DNAバンク目次 DDBJ rel.82更新

データを貰う
日付	2010年11月26日17:36 件名	データ更新に伴うインデックス作成依頼.ddbj82 送信元	g.nig.ac.jp 詳細を隠す 10/11/26 小笠原先生

お世話になっております. 高木研渡邊です. バンク目次について、Release82のデータのluceneインデックス作成処理をお願いできますでしょうか？

データですがsv05.dbcls.jpの /opt/services/nig/DDBJ_project_index/lucene_index/ ディレクトリ以下に設置しております.

なお、現在の進捗状況としては、森山がRelease83の更新処理に取り掛かっています.

以上になります.

貰った直後の構造 [oo@sv05 lucene_index]$ pwd /opt/services/nig/DDBJ_project_index/lucene_index

[oo@sv05 lucene_index]$ tree -L 3 . `-- ff_list `-- ddbj82 |-- 00       |-- 01
 * -- data
 * `-- ddbj82
 * |-- acc_vs_prjid.txt.gz
 * |-- accession.txt -> /opt/services/nig/DDBJ_project_index/src_of_update/2007-02-02.research_project/50/mkidx/ver.1.6/acc.txt
 * |-- prj.txt.gz
 * |-- project_1.txt -> /opt/services/nig/DDBJ_project_index/src_of_update/2007-02-02.research_project/50/mkidx/ver.1.42/prj.txt
 * `-- project_2.txt -> /opt/services/nig/DDBJ_project_index/src_of_update/2007-02-02.research_project/50/mkidx/ver.1.6/prj.txt

$HOME/data/DDBJ.upatingの下に全ての必要なデータを置く

 * 1) 貰ったデータのディレクトリ /opt/services/nig/DDBJ_project_index/lucene_index/ の中に DDBJ.updating なるシンボリックリンクを作る. (data/ddbj82を指す）
 * 2) $HOMEの下にdataディレクトリを作る. dataディレクトリの中に、DDBJ.updatingへのシンボリックリンクを作る.

[oo@sv05 ~]$ cd /opt/services/nig/DDBJ_project_index/lucene_index/ [oo@sv05 lucene_index]$ tree -L 3 .
 * -- DDBJ.updating -> data/ddbj82/
 * -- data
 * `-- ddbj82
 * |-- acc_vs_prjid.txt.gz
 * |-- accession.txt -> /opt/services/nig/DDBJ_project_index/src_of_update/2007-02-02.research_project/50/mkidx/ver.1.6/acc.txt
 * |-- prj.txt.gz
 * |-- project_1.txt -> /opt/services/nig/DDBJ_project_index/src_of_update/2007-02-02.research_project/50/mkidx/ver.1.42/prj.txt
 * `-- project_2.txt -> /opt/services/nig/DDBJ_project_index/src_of_update/2007-02-02.research_project/50/mkidx/ver.1.6/prj.txt
 * -- ff_list
 * `-- ddbj82
 * |-- 00
 * |-- 01
 * |-- 02
 * |-- 03
 * |-- 04

[oo@sv05 ~]$ tree -L 2 data data `-- DDBJ.updating -> /opt/services/nig/DDBJ_project_index/lucene_index/DDBJ.updating

DDBJ.updatingの下に、必要なディレクトリを追加
以下の２つのディレクトリを追加
 * 1) DDBJ rel.82のフラットファイル
 * 2) フラットファイルをプロジェクトごとにまとめたファイル

実行
cd $HOME/data/DDBJ.updating nohup java -Xmx12G -cp ddbj_lib-0.0.1-jar-with-dependencies.jar ddbj.overview.OverviewUpdator &

実行状況のチェック
nohup.outに書き出されるログを見る.