遺伝研スパコン 質問と答え(2012年4月中旬)

アレイジョブの実行方法が知りたい
(2012.04.12)

答え
以下のコマンドでアレイジョブを実行します.

qsub -t [最少値]-[最大値]: [ステップ数]　(プログラム名)

アレイジョブ環境変数：SGE_TASK_ID

例) クエリを分割して用意しておき、アレイスクリプトを作成します. sample.fasta1 sample.fasta2 sample.fasta3

test.sh QUERY=sample.fasta$SGE_TASK_ID REFERENCE=blast.db blastn -db $REFERENCE -query $QUERY -out sampl.fasta$SGE_TASK_ID.sam
 * 1) !/bin/sh
 * 2) $ -S /bin/sh