DDBJスパコン移行作業時期に使用するテンポラリサーバ

使用目的
次期スパコンシステムの納入完了を予想すると(2011年12月～2月頃??)、 現在リース契約中のサーバの返却日(2012年2月末)までの期間が短い可能性が高いことがわかる.  スパコン上で運用中のシステム群をトラブルなく移行する為にはどうすべきか考えると、 前もって購入したサーバ上でシステムを構築、運用可能な状態とし、 このテンポラリサーバ上で運用しながら、新スパコンシステムへシステムを順次移行することが望ましいと考えた. 
 * 2011年度DDBJ事業費にて購入　スパコン棟3Fに設置　詳細はTTF渡辺

サーバの種類
2種類のスペックのサーバを用意した.  どちらもベースの構成は同じでExPrime Server R-280-GPという1Uラックサーバを選択した.  Intel C204チップセット搭載で、CPUはIntel Xeon E3-1275(Sandy Bridge世代)を搭載し、メインメモリが16GB(4GB*4)のマシンである.  ネットワークインタフェースはIntel 82574LとIntel82579の2ポート(どちらも1000BASE-T)を持っている.  PCI-Express2.0 x8のLowProfileの拡張カードを追加搭載可能でInfiniBandのHBAカードを後々追加搭載し、次期スパコンシステムとの接続を行うことも可能である. http://farm7.static.flickr.com/6167/6146686718_dfaa11133f.jpg
 * 1) 構成1: SSD 250GBを4発積んで実効容量500GB(RAID10もしくはRAID1を2構成)として運用するサーバ（以下E3_SSDサーバと呼称）
 * 2) 構成2: SSD 120GBを2発積んで実効容量120GB(RAID1)、HDD 2TBを2発積んで実効容量2TB(RAID1)として運用するサーバ（以下E3_HDDサーバと呼称）

E3_SSDサーバ

 * 1) TSUNAMIのDB(Postgres)を構築するサーバとして3台運用する. HDDと比較し、SSDはランダムライト、ランダムリードが高速である点を生かし、DBMSのログ書込みやデータの更新や読出しのパフォーマンス向上が図れるのではないかと期待した構成となっている. ただしキャッシュメモリなどのチューニングは行ったほうが良い筈.

E3_HDDサーバ
E3_HDDサーバについて、利用目的が様々であるのに全て同じ構成としたのは、管理コストの手間を考慮したことと、 テンポラリサーバとしての役割を終えたあとに同じスペックのマシンが揃っていたほうが転用時に潰しがきくと判断したこと、 メモリ等をけちっても1台につき数千円コストダウンにしかならないことの3点による.
 * 1) TSUNAMIのアプリケーションサーバを構築するサーバとして3台運用する. DBサーバと比較し、ローカルディスクのデータ領域を多く使う処理があるためこの構成とした.
 * 2) DRAの検索サーバ(Solr)として1台
 * 3) DRAの生データからSRA formatやFASTQを変換作成する処理を実行するサーバとして1台
 * 4) DRA DATA(DRAの登録受付)SSHサーバとして1台
 * 5) DRM(DRAの登録管理)DBサーバとして1台
 * 6) MSM(大量登録管理)サーバとして1台
 * 7) 現在運用中のDDBJ HP、SAKURA、Vector Search、DDBJ公開ftp(Anonymous ftp)、Trac、BLAST(現在運用中のBLAST DB全部)、ClustalWのサーバとして1台

=第２期導入　移行用サーバー= http://farm8.staticflickr.com/7161/6827996855_2c90eafea3.jpg 移行用サーバー ハードウェア構成(5台構成のほう)
 * 基本ユニットとして
 * 計算ノード DELL PowerEdge R610
 * Intel Xeon X5690 3.46GHz x 2
 * 24GB memory
 * CentOS 6.0
 * ディスク DELL PowerVault MD1200 Disk Storage Enclosure
 * 20TB HDD (RAID6)
 * 計算ノードとディスクは10Gbps EthernetによるiSCSIにて接続
 * 上記基本ユニット５セットを持ち計算ノード間を10Gbps Ethernetで接続