WABI CLUSTALW

CLUSTALWのjobの投入
以下のパラメーターをPOSTする. format, resultは必須. resultにmailを指定した場合はaddressも必須.

サンプルスクリプト
clustalw-client.pl

例1：複数配列のmultiple alignment
conf.json

cyc_aa.fasta

multi fastaデータからpairewise alignment、ガイドツリー生成、multiple alignmentを行う場合のサンプル. conf.jsonに記述したパラメータ値はclustalw2のデフォルト値であるので、parametersに何も指定しない場合と同一の結果が得られる.

例2：ガイドツリーを使ったmultiple alignmentの再実行
conf.json

例1で生成されたガイドツリー（wabi_clustalw_2013-0827-1814-55-821-640340_guidetree1.txt）を使い、multiple alignmentのみをパラメータを変えて再実行する場合のサンプル.

同じ処理をコマンドラインで実行する場合は以下のコマンドになる.

例3：整列済みデータへの新規配列の追加（profile alignment）
cyc_aa2.fasta

conf.json

例1の整列結果（wabi_clustalw_2013-0827-1814-55-821-640340.txt）に、新たな配列（cyc_aa2.fasta）を追加する場合のサンプル.

同じ処理をコマンドラインで実行する場合は以下のコマンドになる.

例4：2つの整列済みデータの統合（profile alignment）
conf.json

cyc_aa2.aln

例3のcyc_aa2.fastaのmultiple alignment結果（cyc_aa2.aln）と例1のmultiple alignment結果（wabi_clustalw_2013-0827-1814-55-821-640340.txt）を統合する場合のサンプル.

例5：系統樹の作成
conf.json

例3の整列結果（wabi_clustalw_2013-0828-1452-47-561-627715.txt）から系統樹を作成する場合のサンプル. ここでは、系統樹の作成と同時にpercent identity matrixも出力している.

同じ処理をコマンドラインで実行する場合は以下のコマンドになる.

例6：ブートストラップ法による系統樹評価
conf.json

例3の整列結果（wabi_clustalw_2013-0828-1452-47-561-627715.txt）から推定した系統樹をブートストラップ法により評価する場合のサンプル.

同じ処理をコマンドラインで実行する場合は以下のコマンドになる.

例7：配列ファイルのフォーマット変換
conf.json

例3の整列結果（wabi_clustalw_2013-0828-1452-47-561-627715.txt）をCLUSTAL形式からFASTA形式に変換する場合のサンプル. CLUSTAL, GCG, GDE, PHYLIP, PIR, NEXUS, FASTAの7種類のフォーマットに相互変換が可能である.

同じ処理をコマンドラインで実行する場合は以下のコマンドになる.

例8：custom weight matrixを使用したmultiple alignment
conf.json

blosum40.txt

pairwise alignmentとmultiple alignmentでbuilt-inではないweight matrixを使用する場合のサンプル. 実際にはclustalw2にはBLOSUM seriesのweight matrixは入っているが、ここではユーザー定義ファイルとして用意して使用している.

同じ処理をコマンドラインで実行する場合は以下のコマンドになる.