.

DDBJhへのお問い合わせ ライフサイエンスQA 真島淳（構築チーム） 柳楽幸子（情報チーム）
 * http://www.ddbj.nig.ac.jp/addresses-j.html
 * http://qa.lifesciencedb.jp/tags/ddbj/ DDBJタグの質問
 * http://qa.lifesciencedb.jp/tags/dra/ 　DRAタグの質問

HP管理

 * HPの運用管理をようやくCMS化し2010年には、CIB-DDBJのホームページを更新しました. 現在、DDBJのホームページも移行中です.
 * http://cib-ddbj.genes.nig.ac.jp/en/

小菅武英（構築チーム） 鈴木紀美子（情報チーム） 渡邊茂樹

=COMMITTEE MEMBERS=
 * 1) <PERSON>城石俊彦<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員長<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 2) <PERSON>城石俊彦<HASROLE>系統生物研究センター長<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 3) <PERSON>城石俊彦<HASROLE>国立遺伝学研究所系統生物研究センター長<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 4) <PERSON>小笠原直毅<HASROLE>情報科学研究科教授<PLACE>奈良先端科学技術大学院大学<YEAR>2010
 * 5) <PERSON>小笠原直毅<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 6) <PERSON>金久實<HASROLE>化学研究所教授<PLACE>京都大学<YEAR>2010
 * 7) <PERSON>金久實<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 8) <PERSON>中村春木<HASROLE>蛋白質研究所教授<PLACE>大阪大学<YEAR>2010
 * 9) <PERSON>中村春木<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 10) <PERSON>長村吉晃<HASROLE>基盤研究領域ゲノムリソースセンターセンター長<PLACE>（独）農業生物資源研究所<YEAR>2010
 * 11) <PERSON>長村吉晃<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 12) <PERSON>服部正平<HASROLE>新領域創成科学研究科情報生命科学専攻・教授<PLACE>東京大学大学院<YEAR>2010
 * 13) <PERSON>服部正平<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 14) <PERSON>菊池俊一<HASROLE>参事役（情報事業担当）<PLACE>(独)科学技術振興機構<YEAR>2010
 * 15) <PERSON>菊池俊一<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 16) <PERSON>水島洋<HASROLE>疾患生命科学研究部教授<PLACE>東京医科歯科大学<YEAR>2010
 * 17) <PERSON>水島洋<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 18) <PERSON>宮野悟<HASROLE>医科学研究所・ヒトゲノム解析センター教授<PLACE>東京大学<YEAR>2010
 * 19) <PERSON>宮野悟<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 20) <PERSON>藤田信之<HASROLE>バイオテクノロジー本部次長<PLACE>（独）製品評価技術基盤機構<YEAR>2010
 * 21) <PERSON>藤田信之<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 22) <PERSON>大久保公策<HASROLE>生命情報・DDBJ研究センター長・教授<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 23) <PERSON>大久保公策<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 24) <PERSON>五條堀孝<HASROLE>生命情報・DDBJ研究センター・教授<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 25) <PERSON>五條堀孝<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 26) <PERSON>中村保一<HASROLE>生命情報・DDBJ研究センター・教授<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 27) <PERSON>中村保一<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 28) <PERSON>斎藤成也<HASROLE>集団遺伝研究系・教授<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 29) <PERSON>斎藤成也<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 30) <PERSON>菅野純夫<HASROLE>新領域創成科学研究科教授<PLACE>東京大学大学院<YEAR>2010
 * 31) <PERSON>菅野純夫<HASROLE>国際諮問委員<PLACE>INSDCDDBJ<YEAR>2010
 * 32) <PERSON>中村春木<HASROLE>蛋白質研究所教授<PLACE>大阪大学<YEAR>2010
 * 33) <PERSON>中村春木<HASROLE>国際諮問委員<PLACE>INSDCDDBJ<YEAR>2010
 * 34) <PERSON>宮野悟<HASROLE>国際諮問委員<PLACE>INSDCDDBJ<YEAR>2010
 * 35) <PERSON>高木利久<HASROLE>生命情報・DDBJ研究センター・教授<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010
 * 36) <PERSON>高木利久<HASROLE>新領域創成科学研究科教授<PLACE>東京大学大学院<YEAR>2010
 * 37) <PERSON>高木利久<HASROLE>DNAデータ研究利用委員会委員委員<PLACE>遺伝学研究所<YEAR>2010

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